Книги

Взломавшая код. Дженнифер Даудна, редактирование генома и будущее человечества

22
18
20
22
24
26
28
30

Когда Вторая мировая война подходила к концу, великий инженер и государственный служащий Вэнивар Буш отметил, что работа американской инновационной машины требует трехстороннего партнерства государства, бизнеса и научного сообщества. Он лучше многих представлял себе этот треугольник, поскольку был связан со всеми тремя лагерями. Он руководил инженерным факультетом Массачусетского технологического института, был основателем Raytheon и осуществлял государственное администрирование науки, в том числе контролируя создание атомной бомбы[125].

По мнению Буша, государству не следовало организовывать собственные крупные исследовательские лаборатории, как было сделано при запуске проекта по созданию атомной бомбы. Вместо этого нужно было финансировать университетские и корпоративные лаборатории. Это партнерство государства, бизнеса и университетов привело к появлению прекрасных инноваций – транзисторов, микросхем, компьютеров, графических пользовательских интерфейсов, GPS, лазеров, интернета и поисковых систем, которые двигали американскую экономику в послевоенный период.

Caribou стала примером такого подхода. Лаборатория Даудны находилась в Беркли – государственном университете, который получает поддержку от частных благотворителей и состоит в партнерстве с Национальной лабораторией имени Лоуренса, финансируемой из федерального бюджета. Национальные институты здоровья (НИЗ) предоставили Беркли гранты на сумму 1,3 миллиарда долларов для поддержки проводимых Даудной исследований систем CRISPR-Cas[126]. Кроме того, сама Caribou получила от НИЗ федеральный грант по программе поддержки малых инновационных компаний и пустила эти 159 тысяч долларов на создание наборов инструментов для анализа РНК-белковых комплексов. Программа была разработана, чтобы помочь инноваторам превращать результаты фундаментальных исследований в коммерческие продукты. Она помогла Caribou продержаться в первые годы, пока не поступал венчурный капитал[127].

Есть и еще один элемент, который сегодня часто добавляют к триаде науки, государства и бизнеса, и это благотворительные фонды. В частности, Caribou получила 100 тысяч долларов от Фонда Билла и Мелинды Гейтс для финансирования работы над применением Cas6 в качестве инструмента диагностики вирусных инфекций. “Мы планируем создать набор ферментов, которые распознают РНК-последовательности, характерные для вирусов, включая ВИЧ, а также вирусы гепатита C и гриппа”, – написала Даудна в своей заявке на грант. Это стало прелюдией к тому гранту, который Даудна получила от Гейтса в 2020 году, когда деньги были выделены на исследование применения систем CRISPR в качестве инструмента для обнаружения коронавирусов[128].

Глава 16. Эмманюэль Шарпантье

Странница

Порой конференции имеют последствия. Весной 2011 года, приехав на одну из них в Пуэрто-Рико, Даудна случайно познакомилась с Эмманюэль Шарпантье, странствующим французским биологом, в которой чудесным образом сочетались загадочность и парижская безмятежность. Она тоже изучала CRISPR и главным образом занималась CRISPR-ассоциированным ферментом Cas9.

Сдержанная, но обаятельная Шарпантье повидала много городов и много лабораторий, получила множество степеней и прошла множество постдокторских программ, но старалась не пускать корни и не связывать себя обязательствами, всегда готовая собрать свои пипетки и переехать. В этом она была совсем непохожа на Даудну, и, возможно, именно поэтому они и нашли общий язык, пусть и главным образом в научной, а не в эмоциональной сфере. У них обеих были приятные улыбки, благодаря которым их броня оказывалась почти – хотя и не совсем – невидимой.

Шарпантье выросла на берегах Сены, в зеленом южном пригороде Парижа. Ее отец заведовал местными парками, а мать работала сестрой-хозяйкой в психиатрической больнице. Однажды, когда Шарпантье было двенадцать, они с матерью проходили мимо Института Пастера, парижского исследовательского центра, который специализируется на инфекционных болезнях, и она сказала: “Когда я вырасту, я буду здесь работать”. Через несколько лет, выбирая, в какой области сдавать экзамен по окончании школы перед поступлением в университет, она остановилась на естественных науках[129].

