Незадолго до этого у него внезапно разболелась нога. Когда врач скорой помощи осмотрел ногу, то обнаружил под пальцем нарыв и по всем признакам определил, что нарыв этот связан с диабетом. Врач приписал строгую диету. Через несколько дней рана затянулась, опухоль сошла и И. С. П. решил ехать в Болгарию.
Он выехал туда 7 сентября и пробыл в Болгарии две недели, о чём уже упоминалось.
В Германию Проханов возвращался вверх по Дунаю, пароходом. Пять дней пути в окружении прекрасной природы. Но наслаждаться ею мешала вновь возникшая боль в ноге. Появилась опухоль. И. С. П. очень страдал в дороге и, прибыв в Берлин, тут же отправился вместе с Кифером на пункт скорой помощи. Оказалось, что рядом с зажившим на ноге образовался второй нарыв. Точный анализ на сахар показал, что сахар был уже и в крови. Состояние больного становилось всё хуже. Температура поднялась до 39 градусов. Врач решил перевезти Проханова в больницу.
И. С. П. был крайне огорчён этим решением врача и долго не соглашался на больницу, говоря, что там будет изолирован от всех дел, тогда как дома он может с кем нужно поговорить по телефону и ежедневно узнавать обо всём интересующем его. Врач же ссылался на необходимость хорошего медицинского ухода и врачебного надзора, обеспечить котопые можно лишь в больничных условиях. В конце-конпов И. С. П. согласился переехать в частную клинику.
А. Кифер трогательно рассказывает о последних минутах перед отъездом из дома, куда вернуться Проханову не было суждено. И. С. П. своими детски-чистыми глазами посмотрел на него и с явной тоской в голосе, которая читалась и в выражении его лица, произнёс:
“А всё-таки мне трудно расставаться с вами!”
Вероятно, он чувствовал, что по воле Всевышнего должен оставить своего близкого сотрудника и отойти в вечность...
Оставляя квартиру, он громко воззвал к Господу:
“Господи! благослови и этот путь!”
Анализами в клинике были установлены первые признаки присутствия в крови ацетона, а также артериосклероза и первые очаги начинающегося воспаления лёгких. Кроме того, кровеносная жила приняла темносинюю окраску уже выше колена, а внизу на ноге показались зловещие чёрные пятна. Положение больного было признано очень опасным. Врачи решили было — пытаясь спасти пациента — ампутировать ногу выше колена. Дело было, однако, в том, что при наличии сахарной болезни и ацетона в крови производить операцию ноги было бы безнадежно, так как подобные больные её не выдерживают.
В связи с этим друзья Проханова — пасторы В. Л. Жак и И. Унгнад решили перевезти больного в только что выстроенную и прекрасно оборудованную евангельскую больницу имени немецкого реформатора Лютера, в которой работали опытные професора и хирурги.
В эту больницу Проханова перевезли в четверг 3 октября. Состояние его продолжало стремительно ухудшаться. Примененное новое лечение не оказало на организм ожидавшегося действия. Процесс воспаления в ноге, осложненный воспалением легких, остановить не было надежды. Врачи до конца старались делать всё от них зависящее, но против Высшего определения и искусство врачей было бессильно.
Когда братья и .сёстры, члены Берлинской общины, узнали о крайне тяжёлом состоянии Ивана Степановича, то собрались в общине и горячо молились, прося Господа помочь ему в страданиях. Потом все посетили И. С. П. в больнице. Он часто впадал в забытье. Но когда он чувствовал облегчение, то с улыбкой на лице принимался беседовать с преданными ему друзьями.
А. Кифер рассказывает об особенно трогательном переживании в те дни. Он обратился к И. С. П. с просьбой простить ему всё, чем когда либо по немощи своей огорчил его. Проханов кивнул головой в знак прощения. Но А. Кифер хотел услышать ясное слово прощения из его уст. И повторил свою просьбу:
“Прощаете ли мне, Иван Степанович?” Тогда И. С. П. четко ответил:
“Я уже сказал, что прощаю. Вообще наступает время объявить евангельскую амнистию всем работникам на ниве Божией и всем другим во всём, что было нехорошо”.
Слово о евангельской амнистии (прощении) так занимало его мысли в тот момент, что он ещё несколько раз повторил: “очень просто... всем прощаю... больше ничего... всё хорошо!” Это была амнистия Мужа Божия для всех доброжелательных и недоброжелательных по отношению к нему единоверцев.
Когда в пятницу 4 октября он проснулся около 11 час. утра, то увидев вокруг себя братьев и сестёр, весь просиял и воскликнул: “Всех люблю” и приветливо протянул всем им руки.
Присутствующие поспешили ответить ему: “Иван Степанович, милый, дорогой наш брат, возлюбленный!” Но радость их была короткой. Глаза И. С. П. закрылись, и он снова впал в забытье...
В другой раз А. Кифер произнёс в присутствии друзей стих из Поел. Рим. 11,36: “Все из Него, Им...”, а И. С. И., указав рукой вверх, добавил: “...и к Нему”, а после проговорил :