Служба установки наружного наблюдения, обысков и арестов.

Отдел «С» – выполнение специальных поручений.

Шифровальная служба.

Отдел кадров.

Финансово-хозяйственный отдел.

Секретариат.

Структура НКГБ СССР в 1943 году:

Управление разведки.

Управление контрразведки.

Транспортное управление.

Управление организации террора и диверсий на оккупированных землях.

Управление шифровально-дешифровальное и спецсвязи.

Управление охраны руководителей партии и правительства генерала Н. Власика.

Управление коменданта Московского Кремля.

Учетно-архивный отдел.

Отдел оперативной техники.

Отдел военной цензуры и перлюстрации корреспонденции.

Следственная часть по особо важным делам.

Отдел «К», созданный в 1945 году для обеспечения объектов, занятых созданием атомной бомбы.

В конце войны органы госбезопасности занимались выселением из мест проживания в Сибирь и Среднюю Азию карачаевцев, калмыков, чеченцев, ингушей, крымских татар, болгар, греков, армян, турок, курдов, западных украинцев и прибалтов.