В январе 1919 был создан Особый отдел, занимавшийся борьбой со шпионажем и контрреволюцией в армии и на флоте. В феврале Дзержинский создал Секретный отдел ВЧК, занимавшийся борьбой с антисоветчиками там, где это было наиболее опасно для страны. В июне на III Всероссийской конференции ВЧК и местных ЧК был создан Секретно-оперативный отдел, занимавшийся охраной революционного порядка, предупреждением и пресечением контрреволюционных явлений. В сентябре было создано Управление лагерей, только после смерти Дзержинского и Менжинского ставшее сталинским ГУЛАГом.
В ноябре 1919 года управляющим делами Особого отдела, а затем управляющим делами всего ВЧК был назначен Генрих Ягода, при Железном Феликсе честно выполнявший свои обязанности.
В 1920 году в ведение ВЧК перешла Погранохрана. В июле 1920 года Коллегия ВЧК состояла из Ф. Э. Дзержинского, Я. Х. Петерса, И. К. Ксенофонтова, М. Я. Лациса, М. С. Кедрова, В. А. Аванесова, В. Н. Манцева, В. Р. Менжинского, Г. Г. Ягоды, Ф. Д. Медведя, Н. Н. Зимина, С. А. Мессинга, В. С. Корнева. В ноябре при Президиуме Коллегии ВЧК вместо Оперативного было создано Специальное отделение, охранявшее высших руководителей и правительственные объекты. В декабре 1920 в ВЧК была создана внешняя разведка, для которой не было мировых тайн, – Иностранный отдел.
В январе 1921 года Оперативный, Особый и Секретный отделы были объединены в Секретно-Оперативное управление, которое неоднократно реорганизовывалось. Тогда же было создано Экономическое управление ВЧК, занимавшееся борьбой с преступлениями в государственной экономике, экономическим шпионажем, саботажем, спекуляциями. ЭКУ «вело» все наркоматы-министерства огромного Советского Союза.
В январе 1921 года в ВЧК был создан Специальный отдел во главе с Г. И. Бокием. Отдел занимался шифровальной связью, секретным делопроизводством, дешифровкой чужих кодов, наблюдением за режимом секретности во всех организациях СССР, он осуществлял радиоперехват, изготавливал «конспиративные» документы, занимался химией, графологией, фотографией, руководил лагерями особого назначения. В марте в ВЧК был образован аналитический Информационный отдел, готовивший руководству страны доклады и сводки на основе донесений со всей страны.
К концу 1921 года Центральный аппарат ВЧК состоял из следующих подразделений и служб: Секретно-Оперативное управление, Экономическое управление, Управление делами, Административно-Организационное управление, Управление войск, Транспортный отдел, Специальный отдел, Следственная часть, Отдел снабжения, Служба охраны руководителей страны.
После окончания Гражданской войны было принято решение о реорганизации ВЧК, которая была упразднена решением Политбюро ЦК РКП(б) 23 января 1922 года. Вместо нее в составе Народного комиссариата внутренних дел было создано Государственное политическое управление при НКВД РСФСР.
ВЧК и затем ГПУ имели губернские и уездные органы, со штатом: председатель, заведующий следственно-оперативной частью, член-секретарь, следователь, комиссар-разведчик, делопроизводитель, информатор, машинистки, регистраторы, конюхи, шоферы, рассыльные, охрана.
С декабря 1917 года ВЧК не только пресекала, но и предупреждала преступления против народа, который сразу это понял и принял. Эффективность ее работы во многом зависела от народной поддержки. Рабочие, крестьяне, солдаты массово сообщали в Комиссию о контрреволюционных действиях клевретов старой власти. Дзержинский в своих инструкциях первым чекистам писал, что они должны быть вежливыми с врагами, а аресты контрреволюционеров называл «злом, к которому еще необходимо прибегать, чтобы восторжествовали добро и правда». Председатель требовал от чекистов доставать оружие только в случае опасности для жизни, а за необоснованное использование его для выбивания показаний их увольняли из ЧК, арестовывали на три месяца и высылали из столиц. Дзержинский говорил, что каждый чекист должен помнить, что он представитель Советской власти рабочих и крестьян и что всякий его окрик, грубость, нескромность, невежливость – пятно, которое ложится на эту власть.
Арестованные ВЧК контрреволюционеры освобождались, если давали честное слово не вредить Советской власти. Так, например, были освобождены многие генералы и министры Временного правительства Керенского. Чекисты были великодушны к побежденным революцией. Пока те не сорвались с цепи от ненависти к ней. Главный большевик и председатель Совнаркома Владимир Ленин писал: «ВЧК – это то учреждение, которое было нашим разящим оружием против бесчисленных заговоров, покушений на Советскую власть со стороны людей, которые были бесконечно сильнее нас».
После подписания Брестского мира Германией и Советской Россией 3 марта 1918 года страны Антанты начали интервенцию погибшей империи, не задумываясь ударив лежащего раненого под дых. Оккупанты забыли, что раненой была Великая Россия, средств победить которую в природе не существует.
