Желая разрешить проблемы, связанные с богатством и влиянием церкви, а также с взаимоотношениями церкви и государства, Екатерина выбрала курс своего великого предшественника. Петра I, правившего за полвека до нее, материальное благополучие своего народа беспокоило не меньше, чем его духовное спасение. Отринув заботу церкви о загробном мире, он хотел служить целям мира этого и обеспечить честных и надежных граждан своего государства образованием. Петр ограничил власть Православной церкви в России, упразднив высший религиозный чин патриарха, который обладал полномочиями, почти равными царским. Вместо одной властной фигуры Петр организовал Священный Синод из одиннадцати или двенадцати членов, которые не обязательно должны были быть священниками и которые управляли бы мирскими делами и финансами церкви. В 1722 году он назначил гражданского прокурора Священного Синода, в обязанности которого входило наблюдение за управлением церковью, а также осуществление судопроизводства над духовенством. Таким образом, царь Петр подчинил церковь государству, и Екатерина собиралась последовать его примеру. Дочь Петра Елизавета частично дала обратный ход реформам отца. Императрица, чрезмерно любившая жизнь и вместе с тем глубоко религиозная, искала утешения от излишеств своей личной жизни, раздавая богатства и привилегии церкви. За время ее правления церковь вернула себе право управлять своими землями и крепостными. Когда после Елизаветы царем стал Петр III, маятник качнулся в обратную сторону. Взойдя на трон, Екатерина отменила указы своего покойного мужа, вернув церкви ее владения и возможность распоряжаться ими. Через несколько месяцев она снова сменила курс.

Развитие этой политической и религиозной драмы, поначалу протекавшей довольно нерешительно, в конце концов, привело к серьезному противостоянию и оппозиционным настроениям. В июле 1762 года Екатерина приказала Сенату изучить и составить таблицы, в которых перечислялись бы владения Православной церкви, а также порекомендовать правительству следовать новым курсом. Сначала Сенат выдвинул компромиссное предложение: угодья будут возвращены церкви, но налоги с церковных крестьян нужно было увеличить. Это создало раскол среди церковной иерархии. Большинство под предводительством архиепископа Дмитрия Новгородского приняли идею отдать ношу управления их сельскохозяйственными угодьями и стать оплачиваемыми слугами государства, как армия и чиновничество. Чтобы изучить эту проблему и выяснить все детали, Дмитрий предложил создать объединенную комиссию, в которую входили бы и священники, и мирские представители. Екатерина согласилась, и 12 августа 1762 года подписала документ, подтверждающий, что она временно аннулировала указы Петра III и возвращала церковные земли, которые теперь должны управляться самой церковью. В то же самое время она, по рекомендации Дмитрия, создала комиссию из церковных и светских представителей (три священника и пять мирян), чтобы изучить это дело.

Екатерине приходилось осторожно обращаться с церковной иерархией. Она всегда проявляла разумную гибкость в делах, касавшихся религиозных догм и политики. Воспитанная в атмосфере строгого лютеранства, Екатерина с детства испытывала определенный скептицизм по отношению к религии, что вызывало тревогу у ее глубоко верующего отца. Когда она в четырнадцать лет приехала в Россию, от нее потребовали сменить веру на православие. На публике она скрупулезно исполняла все религиозные обряды, присутствовала на церковных службах, соблюдала религиозные праздники и совершала паломничества. Во время своего правления она не позволяла себе недооценивать важность религии. Екатерина знала, что верующие возносили свои молитвы за государя и его престол и что мнение священников и святость месс – это та сила, с которой нужно считаться. Екатерина понимала, что правитель, независимо от его личных взглядов на религию, должен исполнять свой долг перед народом. Когда Вольтера спросили, как он, отрицающий Бога, может принимать святое причастие, он ответил, что «завтракает в соответствии с обычаями своей страны». Наблюдая разрушительный эффект пренебрежительного публичного отрицания Православной церкви ее мужем, Екатерина решила последовать примеру Вольтера.

Ее главные советники были не согласны с поведением императрицы в отношении церкви. Бестужев считал, что церковные иерархи и дальше должны самостоятельно контролировать дела церкви. Панин же, в большей степени разделявший идеи Просвещения, предпочитал государственное управление церковью и ее владениями. В действительности манифест, изданный в августе 1762 года, в котором содержался намек на желание освободить церковь от бремени мирских дел, стал зловещим предзнаменованием будущему церкви. Когда комиссия начала работу, страхи перед грядущей секуляризацией быстро распространились среди духовенства, но большинство священников не знали, на что они имеют право и что им предпринять. И лишь немногие оказались готовы бороться.

