Сразу же принялся Проханов за дело: чистил и убирал, раздавал лекарства, ухаживал за больными. Через три недели он сам заразился дизентерией и едва не умер. Но Господь услышал его молитвы, исцелил и сохранил его. Страждущим духоборам Проханов продолжал служить чуть не до самого отъезда их в Канаду. Со слезами благодарили они его за христианскую помощь.
В конце ноября 1898 года, приготовившись ко всему и поручив себя Господу, Проханов выехал пароходом в Константинополь. Поскольку у него не было никаких документов, турецкие таможенники задержали его и передали в русское консульство; чиновники же из консульства под надзором отправили И. С. П. русским пароходом в Одессу.
Трогательные моменты пережил он во время этого короткого плаванья: вновь услышал родной язык, а когда опустились сумерки — вечернюю песнь-молитву, которую пели русские матросы...
— Что же будет дальше? — думал он.
Сразу же по прибытии в Одесу, Проханова отвезли к градоначальнику, князю Шувалову. Долгое время просидел он в одиночестве, в какой-то комнате и чего только не передумал! Но вот в комнату вошёл князь. Внимательно, но молча осмотрел его и, не говоря ни слова, вышел. Затем появился чиновник и сообщил Проханову, что его отправят во Владикавказ, где ему предстоит жить под надзором полиции. На другой день он уже снова был на корабле. Севастополь, Ялта, Новороссийск... Оттуда поездом во Владикавказ.
Возникает вопрос, что послужило причиной такого снисходительного обращения властей с Прохановым?
Лишь после узнал он, что жестокий противник сектантов генерал-губернатор Коханов, который отправил в ссылку его отца, незадолго до его приезда был неожиданно снят. Не всемогущая ли Божья рука действовала тут, задержав И. С. П. на Кипре до отстранения Коханова от власти!
Вскоре и полицейский надзор был снят с Проханова, и он снова стал свободным гражданином.
Посещение отца в ссылке. Поступление на службу. Женитьба.
Итак, после снятия с поста генерала Коханова преследования иноверцев на Кавказе несколько смягчились. На совместных молитвенных собраниях верующие благодарили Господа и за это, и за возвращение Проханова, которому не могли нарадоваться. С дерзновением проповедывал Проханов и на этих собраниях, и на собраниях молокан.
Вскоре, получив на это разрешение властей, он собрался в Елисаветградскую губернию, где в поселке Герюсы проживали в ссылке его отец и другие верующие братья.
Дорога туда вела через Тифлис и, воспользовавшись этим обстоятельством, И. С. П. выступил с проповедями на больших собраниях верующих в Тифлисе.
Из столицы Грузии вместе со своим спутником, братом Козаковым, И. С. П. отправился в Герюсы; ехали они верхом на лошадях, то поднимаясь по склонам гор, то передвигаясь по краю пропасти. Опасной была эта дорога: посёлок Герюсы, находившийся на дне глубокой долины, окружённой со всех сторон высокими горами, как бы представлял собой естественно возникшую тюрьму. Маленький бедный армянский посёлок, где ссыльные не могли заработать себе на пропитание. Положение их было трагическим.
И. С. П. и его спутнику разрешено было оставаться в Герюсах пять дней. Гости утешали ссыльных Словом Божиим, совместными молитвами; передали им продукты и деньги, которые привезли с собой. Вместе вспоминали они изречение, записанное в послании ап. Павла к Евреям 11,38: “Те, которых весь мир не был достоин, скитались по пустыням и горам, по пещерам и ущельям земли”.
Расставание было очень печальным. Со слезами и молитвами Господу о помощи ссыльным и даровании им стойкости.
Возвратившись домой, И. С. П. подал прошение властям об освобождении отца и его собратьев, несправедливо страдавших за свои религиозные убеждения.
Затем Проханов предпринимает необходимые шаги для устройства на службу. Будучи членом корпорации инженеров и техников, он обращается с просьбой туда.
Вскоре его командируют в Ригу для работы в железнодорожном управлении Рига — Орёл. Было это в 1899 году.
В Риге Проханову предложили должность ассистента, а потом и профессора на механическом факультет Политехнического института.
В материальной независимости И. С. П. нуждался прежде всего для евангелской деятельности, которую считал главной в своей жизни.