Однако 31 марта после выхода С. О. Макарова в море на броненосце «Петропавловск» произошла настоящая трагедия отечественного флота. Корабль неожиданно наткнулся на несколько мин и за очень короткое время затонул. Большинство членов его команды, в том числе и адмирал, высшие командиры, много офицеров и матросов, более 600 человек, погибли в морской пучине.

Мины у входа в гавань Порт-Артура и на внешнем рейде ставили и японцы и русские. Минной войне российские моряки придавали особое значение. Среди минеров были настоящие специалисты. К их числу относился лейтенант А. В. Колчак, будущий Верховный правитель России и Верховный главнокомандующий Русской армией в Сибири (с 18 ноября 1918 по 4 января 1920 года), руководитель Белого движения России во время Гражданской войны. А. В. Колчак после перевода его на службу из Академии наук в Морское ведомство написал прошение, в котором ходатайствовал о переводе в Порт-Артур.

С 21 по 30 апреля 1904 года русские корабли осуществляли траление внешнего рейда гавани Порт-Артур. 1 мая они получили серьезное и опасное задание. В то время как миноносцы «Сердитый» и «Скорый» производили траление впереди минного заградителя «Амур», тот установил на море минную банку. В результате этой операции на следующий день на расставленных «Амуром» минах подорвались и затонули два японских броненосца – «Хацусэ» и «Ясима». Эта операция, по мнению морских специалистов, стала одним из самых больших достижений 1-й Тихоокеанской эскадры за всю кампанию 1904–1905 годов.

В мае 1904 года войска Японии высадились на Квантунском полуострове и перерезали сообщение Порт-Артура с Россией. Гарнизон крепости оказался в труднейшем положении. Осада длилась до зимы и 20 декабря 1904 (2 января 1905) года, когда русские вынуждены были сдать Порт-Артур японцам.

В феврале 1905 года русские войска потерпели поражение в генеральном сражении при Мукдене. Следующее жестокое поражение Россия потерпела на море.

В мае того же, 1905 года русская эскадра под командованием вице-адмирала З. П. Рожественского, переброшенная на Дальний Восток с Балтики, была разгромлена в Цусимском проливе, в Японском море.

Рожественский отлично представлял себе, на что он лично сам вызвался. Поспешно собрать эскадру для похода на помощь осажденной крепости через полмира из кораблей разных классов, вооружение которых явно не соответствовало более современному японскому, зная, что много для этого похода не хватает, мог решиться не каждый. Но Порт-Артуру нужна была помощь. Поступок поистине геройский.

Главными национальными героями Русско-японской войны были генерал-лейтенант Ноги Марэсукэ, командовавший японскими войсками при штурме Порт-Артура, и адмирал Того Хэйхатиро, победивший русских на море. При штурме Порт-Артура войска, руководимые Ноги, понесли большие потери, в связи с чем всю ответственность за это генерал взял на себя. Поэтому он испросил у императора разрешения на харакири, в чем ему было отказано до тех пор, пока монарх жив, как сказал сам правитель Японии.

Как только летом 1912 года император Мэйдзи скончался, Ноги и его жена сразу же осуществили дзюнси – «самоубийство вслед» в соответствии с классической традицией феодальных времен. За это генерал стал рассматриваться как высший объект верности и самопожертвования императору и стране, а синтоистское духовенство в честь преданного генерала начало сбор средств для строительства храма. Святилище было возведено рядом с домом военачальника в токийском районе Минато и названо «Ноги дзиндзя». Такой же почести удостоился и адмирал Того. Уже при жизни он был объявлен одним из «богов войны». В его честь в Токио был сооружен синтоистский храм «Того дзиндзя».

Победила Япония в войне с Россией намного труднее, чем с Китаем. Японское военное командование использовало в сражениях почти все свои резервы. Главное было в больших людских потерях. Около 90 тысяч солдат и офицеров погибло в боях. Хотя у России было еще достаточно сил на Дальнем Востоке, но обострение внутренней ситуации в стране, выражавшееся в революционных выступлениях народа, заставили ее пойти на переговоры. После подписания 5 сентября 1905 года в Портсмуте (США) мирного договора Россия уступала Японии зоны своего влияния на востоке Азии. Япония снова начала распоряжаться Ляодуном, и на его южной оконечности, в Квантуне, разместилась самая большая зарубежная группировка императорской армии. Япония получала на западном побережье острова Хоккайдо несколько наблюдательных пунктов, с которых должна была поступать информация о приближении кораблей противника. Также она обрела полную свободу действий в Маньчжурии и контроль над Южно-Маньчжурской железной дорогой, являющейся ветвью КВЖД. Россия отдавала Японской империи арендованные у Китая Порт-Артур и Дальний и теряла южную часть Сахалина, становившуюся с этого времени японской колонией. Все Охотское море и его порты оказывались под еще большим японским контролем, чем ранее, что позже сыграло для Советского Союза негативную роль во время Второй мировой войны и войны на Тихом океане.

