Страна пришла в возбуждение, была готова действовать и смотрела на Гермогена как на своего духовного вождя. По его мановению во имя веры вставала и собиралась земля.
В конце декабря 1610 года Мстиславский и Салтыков добились того, что послушная им Боярская дума утвердила приговор о сдаче Смоленска. На этот счет были изданы грамоты Великому посольству. Грамоты бояре понесли на подпись патриарху. Но Гермоген категорически отказался скрепить боярский приговор своей подписью. По преданию, Салтыков орал на патриарха и угрожал ему ножом. Не помогло.
Салтыков и Андронов жаловались Сигизмунду, что патриарх призывает к себе людей и говорит им: если Владислав не крестится в православную веру и все литовские люди не выйдут из Московской земли, то королевич русским не государь. Об этом патриарх пишет во многие города и встречает поддержку, в том числе от посадских людей в Москве, которые готовы встать против поляков.
Салтыков пришел к нему с боярами и сказал:
— Ты писал, чтобы ратные люди шли к Москве; теперь напиши им, чтобы возвратились назад.
— Напишу, — отвечал Гермоген, — если ты, изменник, вместе с литовскими людьми выйдешь вон из Москвы; если же вы останетесь, то всех благословляю помереть за православную веру, вижу ей поругание, вижу разорение святых церквей, слышу в Кремле пение латинское и не могу терпеть.
Патриарха изолировали в Чудовом монастыре под стражей.
Под Смоленском послы Василий Голицын, Филарет и члены Земского собора отказались подчиняться новым инструкциям Думы, несмотря на угрозы расправы. Филарет заявил:
— Отправлены мы от патриарха, всего Священного собора, от бояр, от всех чинов и всей земли, а эти грамоты писаны без согласия патриарха и без ведома всей земли: как же нам их слушать?
Василий Голицын из-под Смоленска писал, что Сигизмунд сам намерен занять русский трон, а не прислать в Москву сына. Разоблачения посла и непреклонная позиция Гермогена произвели сильное впечатление на москвичей.
Гонсевский явился в Думу и потребовал самых суровых мер против бунтовщиков и немедленного их усмирения, патриарха — в первую очередь. Боярам были предъявлены грамоты Гермогена с призывами к неповиновению. Патриарх не стал отрицать подлинность перехваченных грамот, но твердо заявил, что непричастен к начавшемуся восстанию, поскольку-де призывал только к посту и молитвам. Он действительно не поддерживал связей с главными центрами земского движения в Рязани и Калуге.
Мстиславский и Гонсевский хотели бы низложить Гермогена. Но не решились на суд над патриархом, который пользовался полной народной поддержкой. Боярская дума сделала вид, что поверила объяснениям патриарха.
Но в действительности Гермоген призывал не только к посту и молитвам. И сносился он не с Ляпуновым и рязанцами, а с Нижним Новгородом. Патриарх пришел к выводу, что борьбу за спасение страны должны возглавить города, которые не участвовали ранее ни в каких воровских выступлениях. «Главным из таких городов был, без сомнения, Нижний Новгород, — указывает Скрынников. — В глубокой тайне патриарх составил обширное послание к нижегородцам. Твердо и безоговорочно Гермоген объявил им, что как первосвященник он отныне освобождает всех русских людей от присяги Владиславу. Глава церкви заклинал нижегородцев не жалеть ни жизни, ни имущества для изгнания из страны неприятеля и защиты своей веры».
В Нижегородском уезде во второй половине 1610 года управляли воеводы стольник князь Репнин, Алябьев и Аничков, назначенные еще Шуйским. В 1611 году первым воеводой станет князь Василий Андреевич Звенигородский, посаженный Семибоярщиной и получивший чин окольничего от Сигизмунда. Очевидно, что новый руководитель доверием не пользовался, хотя источники молчат о конфликтах между князем Звенигородским и прежними руководителями, снискавшими себе славу в боях с многочисленными «ворами». И нет никаких сведений о том, что новая власть как-то ограничивала инициативу посадского мира.
К концу 1610 года в Нижнем Новгороде возобновил свою деятельность «Городовой совет». Пудалову не известно «ни одной грамоты этого периода, подписанной только приказной администрацией: все сохранившиеся документы вновь идут от имени „властей“ (духовенства), воевод и дьяков, „служилых людей по отечеству и по прибору“, от посадских людей. При этом посланцами Нижнего Новгорода практически всегда были представители двух социальных слоев — „служилых по отечеству“ (то есть местного дворянства) и посадских. Эти социальные слои и сыграли, видимо, решающую роль в последующих событиях».
В конце декабря нижегородцы отправили к Гермогену «бесстрашных людей», боярского сына Романа (Ратмана) Пахомова и посадского человека Родиона Мосеева. Вот как реконструировал их миссию Селезнев. «Пахомов и Мосеев застали главу Русской церкви в бедственном положении. Весь его двор был разграблен, патриаршие дьяки и подьячие находились под арестом. Гермоген был лишен письменных принадлежностей. Так поляки и русские изменники пытались помешать патриарху рассылать по стране грамоты с призывом к восстанию. Гермоген, не имея возможности отправить с Пахомовым и Мосеевым письменное сообщение, велел передать нижегородцам на словах, чтобы они с жителями других городов собрали войско и шли к Москве на поляков. Когда Пахомов и Мосеев уже уехали, патриарх нашел возможность оформить свой призыв в письменном виде и отправил грамоту в Нижний уже со своими людьми. Но 8 января 1611 года его послание в Нижний Новгород было перехвачено поляками. Ратман Пахомов и Родион Мосеев тоже сильно рисковали, посещая опального патриарха. К счастью, 12 января 1611 года они благополучно вернулись в Нижний и рассказали землякам об устном наказе Гермогена».
Опять города стали переписываться друг с другом, теперь призывая встать за веру православную, вооружиться против грозящих ей гибелью поляков.
В январе 1611 года московский гонец привез в Нижний Новгород повесть о страданиях смолян, а также обращение от имени московских жителей.
Жители волостей смоленских, опустошенных поляками, написали грамоту к братьям своим, жителям Московского государства: «Мы братья и сродники, потому что от св. купели св. крещением породились». После клушинской битвы некоторые смоленские дворяне, чтобы не расстаться с собственными поместьями, поступили на службу к Сигизмунду, не переставая быть в душе патриотами.
А безвестные патриоты, выступавшие от имени всего народа московского, призывали нижегородцев не верить предателю боярину Салтыкову и встать на борьбу с захватчиками. Москвичи хотели показать значение своего города как государственного и религиозного корня: «Здесь образ Божией Матери, вечной Заступницы христианской, который евангелист Лука написал; здесь великие светильники и хранители — Петр, Алексий, Иона чудотворцы, или вам, православным христианам, все это нипочем? Писали нам истину братья наши, и теперь мы сами видим вере христианской перемену в латинство и церквам божиим разорение; о своих же головах что и писать вам много? А у нас святейший Гермоген патриарх прям, как сам пастырь, душу свою за веру христианскую полагает неизменно, и ему все христиане православные последуют, только неявственно стоят».