В марте англичане и французы заняли Мурманск, в апреле вместе с японцами – Владивосток, в августе – Архангельск. Они объявили о поддержке всех врагов Советской власти, и в мае сто тысяч военнопленных чехов и словаков взбунтовались по всей объединявшей Россию Транссибирской магистрали. Везде возникали контрреволюционные центры, пытавшиеся вернуть старую власть. В деревне начался драматичный передел земли, полей, лесов и рек. Бывшие развязывали кровавую Гражданскую войну и со всего размаху получили ответ освободившегося от пут невменяемого Самодержавия народа. Ответ на оккупацию и контрреволюцию от имени двухсот миллионов ставших гражданами подданных дала ВЧК. Посеявший ветер пожнет бурю. Туда и дорога.
Промышленники, банкиры, сановники, чиновники, крупные землевладельцы, купцы, не знавшие конкуренции, стали объединяться в антисоветские организации. Спекулянты придерживали продукты и вздували на них непомерные цены. Бандиты и мародеры свирепствовали везде и всюду, грабя и убивая мирных людей ни за понюшку табаку.
Генерал Юденич в начале 1918 года находился в Петрограде и через антисоветское подполье договаривался с германским командованием свергать большевиков. Посол Германии докладывал в Берлин об агонии большевиков и их падении в случае любого крупного наступления немцев. Посол Франции вместе с Борисом Савинковым, эсером-террористом, со словами «Европа не потерпит российского социализма», готовил переворот. Посол Англии активно поддерживал создание на Дону и Кубани белой гвардии, тратя на это астрономические суммы.
На Дону, в Сибири, в Финляндии, получившей независимость от большевиков, формировались белые армии, в Москве и Петрограде готовили путч, мятеж и переворот одновременно, бесчисленные «союзы освобождения России» вербовали офицеров на Дон, и не было этому ни конца ни края.
Первый раз в машину Председателя Совета Народных Комиссаров Владимира Ленина стреляли 1 января 1918 года, затем покушения на вождей большевиков пошли строем. Рабочих, крестьян, солдат, мещан-горожан дружно пытались опять и опять загнать в прогнившее стойло царизма, но не тут-то было. 24 февраля 1918 года СНК РСФСР принял декрет «Социалистическое отечество в опасности», в котором говорилось: «Неприятельские агенты, спекулянты, громилы, бандиты, контрреволюционные агитаторы, германские шпионы расстреливаются на месте преступления».
В первой половине 1918 года ВЧК расстреляла нескольких бандитов, выдававших себя при грабежах и разбоях за чекистов, которые, например, при пытках мирных граждан могли снять с них скальп, а затем полить их головы одеколоном. Однако бывшие дрались за возвращение старой власти и ее кормушек с утроенной силой, и кровавый хаос захлестнул огромную страну огромной волной. 10 июня 1918 года СНК выступил с обращением: «Бандит Дутов, чехословаки, беглые офицеры, агенты англо-французского империализма, бывшие помещики и кулаки объединились в один священный союз против рабочих и крестьян. Если они победят, прольются реки народной крови и снова восстановится власть монархии и буржуазии. Долой изменников-насильников! Смерть врагам народа!»
Гражданская война приняла ожесточенный характер, повсюду – в России, Беларуси, Украине, Поволжье, Сибири, Дальнем Востоке, Прибалтике, Туркестане шли бессудные расстрелы рабочих и крестьян. Чиновники государственных органов, министерств, ведомств, военных штабов, городских и уездных управ, почты, телеграфа, казначейств, банков отказались от службы под командой присланных к ним советских комиссаров. Заводчики специально задерживали заработную плату рабочим, пытаясь вызвать их недовольство, оптовые купцы останавливали поставки продовольствия в города и устанавливали на продукты немыслимые цены. Доходило до того, что в Петербурге саботажники остановили работу даже телеграфных станций, а совет чиновников продовольственных ведомств постановил прекратить поставку продуктов в Москву и Петроград, чтобы революция как можно скорее.
В совет саботажников пришел Дзержинский с чекистами и арестовал вредителей, готовых уморить голодом десятки тысяч стариков, детей, женщин. Перепуганная торговая сволочь пообещала прекратить саботаж и тут же была освобождена, сдав служебные документы и ключи. Чекисты закрыли «Союз саботажников», финансировавший чиновников, взяв с его членов подписку не вредить народу и отпустив на все четыре стороны. В стране заработали фабрики, заводы, банки, транспорт, государственные органы. Только что созданная ВЧК без капли крови спасла народ от голода и не дала развалить страну. Именно продолжающиеся попытки тотального саботажа и вынудили Советскую власть к национализации экономики. Стало ясно, что бывших хозяев жизни в Российской империи по-хорошему от контроля финансовых потоков государственной казны не оттащить.
Руководители большевиков Я. Ганецкий и Н. Бухарин вспоминали: