С 1682 года Апраксин являлся стольником Петра и участником создания потешного войска. С 1693 по 1696 год он – двинский воевода и губернатор Архангельска. С 1700 года – начальник Адмиралтейского приказа и губернатор Азова. Начиная с 1708 года Апраксин успешно командовал корпусом, действовавшим в Ингерманландии, а затем в Финляндии. Затем он управлял Эстляндией, Ингерманландией и Карелией.

С 1714 года командовал галерной флотилией, отличившейся в победе при Гангуте. С 1718 года – президент Адмиралтейств-коллегии. Во время Персидского похода 1722–1723 годов он командовал Каспийской флотилией, а в 1723–1726 годах – Балтийским флотом.

В 1693 году Пётр поручил заботам Апраксина Архангельск, где был тогда единственный русский порт. Он дружески называл его: «Мейн герр губернатор Архангел». Этот город и порт имели стратегическое значение, и здесь велась оживленная морская торговля. Русского торгового флота тогда еще не существовало. Апраксин начал с возведения верфи на Соломбальском острове и потом построил первый казенный торговый 26-пушечный корабль «Святой апостол Павел».

Примеру губернатора последовали многие купцы, который стали открываться частные верфи, строить корабли и укрепляться торговые связи. Когда Пётр отправился в составе Великого посольства в Европу, он поставил перед Апраксиным новую задачу – создать Азовский флот.

В Воронеж с отдаленных верфей привозили «секции» для будущих кораблей, собирали их и отправляли в устье Дона. Только при активном участии новой флотилии второй Азовский поход завершился победой и турецкая крепость наконец была взята. Апраксин перестроил Азов, а затем Таганрог с портом, укрепил город Троицкой и Павловской крепостями, учредил новые верфи в городах Новопавловске (Борисоглебске) и Таврове.

Однако неудачный Прутский поход Петра и условия договора, которые должна была выполнить Россия, свели на нет всё сделанное, Апраксину пришлось уничтожить южный флот, часть судов продать, а Таганрог и береговые укрепления отдать туркам.

Апраксин был правой рукой Петра по превращению России в морскую державу. Он стоял во главе Адмиралтейства с момента его основания и стал первым генерал-адмиралом в истории России. По собственному выражению Апраксина, он нес свою службу «по силе ума своего с радостным сердцем и чистой совестью». За это он пользовался большим уважением не только государя, но и всех окружающих людей.

После азовского губернаторства Апраксин был назначен начальником завоеванных у шведов Эстляндии, Ингерманландии и Карелии. Во время Северной войны провел блестящую операцию по защите основанного Петербурга, взятие Выборга, а знаменитое сражение у мыса Гангут сделало Апраксина героем русского флота. В 1722 году он принимал как начальствующий морскими силами на Каспийском море участие в Персидском походе русской армии и флота.

Императора и своего друга Петра Великого Апраксин пережил всего на два с лишним года, он скончался в ноябре 1728 года и был погребен в Златоустовском монастыре в Москве.

Все эти годы Апраксин пользовался большим доверием Петра Великого, а начиная с 1726 года был членом Верховного тайного совета и надежным сторонником князя Меншикова. Жизнь Апраксина была бескорыстным служением России, поэтому по указу Петра на медали с изображением портрета генерал-адмирала и русского флота выбиты слова: «Храня сие не спит; лучше смерть, а не неверность».