К 1944 г. поражение Германии во Второй мировой войне стало неизбежным, что привело к новому повороту турецкой внешней и внутренней политики. Перспектива потери Стамбула и проливов, которые мог потребовать себе Советский Союз после неизбежного передела мира между державами- победительницами, виделась весьма реальной, поэтому турецкими властями были приняты срочные меры по решительному отмежеванию от фашистов.

В сентябре 1944 г. в Стамбуле прошел судебный процесс над «подстрекателями», которых обвинили в распространении расистских пантуранистских взглядов и создании зловредных тайных обществ. Процесс продолжался до марта 1945 г. и большинство его фигурантов были осуждены на сроки от двух до десяти лет²⁷. Среди них оказался и Заки Валиди Тоган, который сначала был арестован в мае 1944 г. и осужден на длительное заключение «за попытку государственного переворота». Отсидев 15 месяцев, он вышел на свободу и тут же был снова взят под стражу. На этот раз ему предъявили обвинения в тайной антиправительственной деятельности, подстрекательстве турок к смуте и в антикемалистской пропаганде²⁸.

В ходе процесса Валиди признал факт создания тайного общества, однако мотивировал его необходимостью подготовки кадров для туркестанского правительства в случае поражения СССР. Также выяснилось, что в 1943 г. Заки Валиди был приглашен в Германию, где ему поручили вести пропагандистскую работу среди военнопленных-мусульман, из которых формировалась специальная дивизия. Вел он переговоры и с генералом Власовым, ставшим авторитетным специалистом по созданию «национальных» частей Вермахта²⁹. Именно эти факты позволили обвинить Заки Валиди в пособничестве фашистам, хотя современные башкирские истории отрицают подобные обвинения³⁰.

В 1944 г. состоялось печальное событие—войсками НКВД были депортированы наиболее затронутые гитлеровской панисламистской пропагандой народы — крымские татары, чеченцы, ингуши, балкарцы и черкесы. История с депортациями наглядно показала, какой именно судьбы желали зарубежные подстрекатели антироссийских настроений мусульманам нашей страны. Мусульманские граждане переходили на сторону ее противников в царский период, и их число было отнюдь не символическим, однако чиновники того времени не признавали принцип коллективной ответственности, считая эти случаи лишь досадными девиациями. Их коммунистические коллеги придерживались на этот счет совсем других взглядов, полагая, что десятипроцентной нелояльности достаточно для самых жестких санкций в отношении целого народа.

Многовековое стремление столкнуть мусульман с российскими властями оказалось как никогда близко к осуществлению именно в годы Великой Отечественной войны, и печальные последствия депортаций до сих пор отравляют межнациональные и межрелигиозные отношения в целом ряде регионов России. У целых народов было подорвано доверие к российской власти, которое завоевывалось века мирного сосуществования с русским народом.

На заключительном этапе Великой Отечественной войны на повестку встал вопрос о будущем ислама в СССР. Тот печальный факт, что фашистская пропаганда имела среди советских мусульман гораздо больший успех, нежели вся пантюркистская агитация турецких, английских и немецких агентов в царский период, свидетельствовал среди прочего и о том, что политика по отношению к мусульманам нуждается в серьезной корректировке и не может сводиться только к репрессивным мерам. В то же время мусульманское духовенство в целом проявило себя с наилучшей стороны, солидарно с православным священноначалием, согласившись временно забыть причиненные ему обиды и выступить с патриотическими призывами к верующим.

Столь своевременно занятая высшим мусульманским духовенством позиция оказала благотворное влияние на настроения как мусульман-военнослужащих, так и мусульман-труженников тыла. Призывы муфтиев и имамов во многом снивелировали геббельсовскую пропаганду и определенно позволили избежать более масштабных волнений среди мусульманского населения. Это обстоятельство получило высокую оценку властей, которые решили пересмотреть свой взгляд на муфтияты и с учетом будущих информационных войн сделать их оплотом лояльной себе мусульманской элиты. Мусульмане, в свою очередь, получали возможность сохранить преемственность духовенства и получить определенную защиту от нападок воинствующих безбожников. Как считает израильский исламовед Яков Рой, создание новых муфтиятов «следует рассматривать как часть идеологической кампании, проводимой советским руководством для его воздействия на гражданские, патриотические чувства населения и для его мобилизации в военных условиях»³¹.

В конце 1942 г. власти дали разрешение на открытие многих храмов и мечетей, а также позволили открыто отмечать религиозные праздники — например, проводить пасхальный крестный ход. В мусульманской среде стали распространяться слухи о том, что политика властей по отношению к религии в корне поменялась и скоро мусульман ожидает глобальная «оттепель».

12 июля 1943 г. группа мусульманских богословов Узбекистана во главе с Эшоном Бабахановым направила письмо на имя Председателя Президиума Верховного Совета СССР М.И.Калинина с предложением об образовании отдельного духовного центра для мусульман Средней Азии и Казахстана. Эта инициатива была воспринята благожелательно, и вскоре Бабаханов был вызван в Москву на встречу с И.В.Сталиным, который лично одобрил идею создания среднеазиатского муфтията и попросил не затягивать с проведением его учредительного съезда³². октября 1943 г. в Ташкенте открылся Первый курултай мусульманских улемов Средней Азии и Казахстана, который собрал 160 делегатов. Немалую помощь в его проведении узбекским мусульманам оказали уцелевшие лидеры ЦДУМ. Главным решением курултая стало создание ДУМ Средней Азии и Казахстана, муфтием и председателем которого был избран 85-летний Эшон Бабаханов, а ответственным секретарем — его сын, Зияуддин (Зияуддинхан). В каждой из пяти республик в зоне юрисдикции САДУМ были созданы казыяты во главе с ка- зыями — шейхом Зияуддинханом ибн Эшоном Бабахановым по Узбекистану, шейхом Абдул Гаффаром Шамсутдином по Казахстану, шейхом Салехом Бабакаланом по Таджикистану, шейхом Олимханом Турой Шакиром по Киргизии и шейхом Анна Ишаном по Туркменистану³³.

В уставе новосозданного муфтията среди его задач были упомянуты выпуск фетв и издание религиозной литературы; борьба среди духовенства и верующих против вредных обычаев и установление связей с зарубежными мусульманскими организациями, которых предполагалось знакомить с духовной и светской жизнью мусульман Узбекистана, Казахстана, Киргизии, Таджикистана и Туркменистана³⁴.