Одним из ярких представителей группы, отрицавшей подчиненное положение церкви по отношению к государству, был Арсений Мацеевич, митрополит Ростова, который был яростным противником вмешательства государства в дела церкви, в особенности секуляризации церковной собственности. Этот шестидесятилетний священник – по рождению – украинский дворянин, член Святейшего Синода, – управлял богатейшей епархией (которая владела 16 340 крепостных), он твердо верил, что церкви были дарованы все ее угодья не для мирских, а для духовных целей. Смелый, увлеченный делом своей жизни и обладающий глубокими знаниями в теологии, он готов был использовать свое перо и свой голос, чтобы противостоять императрице. Мацеевич надеялся, что личная встреча с новой правительницей позволит ему убедить ее в своей правоте.

В начале 1763 года Екатерина решила совершить паломничество из Москвы в Ростов, чтобы поклониться мощам Дмитрия Ростовского, известного как святой Дмитрий Чудотворец, он был предшественником Арсения и недавно канонизирован. Кости должны были поместить в серебряный гроб в присутствии императрицы, после чего Арсений планировал поговорить с ней. Но когда подошло время паломничества, Екатерина отложила свой визит.

Когда объявили о том, что императрица приедет позднее, Арсений взял инициативу в свои руки. 6 марта 1763 года он направил в Святейший Синод письмо, в котором жестко критиковал политику секуляризации, уничтожавшую, по его заявлению, и церковь, и государство. Он напомнил Синоду, что по восшествии на престол Екатерина обещала защитить Православную церковь. Он выступал против утверждения, что церковь должна отвечать за образование в сфере философии, теологии, математики и астрономии: ее единственным христианским долгом, провозглашал он, было нести слово Божие. Епископы не должны отвечать за строительство школ, это – долг государства. Он отметил, что, если церковь подвергнут секуляризации, епископы и священники больше уже не будут пастырями, а превратятся в «наемных слуг, ответственных за каждую корку хлеба». Он довольно жестко отзывался о своих коллегах-духовниках из Святейшего Синода, которые в этой кризисной ситуации «как псы немые, не лая смотрят».

Он выступил перед духовниками Ростова и проклял тех, кто усомнился в церковных правах на земли и крепостных; эти люди являлись «врагами церкви… тянущими руки к тому, что было освящено Богом. Они хотели присвоить богатства, отданные церкви детьми божьими и благочестивыми монархами».

Арсений просчитался. Он недооценил силу Екатерины и то, что другие властные фигуры в российском государстве объединятся против него. Высшее дворянство было глубоко мирским по духу: местные землевладельцы хотели иметь больше доступа к землям и работникам, которыми владела церковь; правительственные чиновники, пытавшиеся преодолеть финансовые трудности, согласились с Екатериной: имущество и доходы церкви нужно использовать в мирских целях.

Когда Екатерина прочитала петицию Арсения Синоду, она поняла, все эти обвинения были направлены непосредственно против нее. Описывая аргументы митрополита, как «извращенные и провокационные искажения», она настаивала на том, чтобы «лжец и лицемер» был наказан в назидание другим. Приказав Синоду действовать, она подписала указ, предававший Арсения суду. 17 марта провинившийся священник был арестован и под стражей привезен из Ростова в монастырь в Москве для допросов. В течение ряда ночных заседаний члены Синода допрашивали своего коллегу. Екатерина, присутствовавшая на допросах, слушала, как Арсений оспаривал ее право на трон, а также спрашивал о смерти Петра III. «Наша нынешняя правительница не родилась на этой земле и не крепка в своей вере! – восклицал архиепископ. – Она не должна занимать трон, который необходимо отдать Ивану Антоновичу (Ивану VI)». Императрица зажала уши и закричала: «Заткните ему рот!»

Синод был непреклонен и вынес свой вердикт. 7 апреля Арсения признали виновным и приговорили к лишению всех духовных званий, епархии и к изгнанию в отдаленный монастырь на Белом море. Ему не позволено было пользоваться пером и чернилами, кроме того, три раза в неделю он должен был выполнять тяжелую работу: носить воду, колоть дрова и чистить подвалы. В Кремле была устроена публичная церемония, на которой его лишили всех званий. Арсения, появившегося в длинных, ниспадающих до земли одеждах, подвергли унизительной процедуре: всю его церковную одежду снимали с него одну за другой. Даже во время этого наказания он отказался сохранять молчание, выкрикивал оскорбления в адрес других священников и предсказывал, что их постигнет жестокая смерть. Четыре года спустя, заключенный на Крайнем Севере, он все еще называл Екатерину еретичкой и разрушительницей церкви и по-прежнему оспаривал ее право на трон. Императрица лишила его всех религиозных званий и приказала перевести в изолированную темницу в подвале Ревельской крепости на Балтике. Здесь его яростный голос, наконец, умолк: до самой его смерти в 1772 году стражники, которые не говорили по-русски, знали его под именем Андрея Лжеца.