Когда надо было, он действовал открыто, когда надо – выполнял приказания царя тайно. Так, по-тихому, Малюта убрал потенциального претендента на престол – двоюродного брата царя удельного князя Владимира Андреевича Старицкого, митрополита Филиппа, осуждавшего репрессивную политику царя и многих им подобных людей.
Продвижение вверх по служебной лестнице главы тайной полиции при этом происходило, как бы, само собой.
Например, в 1570 г., во время карательного похода на новгородскую элиту, рассматривавшую возможность переметнуться на сторону поляков и принять католичество, он обнаружил, что многие опричники занялись не поиском крамолы, а личным обогащением, и доложил об этом царю. Иван Васильевич назначил его ответственным за чистку рядов своего военно-духовного ордена, превратившегося в орден военно-грабительский.
По результатам проведенного Скуратовым следствия своих мест, а затем и голов, лишились старые руководители опричнины – бояре Алексей Басманов и его сын Федор Басманов, князь Афанасий Вяземский, а также еще более сотни человек.
Позже Скуратов участвовал в следствии по делу царского шурина, главы опричной Думы князя Михаила Темрюковича Черкасского. Поступили сведения, что он списывался со своим отцом, который служил в войске Девлет-Гирея во время его набега на Москву в 1571 г.
Найти доказательств измены шурина царю не удалось, но он был объявлен виновным и, по приказу Скуратова, тайно зарублен стрельцами прямо на улице столицы. Трех опричных воевод, обвиненных вместе с Михаилом Темрюковичем в сдаче Москвы, отрыто судили и казнили.
Григорий Лукьянович не был записным душегубом, как его после смерти изображали представители «старой» элиты, которым он действительно нанес немалый урон. Он любил свою жену и трех дочерей. Озаботился составить для каждой дочери выгодную брачную партию.
Все его дочери унаследовали отцовскую природу и вели жестокую борьбу за место под солнцем, но только своими, женскими способами.
После решения Ивана Васильевича распустить опричный орден, Скуратов впервые в своей жизни столкнулся с тем, что не знал, как поступить. Дававшее ему неограниченную власть место главы опричного сыскного приказа оказалось под угрозой ликвидации.
Полагаясь, как обычно, на интуицию, Григорий Лукьянович постарался переключить внимание царя со сложной проблемы выстраивания нового аппарата государственного управления на проблему борьбы с его личными врагами, в которой хорошо поднаторел.
Ябеда Ивана Поливанова на злонамеренное уничтожение отряда опричников дошла до Скуратова и тот, видя, что государя заботит непомерно возросшая слава героев молодинской битвы, улучил время и доложил о ней царю. В дополнении к пересказу содержания ябеды Поливанова, он рассказал о том, что Воротынский и его воеводы были недовольны тем, что царь не оценил должным образом их военные заслуги.
О том, что назначение Михаила Черного командиром опричного отряда произошло по рекомендации Хворостинина, Скуратов царю докладывать не стал. Тому были свои причины: во-первых, Дмитрий Иванович послушался его совета и не стал раздувать дело со смещением смоленского наместника князя Ивана Андреевича Шуйского, ставшего ему вскоре свояком и, во-вторых, князь не стал отзывать в свой полк Бориса Годунова, женившегося на его дочери Марии.
Царь попервоначалу на донос начальника сыскного ведомства не отреагировал, поскольку видел, что в народе сильно почитание героев молодинской битвы. Однако он отправил воевод-победителей на выполнение новых военных заданий в отдаленные уголки страны.
Еще весной 1572 г. в Москву поступили сведения, что луговая и горная черемиса ведет переговоры с крымским ханом.
Летописец сообщал по этому поводу: «Приехали два черемиса Агиш, и Мустафа с новокрещенным Иванчею от горных и луговых людей и просили крымского хана послать войско на Волгу, чтобы вместе вести войну против Москвы».
Повстанцы были также связаны с башкирами и Сибирским ханством. Крымский хан тогда проигнорировал предложение черемисских послов, решив, что сам справится с русскими.
Тем не менее, восстание черемисов началось. Жрецы подговорили народ напасть на небольшие отряды стрельцов и казаков, размещенные в острожках и всех их вырезали.
Царь послал на подавление восстания черемисов полк под командованием Дмитрия Хворостинина и его брата Федора. Однако в тот год выдалась необычно снежная и холодная зима. Русская рать не сумела добраться до места назначения из-за «великих снегов».
За это, как пишет летописец, «государь тогды опалу свою положил на князя Дмитрея, да на князь Федора Хворастининых, на обеих, и велел им быть к себе».
Опала заключалась в том, что братьев одели в женское платье и заставили, в присутствии государева Двора, крутить жернова и молоть муку. Наказание это было весьма обидное и имело цель снизить народное почитание воеводы героя и его брата. Гордыня царя были частично удовлетворена.