Пока шли переговоры, японцы продолжали свирепствовать в Корее, жестоко расправляясь с повстанцами. Они разрушили и разметали древнюю столицу Кореи Кёнджу, поголовно вырезав все местное население в отместку за то, что ранее им этот город взять не удалось.
В это же время японцами была совершена еще одна акция, которую можно приравнять к крупной победе. Если верить одной из версий, людям Кониси Юкинаги удалось запустить в корейское военное руководство дезинформацию о заговоре и тайных связях адмирала Ли Сун Сина с японцами. Возможно, что ван Кореи действительно поверил в этот нелепый навет после стольких блестящих морских побед своего флотоводца над японцами. В крайнем раздражении ван отстранил от командования флотом Ли Сун Сина, заменив его на должности командующего бездарным адмиралом Вон Гюном. Если ван действительно поверил клевете, то глупости и ограниченности человеческой можно только удивляться. По второй версии, Ли Сун Син, став настоящим героем Кореи, в результате возни придворных, недовольных его возвышением и влиянием, был оклеветан. Адмирала обвинили в «нарушении приказа», в результате чего флотоводец был отстранен от должности, разжалован в матросы и заключен в тюрьму.
Тем временем в 1596 году переговоры китайских послов о мире подошли к завершающей стадии, и они снова прибыли в Осаку с итоговыми документами. Без конца врать и выкручиваться было уже невозможно. Никаких положительных результатов достичь не удалось. Послам пришлось передать японскому диктатору официальный документ императора Китая, где он как бы прощал тот разбой, который воины Хидэёси учинили в Корее, а самого Хидэёси он признавал ваном Японии и своим вассалом. Хидэёси пришел в бешенство от прочтения документа, лично избил китайских послов и приказал выбросить их с позором из своей резиденции пинками. Произошло удивительное. Для китайских послов такой результат переговоров был наилучшим – они остались живы.
Ответом на оскорбительное послание императора Китая была отправка в Корею нового контингента японских войск в составе 141 тысячи человек на двухстах кораблях под общим командованием Кобаякавы Хидзаки. Силы японцев, как и в первый раз, успешно высадились на Корейском полуострове. Началась вторая стадия войны с Кореей и Китайской империей, в распоряжении которой было около 105 тысяч воинов.
За четыре года японский флот получил существенное пополнение в кораблях, которые уже не уступали корейским, а известие о отстранении Ли Сун Сина от руководства корейским флотом воодушевило японских военных моряков. В результате битвы при Чхильчонняне японцам удалось заманить в ловушку корабли нового адмирала Кореи Вон Гюн и почти полностью уничтожить флот корейцев. Осталось только 12 или 13 кораблей типа пханоксон. Сам Вон Гюн был убит в сражении. Неприятностью для корейцев было также то, что много корейских кораблей было уничтожено тайфуном.
К счастью для корейцев, разум восторжествовал. Чтобы спасти положение, вану Кореи пришлось освободить Ли Сун Сина, и он был восстановлен в качестве главнокомандующего корейским флотом.
И тут же свершилось небывалое. Чудо («Чудо при Мённяне») произошло еще раз. Ли Сун Син, вступив с оставшимися 12 «кораблями-черепахами» в морскую схватку с 200 японскими боевыми судами (по другим сведениям, их было 333), потопил 50 из них, не потеряв при этом ни одного своего корабля. Большая часть японских кораблей была завлечена в узкий пролив и разбита силой течения. Корейцам оставалось только добить силы неприятеля.
Последняя морская битва между корейцами и японцами произошла при Норяне 16 сентября 1598 года. У японцев было до 500 плавсредств, предназначенных для эвакуации армии в Японию. Талант главнокомандующего и лучшая подготовка корейских военных моряков позволили корейцам еще раз показать свое господство над японцами в море. Эвакуация японских войск была сорвана 16 декабря боем в бухте Норян. Ли Сун Син потопил почти весь японский флот, предназначенный для эвакуации самураев в Японию. 10 тысяч солдат Японии утонуло в холодных морских водах, так и не вернувшись с победой на родину.
До конца выполнил свой воинский долг и Ли Сун Син. В последнем сражении он был смертельно ранен шальной пулей. Умирая, адмирал просил подчиненных скрыть факт его смерти, дабы не вызвать деморализации у своих моряков. Еще через некоторое время к месту боевых действий прибыло китайское подкрепление, состоявшее из множества китайских императорских кораблей. Вопрос о поставках японским войскам в Корее всего необходимого – вооружения и продовольствия – был решен: они прекратились.
На суше ситуация для японцев обстояла не лучше. При высадке и продвижении вглубь корейской территории японские войска опять одержали ряд побед, но к осени 1598 года положение вновь изменилось. Сначала императорский Китай прислал в помощь корейцам 150 тысяч войск, и японцы вынуждены были начать отступление на юг Корейского полуострова. Во второй половине 1598 года прибыли новые китайские подкрепления. Японцы оказались запертыми в ряде крепостей на юге Кореи, которые они тем не менее успешно обороняли.
Хидэёси постоянно недомогал и, чувствуя приближение своей кончины, отдал командованию войск экспедиционного корпуса приказ об отступлении и выводе самураев с полуострова. 18 сентября 1598 года диктатор скончался.
