Мирная жизнь митрополита в епархии ознаменовалась, однако, двумя столкновениями с Петербургом.

Коллегия экономии, заведовавшая монастырскими и архиерейскими имениями, отправила несколько инвалидов для помещения в Ростовские монастыри. Арсений не принял их, отозвавшись, что на их содержание недостает денег. На запрос Св. Синода он отвечал, что в последнее время в Ростовских монастырях пострижено около сорока человек, лишенных сана в прошлое царствование, и для инвалидов не достанет порций. Объяснение это заключало в себе оскорбительные выражения.

Чрез два месяца Св. Синод отправил одного юродивого для помещения в один из Ростовских монастырей. На указ о том Арсений отвечал, что указ этот неосмотрительный и неосторожный.

Синод пожаловался императрице. Императрица приказала объявить митрополиту, чтоб он «от подобных продерзостей конечно воздержался, а ежели впредь будет к указам оказывать противление и презорство, то как помешатель добрых порядков и общего покоя, и как противник и неприятель Высочайшей воли, не только сана архиерейского, но и клобука лишится».

Эти события были еще в начале царствования Елисаветы, которая своим православным сердцем умела понимать пылкую, увлекающуюся в церковных вопросах природу Ростовского владыки.

Год за годом прошло это мирное царствование. В праздник Рождества Христова 1761 года «Дщери Петровой» не стало.

Недолго царствовал племянник ее, Петр III, и затем наступило долгое царствование Екатерины II, имевшей роковое влияние на судьбу Арсения.

На коронование императрицы митрополит Арсений не был приглашен. Отсутствие на таком торжестве представителя столь древней и знаменитой кафедры является обстоятельством, на котором нельзя не остановиться.

Это первое выражение того крайнего недоброжелательства, с которым Екатерина относилась к Арсению.

Это недоброжелательство существовало еще прежде знаменитого и резкого осуждения Арсением решения императрицы об отобрании в казну имений монастырских. С самых первых дней царствования она считала Арсения почему-то личным своим врагом. И эта черта не только политического разномыслия, но и личной ненависти проходит красной нитью чрез всю историю отношения ее к опальному митрополиту. Весьма вероятно, что еще в царствование Елисаветы, когда против Екатерины были партии, она заподозрила Арсения в недоброжелательстве к себе.

Мало того, в отношениях этих можно найти какой-то необъяснимый, точно мистический страх Екатерины пред Арсением. Она боялась его и принимала чрезвычайные по отношению к наблюдению за ним меры и тогда, когда он, старый, больной, с налагавшей невольное молчание заклепкой на устах, был заживо погребен в каземате, или, вернее сказать, каменном мешке.

Из отношений Арсения к Коллегии экономии видно, что он считал уже существование этой Коллегии нарушением прав монастырей и архиерейских кафедр на непосредственное распоряжение принадлежащими им имениями.

«За отобранием от дому архиерейского и от монастырей вотчин, – писал он канцлеру Бестужеву-Рюмину, – приходится с голоду умирать, понеже хлеб у нас весь был по вотчинам в житницах. Когда смолотое и лежавшее в сушилках приедим, то и литургии святой служить нечем и некому, все принуждены идти нищими в мир». При этом он просил канцлера «показать милость к домам Божиим, дабы старанием его возвращены были вотчины по-прежнему».

Нужно полагать, что это письмо побудило Бестужева-Рюмина привлечь к этому вопросу внимание императрицы. Но дело получило, к сожалению, совершенно иное разрешение, чем ожидал Арсений.

Замыслив отнять у кафедр и монастырей вотчины еще с первых дней своего царствования, Екатерина пред коронацией сочла нужным на время утешить духовенство: «Мы не имеем намерения присвоить себе церковные имения, но только предписать закон о лучшем их устройстве».

Затем под собственным наблюдением Государыни была учреждена особая комиссия из духовных и трех светских членов. Среди духовных был недоброжелатель Арсения, митрополит Новгородский Димитрий Сеченов. Это был человек в высшей степени искательный, думавший лишь о своих выгодах и готовый за награду, отличие предать все интересы Церкви.

Комиссия решила разослать по всем монастырским вотчинам и архиерейским домам приходно-расходные книги для записывания денежного и хлебного сбора; и особо назначенных отставных обер-офицеров – для поверки доставленных властям сведений о состоянии и количестве духовных имений. Таким образом, архиереи подвергались ответственности в исконном церковном достоянии пред офицерами. Вероятно, самоуправство этих уполномоченных комиссией) чиновников переступало часто пределы уважения к значению и сану архиерейскому.

Это распоряжение возмутило Арсения, всегда зорко охранявшего права Церкви.

Он находил «оскорбительным и неприличным, что для составления описей офицеры будут входить в алтарь и касаться церковных сосудов и прочей священной утвари, что они в архиерейских домах и монастырях пересчитывали деньги, перемеривали хлеб, выдавая все хозяевам и монастырям с меры, веса и счету».

Арсений считал это за нарушение прав церковной стародавней собственности и унижение духовенства.