Супруги прожили вместе почти десять лет. За эти годы у царицы родилось три сына, из которых выжил только Алексей. Однако их семейная жизнь не сложилась. Они жили вместе, но словно в разные времена: Пётр чувствовал себя современным европейцем, а Евдокия, воспитанная согласно русским традициям, оставалась в русском XVII веке, требовавшем от женщины следовать обычаям терема и Домостроя…
Буйный нрав и эгоизм Петра наталкивались на упрямство не менее самолюбивой и строптивой царицы, не принимавшей образа жизни супруга. Пётр решил это проблему просто – он на несколько лет сблизился с Анной Монс.
После смерти свекрови Евдокия надеялась обрести реальную власть русской царицы. Однако Пётр полностью охладел к супруге и избегал встреч в ней. Несколько лет она прожила в Кремле с сыном, где её содержали как царицу, но с супругом она не виделась, а многочисленная родня Лопухиных оказалась в опале.
Весной 1698 года Пётр вернулся в Голландию и вместе с Великим посольством через всю Европу поехал в Вену. Однако вскоре это путешествие пришлось свернуть: в России начался мятеж стрелецких полков.
Возвратившись домой, Пётр не захотел даже увидится с Евдокией. Его ждала любовница – дочь немецкого виноторговца Анна Монс, с которой его познакомил Лефорт. Еще будучи в Лондоне, Пётр повелел, чтобы Евдокию склонили к добровольному пострижению в монахини, что дало бы ему возможность развестись с ней.
Узнав, что она всё еще находится в Кремлевском дворце, Пётр в течение четырех часов сам уговаривал жену уйти в монастырь, но она наотрез отказалась. Поэтому через месяц царевича Алексея забрали у матери и отвезли в Преображенское к сестре Петра царевне Наталье Алексеевне. Евдокию насильно перевезли в Суздальско-Покровский монастырь, куда традиционно ссылали цариц, в том числе сестер Петра Марфу и Феодосию за их сочувствие царевне Софье.
Демон Петра I – Анна Монс
Получив долгожданную свободу от брака, Пётр продолжил роман с Анной Монс. Он даже собирался официально жениться на ней, если бы в 1702 году неожиданно не узнал из любовной переписки утонувшего под Шлиссельбургом саксонского дипломата Кенигсека, что Анна ему не верна. После этого Анну на долгие годы посадили под домашний арест. Затем она вышла замуж за прусского посланника и скончалась в 1714 году.
В это время, заточенная в Суздальско-Покровский монастырь, 29-летняя царица Евдокия не желала мириться со своей судьбой. Она сбросила монашеский куколь и начала жить как светская паломница. Монахи этому не препятствовали, понимая, что у них живет мать будущего царя Алексея.
В 1710 году у нее начался бурный роман с охранявшим её майором Степаном Глебовым. Евдокии тогда был 41 год, а Глебову 38. Однако в 1718 году по делу царевича Алексея к допросам был привлечен Глебов, у которого нашлись письма Евдокии.
На очной ставке бывшую царицу вынудили подписать покаянную расписку: «Я, бывшая царица, старица Елена… с Степаном Глебовым на очной ставке сказала, что с ним блудно жила, в то время как он был у рекрутского набору, и в том я виновата; писала своею рукою я, Елена». Она приняла на себя вину и подписала все документы, чтобы спасти Глебова и себя.
Пётр I не упустил возможность отомстить и оскорбить бывшую супругу и собственного сына-наследника. Глебов же вел себя достойно, о чем есть свидетельства адъютанта Петра Вельбоа: «Среди ужасных пыток, которыя Глебов терпел, по воле и в присутствии самого государя, шесть недель сряду, чтобы исторгнуть у оговореннаго признание, он твердо защищал честь и невинность Евдокии».
Зато прислужницы монастыря ничего не утаили: «… инокиня Елена пускала к себе днем и ночью, и Степан Глебов с нею обнимался и целовался, а нас или отсылали телогреи кроить к себе в кельи, или выхаживали вон…»
О блуде Евдокии и Глебова был издан манифест, который читали по всей России. Глебова живого посадили на кол посредине Красной площади. Почти сутки Глебов маялся на колу, а чтобы он преждевременно не умер от холода, заботливые палачи надели на него полушубок…
Царь Пётр еще раз попытался добиться признания от Глебова, на что тот холодно ответил: «Ты сколько жесток, столько и безрассуден; думаешь, что если я не признался среди неслыханных мучений, которыми ты меня истязывал, стану пятнать невинность и честь беспорочной женщины, в то время, когда не надеюсь более жить? Удались, дай умереть спокойно тем, которым ты не даешь спокойно жить».
В течение всего этого времени возле места казни находился священник и ждал покаяния. Но так и не дождался – Глебов умер молча… Для Петра I его гордое упорство, проявленное вопреки ужасу и боли, оказалось неожиданным. Он этого не забыл и велел ежегодно провозглашать во всех церквях анафему Глебову, как ранее Лжедмитрию, Мазепе и Разину…
Так в ряду страшных государственных преступников оказался любовник бывшей царицы. Саму Евдокию прилюдно выпороли кнутом и сослали. Её связь с заговорщиками и исполнителями Стрелецкого бунта в 1698 года петровские инквизиторы доказать не смогли, поэтому ей удалось избежать смертной казни.
В результате истории с расследованием семейного заговора появился манифест «О единонаследии», где в интересах Петра I лишались всяких надежд на престол царевич Алексей, его мать и их потомки. Старицу Елену отправили в монастырь-тюрьму в Новой Ладоге, где даже охранники не выдерживали холода и умоляли начальство их оттуда отозвать.
Когда после смерти Петра I в январе 1725 года на престол взошла Екатерина I, она не сняла c Евдокии клейма преступницы, но позаботилась о царственной пленнице, переведя её в Шлиссельбургскую крепость, где ей было предоставлено хорошее содержание и пропитание: «На пищу и содержание известной персоны покупать добрую крупичатую муку и держать наношники, пирожки и прочее кушанье ежедневно хорошее».
Только весной 1727 года, после прихода к власти Петра II, её родного внука, Евдокия Лопухина была освобождена из заточения и привезена в Москву. Она вновь стала для окружающих царицей, и всю свою нерастраченную любовь посвятила взрослым внукам. У нее был свой двор, и многие из бывших врагов искали возможности поцеловать ручку царице.