Однако вывести армию за пределы Кореи оказалось совсем не легким делом. С одной стороны были наступающие китайско-корейские силы, численно превосходившие японские, с другой – море с множеством китайских кораблей. Особо большие потери понес корпус Кониси Юкинаги. На помощь ему пришли Като Киёмаса и князь Симадзу из провинции Сацума. При Сачхоне произошло последнее крупное сухопутное сражение китайско-корейских войск с японцами. Японцы победили. Китайско-корейская армия оставила на поле битвы около 40 тысяч убитых, уши и носы которых, как и прежде, были отрезаны и отправлены в Японию.
На берегу японцы продолжали отчаянно сопротивляться, и вследствие этого вскоре между Китаем и Японией было достигнуто соглашение о беспрепятственном возвращении в Японию японских солдат. Более половины японского флота было уничтожено. Однако Кониси, Като и Симадзу смогли 21 декабря вывезти свои войска из Кореи. Последние корабли с японцами ушли в Японию, на Цусиму, 29 декабря. Японцы, возвращению которых никто не мешал, не растерялись и вывезли из Кореи большое количество ценностей и произведений искусства, а также специалистов в разных областях техники, в частности мастеров по производству фарфора, книгопечатанию, ученых-конфуцианцев.
Война была проиграна. Она привела японский народ к большим человеческим и материальным потерям, пострадала экономика страны в целом. Таким образом, провалилась первая авантюрная и широкомасштабная японская попытка покорения «цивилизованных стран» Восточной Азии с целью дальнейшей эксплуатации их человеческих, культурных и сырьевых ресурсов. Кампания по захвату Кореи и Китая не достигла желаемого результата, унеся с собой в могилы миллионы убитых из всех воевавших стран. Население Кореи сократилось почти вдвое. Множество людей умерло от голода, а государство постигла культурная катастрофа. Безвозвратно были утрачены многие памятники старины, сожжены храмы, уничтожены старинные исторические записи.
После смерти Хидэёси в Японии началась очередная смута. Оживился влиятельный и могущественный феодал Токугава Иэясу, который был наиболее приемлемым кандидатом на роль главы государства. Используя успехи, достигнутые Одой и Хидэёси, он окончательно объединил страну после битвы при Сэкигахаре в 1600 году, в которой разбил войска других претендентов на центральную власть.
Режим военного правительства сёгунов Токугава просуществовал до второй половины XIX века без крупных внутренних войн и внешних конфликтов. Это было время наивысшего развития и подъема системы военного правления. Лишь один раз клану Токугава пришлось применить силу против сына Тоётоми Хидэёси Хидэёри, восставшего против верховного правителя в городе Осака. Противостояние окончилось в 1615 году победой войск сёгуна.
Однако военные лидеры Японии, объединив страну и внимательно наблюдая за обстановкой в ней, стараясь не допустить образования враждебных власти союзов и заговоров, всегда помнили о внешней угрозе со стороны европейских держав, имевших колониальные устремления в мире, и в Азии в частности.
Во второй половине XVI века в Японии появились европейские торговцы. Это были португальцы, а затем и голландцы, испанцы, англичане. Появление их было полезно Японии, поэтому международным связям и торговле японцы не препятствовали и стремились расширять отношения с иностранцами. Но почти одновременно с торговцами туда начали прибывать христианские миссионеры – проповедники римской католической церкви, задачей которых была организация христианских миссий и распространение на островах католицизма. Наиболее богатый опыт приобщения с помощью католических миссий других народов к христианству, с последующим учреждением на чужих землях колоний, имели португальцы и испанцы. Христианская религия столь напористо и последовательно осуществляла свою религиозную пропаганду в Японии, что примерно к началу XVII века в католицизм было обращено около трехсот тысяч японцев. Христианами становились не только простые японцы – крестьяне и горожане, но и даймё – феодальные князья со всеми своими вассалами-самураями. Некоторые из них стали слишком горячими приверженцами христианства, например даймё Такаяма Укон (он же Дом Джусто), принявший христианство еще в детстве вместе с родителями в 1564 году и посвятивший всю свою сознательную жизнь вере в Иисуса Христа.
Чуждая Японии религия начала борьбу с противостоящими ей религиозными системами, которыми в данном случае были синтоизм и буддизм. Началась борьба церквей, в ходе которой христиане на юге Японии начали уничтожать монастыри и храмы противоположных им религий, разрушать национальные религиозные символы и институты. В то же время число католических церквей росло прямо на глазах. Создавалась довольно мощная база противостояния существующим порядкам и традициям.
Ко всему этому добавилось еще и то, что Япония стала ареной противостояния католицизма и протестантства. Католики в лице испанцев и португальцев начали борьбу с протестантами, которыми были англичане и голландцы. Буддизм и синтоизм в Японии не противоречили друг другу, а мирно сосуществовали и взаимодействовали. Христианские же религиозные течения были непримиримы одно другому. Во Франции подданные одного и того же государства, католики и протестанты, на религиозной почве вели гражданские войны уже ряд лет. Апофеозом этого противостояния стала так называемая Варфоломеевская ночь в католическом Париже, когда католики ночью 24 августа 1572 года, в канун Дня святого Варфоломея, устроили самую массовую и кровавую резню столетия, уничтожив за несколько часов около 30 тысяч протестантов. Избиение протестантов, начавшись в Париже, перекинулось затем на другие города и населенные пункты и превратилось в бойню в масштабах всей страны. Пострадало множество совершенно ни в чем не повинных людей. Для Японии такое противостояние было чрезвычайно опасно, так как могло втянуть страну и ее людей не только в очередную смуту на островах, но и в широкомасштабный конфликт с государствами, поддерживавшими разные течения христианства.