В августе 1689 года молодой царь, опасаясь ареста, уединился в Троице-Сергиев монастырь. 4 сентября вместе со своим родственником генералом Гордоном в монастырь к царевичу Петру пришёл Лефорт. С этого момента его судьба была неразрывно связана с деятельностью юного царя.

После смерти патриарха в 1690 году Пётр начал открыто посещать Немецкую слободу, где бывал в гостях сначала у Гордона, а затем всё чаще у Лефорта. При содействии Лефорта в его доме царь познакомился с Анной Монс, ставшей его фавориткой. «Именно здесь, в доме Лефорта, Пётр научился с дамами иноземными обходиться, и амур первый начал быть», – писал об этом позднее князь Куракин.

Однако небывалое по тем временам поведение русского государя поражало всех приверженцев старых русских обычаев. Но молодого царя это не смущало, его неодолимо тянуло ко всему западноевропейскому. Естественно, что Лефорт в знак дружбы получал различные милости царя. В 1690 году по случаю рождения царевича Алексея Петровича ему был пожалован чин генерал-майора и должность командира Первого Московского выборного полка.

В связи с частыми собраниями и пирами появилась необходимость расширить его небольшой дом на берегу Яузы. Пётр дал деньги на пристройку к зданию большой залы, отделанной с небывалым великолепием. Здесь были изумительные обои, дорогие скульптуры, шикарная мебель, обилие серебряной посуды, оружия, картин, зеркал, ковров и других предметов роскоши.

Лефорт писал родным в Женеву, что в его резиденции есть сад с прудами и парк, где содержатся различные дикие звери. У него было большое количество прислуги, «рабы и рабыни», которые им были «все освобождены». Бывая у своего друга, Пётр чувствовал себя легко и свободно. Здесь он отдыхал от надоевшего ему старого московского уклада.

Соотечественник Лефорта капитан Сенебье писал: «При дворе только и говорят о его величестве и о Лефорте. Они неразлучны… Пока Москва остается Москвой, не было в ней иностранца, который пользовался бы таким могуществом. Он приобрёл бы большое состояние, если бы не был так великодушен. Верно, конечно, что благодаря этому качеству он достиг такой высокой ступени. Его величество делает ему значительные подарки».

Действительно, ни одно дело, задуманное Петром, не обходилось без участия Лефорта. Он сопровождал Петра во всех его многочисленных поездках по стране. Благодаря налаженным связям с Женевой Франц стал по просьбе царя активно приглашать в Московию инженеров, кораблестроителей, оружейников и других специалистов со всей Европы, в которых в России ощущался недостаток.

29 июня 1693 года Лефорт был произведен в полные генералы. Он сопровождал Петра в двух его путешествиях в Архангельск в 1693 и 1694 годах и был назначен капитаном прибывшего из Голландии корабля. Однако «потешные» Кожуховские манёвры под Москвой чуть не обернулись для него трагедией: в плечо ему попал огненный горшок, начинённый четырьмя фунтами пороха, который обжёг ему шею и лицо, но генералу всё же удалось водрузить своё знамя на равелине укрепления «противника».

«Потешные» учения Петра были подготовкой к настоящей войне с Турцией и Крымом – к Азовским походам 1695 и 1696 годов, в которых Лефорт принимал активное участие. Он командовал корпусом во время первого штурма Азова 5 августа 1695 года и лично захватил одно из турецких знамён. После первого похода Пётр назначил его адмиралом русского флота.

Многие современники удивлялись этому новому назначению уроженца «самой сухопутной страны во всей Европе». Лефорт мало понимал в морском деле, но царь Пётр рассчитывал на его активность в создании русского галерного флота, предназначенного перекрыть турецким кораблям доступ к Азову. И эта задача была выполнена в ходе второго похода и взятия крепости 19 июля 1696 года.

После взятия Азова Лефорт получил титул новгородского наместника, вотчины в Епифанском и Рязанском уездах, золотую медаль и соболью шубу. Стоило ему немного оправиться от болезни, и его дом снова наполнился гостями. С ноября 1696 года последовала череда празднеств с танцами, фейерверками и пушечной стрельбой. Здесь в доме Лефорта царь Пётр познакомился с Анной Монс.

В 1697–1698 годах Петром I была организована дипломатическая миссия России в Западную Европу – Великое посольство, которое официально возглавлял Лефорт. Русской делегации в Гааге предстояло выполнить важные задачи:

– заручиться поддержкой европейских стран в борьбе против Турции;

– в результате этой поддержки получить северное побережье Чёрного моря;

– поднять престиж России в Европе сообщениями о победе в Азовских походах;

– заручиться поддержкой европейских государств в предстоящей Северной войне со Швецией;

– пригласить на русскую службу иностранных специалистов и закупить военные материалы и вооружение;

– познакомить царя с жизнью и порядками европейских стран.

Великими полномочными послами были: новгородский наместник генерал-адмирал Франц Лефорт, генерал и сибирский наместник Федор Головин, думный дьяк и белёвский наместник Прокофий Возницын. Кроме того, среди участников делегации было более 20 дворян и 35 волонтёров, среди которых находился урядник Преображенского полка Пётр Михайлов, роль которого исполнял царь Пётр I.

Мысль об организации Великого посольства, возможно, была подсказана царю именно Лефортом. Формально он возглавлял его, но фактически всё руководство находилось в руках опытного дипломата Федора Головина. Роль Лефорта была чисто представительной и сводилась главным образом к переводу речей царя. Однако пышностью свиты он превосходил других послов.