В ходе войны Япония присоединила к землям империи еще два маленьких необитаемых островка Такэсима (по-корейски Токто), находящихся в Японском море и принадлежавших до этого Корейскому королевству (в настоящее время эти две скалы являются предметом территориального спора между Японией и Республикой Корея). А через несколько лет зависимая от Японии Корея вообще была аннексирована Японской империей (в августе 1910 года в Сеуле был подписан японско-корейский договор об аннексии, носивший название «Никкан хэйго») и превратилась в ее колониальное владение. Корея стала губернаторством, управляемым японским губернатором, как и остров Хоккайдо.

Успеху японцев в кампаниях Русско-японской войны сопутствовали незавершенность военно-стратегической подготовки русской армии, удаленность театра военных действий от главных центров Российской империи, плохие коммуникации, неудовлетворительное техническое оснащение российских войск и ряд других факторов.

Отличительной особенностью Русско-японской войны 1904–1905 годов было чрезвычайно гуманное отношение к русским военнопленным. Как неоднократно упоминалось ранее, в Японии прежде не было понятия «пленный». Самурай либо погибал в сражении, либо совершал самоубийство. Русско-японская война, таким образом, была своеобразным новым опытом для японцев. А пленных оказалось достаточно много – около 80 тысяч человек (из Порт-Артура, после сражения под Мукденом, с Сахалина и т. д.), большая часть которых содержалась в самом большом лагере, находившемся около города Осака, чуть меньшая – в пригороде города Токио Нарасино. Всего для русских было устроено 29 лагерей. Внешнюю охрану несли японские военнослужащие, внутри действовало самоуправление. В числе пленных были раненые моряки с крейсера «Варяг», солдаты, матросы и казаки, а также командующий русской эскадрой Рожественский, получивший ранение в Цусимском сражении. Причем никакой ненависти к пленным русским со стороны японцев не было, так как власти разъяснили местному населению, что пленные, согласно международным договоренностям, не являются злодеями и преступниками. Русские исполняли всего лишь свой долг перед родиной.

Особенно хорошо японцы относились к офицерам царской армии. Их разместили отдельно от нижних чинов – в нескольких буддийских храмах. Офицерам разрешено было многое. Они имели право выходить за пределы отведенных для них помещений, путешествовать по стране, осматривать достопримечательности, посещать горячие источники. Совершенно свободно русские офицеры могли общаться с японскими красавицами. Они могли даже выписывать себе семьи из России.

И у офицеров, и у рядовых условия жизни в лагерях для военнопленных были хорошими. Уровень гигиены – высокий. В лагере Нарасино была своя больница.

В том же лагере была устроена школа, где преподавал по собственному желанию российский офицер. Разрешалась переписка с родственниками, правда, письма проверялись японскими цензорами. Питание было удовлетворительным и разнообразным. К традиционному японскому овощному супу и рису добавлялись рыба или мясо. Мало того, каждый пленный получал от российского правительства через посольство Франции в Токио деньги. Унтерам в зависимости от числа лычек на погонах полагалось от одной иены в месяц до полутора, рядовым – по пол-иены. Большая серебряная монета (1 иена) в Японии в то время была довольно большой суммой. 4 литра сакэ можно было купить именно за 1 иену, а полтора килограмма риса стоили тогда десятую часть иены – 10 сэн.

В лагерях была разрешена свобода вероисповедания. Русские верующие построили себе православную церковь, куда регулярно приезжал священник из главного православного токийского храма Японии Никораи до. У мусульман была мечеть, у католиков – костел, а у евреев – синагога. Имели свою молельню и протестанты.

Япония в начале столетия стремилась показать общественному мнению мирового сообщества, что Страна восходящего солнца представляла собой новую великую державу, способную победить такую же великую державу, как она сама. В этой связи Япония старалась показать мощь, но и продемонстрировать свою цивилизованность. Отношение к пленным было проявлением этой цивилизованности. Другими словами, отношение к пленным отличалось в начале XX века немыслимой гуманностью, чего уже не было во время Тихоокеанской войны, когда милитаристская пропаганда Японии всех пленных американцев, австралийцев, новозеландцев и вообще европейцев представляла как животных и каких-то дьяволов-колонизаторов, от которых, кроме зла, ничего ждать было нельзя.

Еще несколько слов о итогах Русско-японской войны. Можно с большим удовлетворением отметить, как относятся японцы к российским морякам и солдатам, павшим во время кампаний этой войны. На русском кладбище города Нагасаки похоронено более 500 погибших во время Цусимского сражения и других боев русских военнослужащих. Кладбище поддерживается сейчас местными властями в чистоте и весьма хорошем состоянии.