Удар наносится двумя колоннами.

Маршрут левой колонны – от Байсуна на Денау, Гиссар, Душанбе, Кафирниган, Файзабад.

Маршрут правой колонны – от линии Ширабада – Термез на Кабадиан, Курган-Тюбе, Куляб и Бальджуан.

Правая колонна должна двигаться уступом вперед с целью захвата переправ через Аму-Дарью, дабы помешать уходу частей Энвера в Афганистан. При этом под нашим нажимом противнику оставалась только возможность отхода в направлении на Дарваз, где, в силу бедности района и его гористости, сопротивляться долго было невозможно.

Для создания выгодного исходного положения необходимо было занять кишлак Рабад (12 верст к югу от Байсуна), тем более что в этом кишлаке предполагалось сосредоточение афганских подкреплений Энвера. В ночь с 8 на 9 июня 2-й батальон 5-го стрелкового полка захватил Рабад. В течение двух последующих дней басмачи пытались отбить кишлак обратно, но безуспешно, несмотря на свое превосходство в силах над красными бойцами. 12 июня нашими передовыми частями был занят кишлак в 6 верстах к востоку от Байсуна. Противник главными своими силами занимал восточную часть Байсунской котловины, опираясь тылом на скалы горного кряжа Калас. Здесь Энвер собрал большую часть своих отрядов. Гребни ближайших к Байсуну высот занимало сторожевое охранение, а основное ядро около 1500–2000 всадников было расположено в кишлаке Кафрюн и его окрестностях.

Задачей нашей левой колонны было отбросить противника от горного ущелья Банды-Ханэ, после чего перейти к уничтожению живой силы в Байсунской котловине. Командовавшим левой колонной т. Мелькумовым было решено отрезать противника от ущелья Банды-Хана своей конницей с тем, чтобы дальнейшим ее продвижением охватить левый фланг басмачей с выходом в их тыл. Прямо на Кафрюн было направлено два батальона 5-го стрелкового полка с конно-горным артвзводом. 13-е и 14-е числа ушли на подтягивание частей, причем нашей разведке были даны указания не беспокоить в эти дни врага, дабы усыпить его бдительность.

В ночь на 15 июня выступление началось. Части 5 стр. полка, сбив сторожевое охранение, перешли в наступление на Кафрюн. Конница Энвера, появившаяся на высотах, по-видимому, с целью восстановить полосу охранения, отошла под непрекращавшимся нажимом нашей пехоты. К 7 часам утра красные части уже подходили к Кафрюну, у которого столпились конница и обозы противника. К этому же времени наши кавчасти, успешно заняв проход Банды-Хана, продвинулись вперед, и первый кавполк, развернувшись, атаковал басмачей у окраины Кафрюна. Лихая атака не была принята, и враг, дрогнув, поспешно бежал через ущелье Танги-Муш, оставив на поле боя до 200 трупов. В наши руки попала Ставка Энвера, транспорт с патронами и товарами и около 20 пленных.

Благодаря тому что замедлилось движение колонны, направленной для отрезывания путей отхода, противнику удалось уйти сравнительно безнаказанно. В неотступном преследовании противника были заняты кишлаки Кафрюн, Сары-Камыш и Пули-Хаким. Загнав противника за Тупаланг-дарью, при переправе через которую погибло много басмачей, красная конница на этом приостановила свое преследование, т. к. необходимо было подтянуть тыл и закрепить захваченное пространство.

Спешивший на выручку Энвера Ибрагим-бек, с 2000 всадниками, подоспел только к моменту беспорядочной переправы энверовских частей через Тупаланг-дарью и… повернул обратно.

Одновременно 15 июня начала свое наступление и правая колонна. Для выполнения своей задачи колонна была разделена на две части: один отряд двигался по берегу Аму-Дарьи, причем пароход «Черняев», с десантом силою в одну роту, обеспечивал правый фланг от возможного выступления со стороны Афганистана; второй отряд шел на Кабадиан. К 22 июня оба отряда, после ряда стычек, соединились у Кабадиана, который был без боя оставлен противником. Занимавший город Хасанов заблаговременно отошел, а наскоро сформированный отряд кабадианского бека разбежался при первом же появлении красных частей.

Весь этот поход велся только пехотой, ибо кавалерийская бригада, не успев своевременно закончить свое сосредоточение, догнала отряд только к моменту захвата Кабадиана. На своем пути части правой колонны перенесли все трудности похода в горной обстановке. Особенно тяжелы были переправы через горные реки. Бурным течением и камнями, катящимися по дну, вырывались жертвы из наших рядов.

Таким образом, в недельный срок первый намеченный рубеж был захвачен и переправы через Аму-Дарью оказались в наших руках. Значение этого успеха было громадное. Репутация непобедимости Энвер-паши сильно пошатнулась. В рядах его помощников возникли сомнения и раскол. Ибрагим-бек, и раньше с трудом согласившийся признать командование Энвер-паши, теперь окончательно перестал считаться с его указаниями и начал действовать самостоятельно.

Вера в успех была уже потеряна. Надежды на создание халифата исчезали, особенно важно было то, что от Энвера отшатнулись, поддерживавшие его до тех пор афганцы.

Пытаясь восстановить свою репутацию и нанести удар красным частям, Энвер-паша в конце июня обрушился со своим отрядом на предмостное укрепление по реке Сурхан. Укрепление это было подготовлено частями левой колонны на случай дальнейшего продвижения и оборонялось одним батальоном 5-го стрелкового полка. Ряд атак, лично руководимых Энвером, были отбиты нашими стрелками. На поддержку двинулись части 5-го полка и 29 июня у переправы сосредоточился уже весь полк. Стрелки, при содействии артиллерийского огня, форсировали реку Сурхан и обошли позицию противника. После упорного боя, в котором басмачи потеряли 165 человек убитыми, Энвер спешно отступил.

1 июля по армии был отдан приказ об общем дальнейшем наступлении.

Части левой колонны того же числа заняли Каратаг. 2-го разыгрался крупный бой в районе Гиссара, в котором противник потерял 200 человек убитыми и ранеными. Басмачи отошли, преследуемые нашими аэропланами, сбрасывавшими бомбы.

14 июля был занят Душанбе, причем противник оказал слабое сопротивление. Захват Душанбе резко повлиял на энверовские части, в смысле их разложения. Сам Энвер-паша, с Давлет-Манбием и со своими афганцами, ушел в Бальджуан, сжигая по пути посевы и уничтожая переправы. Ибрагим-бек скрылся в Локайском районе (долина Яван), каратегинский бек со своей шайкой ушел в направлении на Гарм.

Сказалось значение Душанбе как узла горных дорог, по которым только и можно разойтись в Восточной Бухаре. Втягивание в горы дальше на восток означало бы невозможность перемены направления для отдельных отрядов.

Попытка Энвера уйти в Афганистан по следам эмира не удалась, ибо пути на юг были отрезаны частями нашей правой колонны. Разыгрался бой у Бальджуана. Выбитые оттуда части Энвера во главе с ним отошли на Ховалинг.

Ряд ожесточенных боев, в которых участвовали все силы Энвера, приводят басмачей к окончательному поражению и вынуждают их к дальнейшему отходу.