В начале ноября окончательно оформилась связь повстанцев с Джунаид-ханом.
Совместными усилиями противник задержал наше второе наступление до конца декабря.
С помощью подкрепления, прибывшего из Чарджуя, красные части 25 декабря, форсировав под огнем Аму-Дарью, вышли на левый хивинский берег. Быстрым движением вперед был занят г. Новый Ургенч. Противник в течение двух дней вел ожесточенный бой, стремясь вновь захватить город, но понес большие потери и отступил.
Начатые одновременно боевые действия в районе Нукуса отдали в наши руки ряд городов.
К красным бойцам присоединилась конница Кош-Мамед-хана, имевшего около 500 сабель.
В рядах восставших казаков начала сказываться усталость, которая привела к отказу от поддержки авантюры Джунаида.
9 февраля 1920 г. красным командованием был заключен мирный договор с казаками и каракалпаками, по которому казаки сдали оружие и приняли на себя обязательство защиты правого берега Аму-Дарьи от нападений иомудов.
Оставшись без поддержки Джунаид-хан был разбит под Батыр-Кентом 29 февраля 1920 г. и бежал в пески, а отряд его частью был уничтожен, частью разбрелся по домам.
Красная армия твердо придерживалась политики невмешательства во внутрихивинские дела, стремясь не нарушить принцип самоопределения народа. Действия Красной армии были направлены против белогвардейцев Чимбайского фронта. Только нападения Джунаид-хана вынудили Красную армию выступить против него. Разгром и бегство Джунаид-хана из Хивы позволили возвратиться младохивинцам к легальной политической деятельности.
В Хиве произошел переворот. Но Красная армия не принимает по-прежнему никакого непосредственного политического участия в развертывающихся событиях.
После переворота и бегства Джунаид-хана во главе государства встало Временное правительство с председателем Султан-Мурадовым. Первой задачей Временного правительства была организации армии, и по соглашению с представителем Российской Республики в Хиве, все хивинские подданные красноармейцы, состоявшие в наших рядах, послужили начальным ядром для дальнейшей организации хивинских отрядов Красной армии.
Но ряд мероприятий нового правительства явно шел вразрез с желаниями трудового дехканства.
В Хиве зародилась коммунистическая партия, которая быстро привлекла к себе симпатии масс. Временное же правительство пытаясь удержать власть, сеяло провокационные слухи о коммунистах и разжигало национальную вражду.
5 марта был проведен многотысячный митинг, на котором удалось выявить истинных врагов трудового народа. Возмущенные толпы дехкан бросились на назиров (министров) и едва не расправились с ними самосудом. От смерти членов Временного правительства спасло только вмешательство красноармейцев. Власть перешла в руки Революционного Комитета Хорезмской Республики. Собравшийся курултай (Съезд Советов) приветствовал происшедшую перемену. Был избран народный назират с председателем Палван-Юсуповым во главе, который взял решительный курс против буржуазии и духовенства.
К этому времени действовавшие в Хорезмской Республике и прилегавшем к ней Аму-Дарьинском районе русские войска, были объединены под командованием т. Михайлова.
С Джунаид-ханом были начаты мирные переговоры, но он вел себя так, что было выдвинуто требование о немедленном его разоружении. Очевидно подготовленный к подобному исходу дел, Джунаид-хан со своим конвоем (около 70–80 человек) внезапно, во время обсуждения договора, открыл огонь по нашему отряду (ок. 20 чел.), убив 12 человек, в том числе и командира отряда, бежал в пески. Через некоторое время, по полученным сведениям, Джунаид был замечен в районе Курганчик, где, выдав вооружение (до 50 винтовок) племени Мешериков, поднял его против дружественного нам племени иомудов Кош-Мамед-хана. Начавшиеся грабежи пограничной с песками полосы вынудили наше командование нарядить отряд для поимки Джунаида. Отряд в составе 2 эскадронов, 1 батареи, кав. разведки с 4 пулеметами, выступив из Хивы 14 июня под командой т. Михайлова, двинулся в район Курганчик и 20 июня разбил отряд противника, который, понеся большие потери людьми и имуществом, бросив юрты, вновь укрылся в песках.
Быстро добиться решительного успеха в борьбе с Джунаид-ханом было трудно, если не невозможно. Условия Хорезма с песчаными пустынями, высокой даже для Туркестана температурой и острым недостатком воды мешали проведению каких-либо крупных операций. Имевшиеся в небольшом количестве колодцы басмачи не раз скрывали от наших бойцов, искусно затягивая водоемы кошмами и насыпая их сверху песком. Но решительный отпор, который встречал Джунаид-хан от наших гарнизонов при его налетах на кишлаки, заставил туркменские шайки держаться более или менее пассивно, скрываясь при малейшем нажиме в пески и тщательно заметая за собой всякий след.
В ноябре хорезмское правительство попыталось вступить с Джунаид-ханом в мирные переговоры, но последний письменно заявил, что он не прекратит борьбы с советской властью и большевиками.
Боевые действия продолжались. Несмотря на трудность обстановки, части Красной армии дорого отплачивали Джунаиду за каждую попытку прорваться в культурную полосу и нарушить мирное строительство Хорезма.
Решения 4-го курултая положили начало ряду мероприятий в духе советского строительства. Буржуазия и духовенство, лишенные своих преимуществ, принужденные отказаться от доходов и поборов с дехканства, обратились за помощью к своему бывшему племенному врагу – Джунаид-хану. Началась скупка оружия, боеприпасов и подготовка к восстанию. Наступившее временное затишье на боевом фронте только прикрывало собой все эти приготовления.