Эмманюэль Шарпантье

Она также проявляла интерес к искусству. Она брала уроки игры на фортепиано у соседа, концертирующего музыканта, и долгое время – даже после двадцати лет – занималась балетом, всерьез рассматривая возможность стать профессиональной танцовщицей. “Мне хотелось быть балериной, но в конце концов я поняла, что слишком рискую, выбирая такую карьеру, – говорит она. – Мне не хватало нескольких сантиметров роста, а всякий раз, когда я распрямляла правую ногу, о себе напоминала проблема со связками”[130].

Впоследствии она поняла, что некоторые уроки из сферы искусств вполне применимы в науке. “Методология играет важную роль в обеих сферах, – отмечает она. – И там и там нужно знать основы и овладевать методами. Это требует настойчивости – эксперименты приходится повторять по несколько раз, оттачивая методы подготовки ДНК при клонировании гена, а затем делать все снова и снова. Таким образом отрабатываются навыки, и это напоминает тяжкий труд балерин, изо дня в день повторяющих одни и те же движения и техники”. Кроме того, науку с искусством роднит и то, что, освоив базовые приемы, ученый должен обращаться к творчеству. “Без строгости и дисциплины не обойтись, – поясняет Шарпантье, – но нужно также понимать, когда следует давать себе волю и подключать творческий подход. В биологических исследованиях я нашла идеальный баланс настойчивости и творчества”.

Верная слову, оброненному в разговоре с матерью, она поступила в аспирантуру Института Пастера, где узнала, как бактерии становятся невосприимчивыми к антибиотикам. В лаборатории она чувствовала себя как дома. Там можно было упорно и вдумчиво идти вперед, и креативная и независимая Шарпантье прокладывала путь к собственным открытиям. “Я начала считать себя ученым, а не просто студенткой, – говорит она. – Мне хотелось преумножать знания, а не просто постигать мир”.

Получив докторскую степень, Шарпантье превратилась в скиталицу. Она устроилась в лабораторию микробиолога Элейн Туоманен, которая изучала, как бактерии, вызывающие пневмонию, становятся устойчивыми к антибиотикам, благодаря наличию подвижных ДНК-последовательностей. Лаборатория находилась в Рокфеллеровском университете на Манхэттене, но в день своего приезда Шарпантье узнала, что Туоманен переводит лабораторию вместе с постдоками в Детскую клиническую больницу святого Иуды в Мемфисе. Там Шарпантье работала с Роджером Новаком, который также занимал позицию постдока в лаборатории Туоманен, и на некоторое время он стал ее спутником жизни, а затем – партнером по бизнесу. В Мемфисе они вместе с Туоманен написали важную статью, в которой показали, как антибиотики, например пенициллин, активируют в бактериях самоубийственные ферменты, разрушающие стенки их клеток[131].

Странница в душе, Шарпантье всегда была готова менять города и темы, и переезд к тому же ускорило неприятное биологическое открытие, которое она сделала в Мемфисе: комары на Миссисипи любят французскую кровь. Кроме того, ей хотелось переключиться с изучения геномов одноклеточных микробов, таких как бактерии, на геном млекопитающих, главным образом мышей. В результате она перешла в лабораторию Нью-Йоркского университета, где написала статью о том, как воздействовать на гены мышей для контроля за ростом волос. Она провела и третье постдокторское исследование, в рамках которого вместе с Новаком изучала роль малых молекул РНК в регулировании экспрессии генов бактерии Streptococcus pyogenes, вызывающей кожные инфекции и стрептококковый фарингит[132].

Прожив шесть лет в США, в 2002 году она вернулась в Европу и возглавила лабораторию микробиологии и генетики в Венском университете. На месте ей, однако, не сиделось. “Люди в Вене слишком хорошо друг друга знали, – говорит она, и сразу ясно, что ей это казалось не плюсом, а минусом. – Там не было динамики, а структуры оказывались слишком жесткими”. К моменту знакомства с Даудной в 2011 году она распрощалась с большинством исследователей из своей лаборатории и одна переехала в Умео на севере Швеции. Умео не был похож на Вену. Город расположен в 650 километрах к северу от Стокгольма, а его университет, построенный в 1960 году, состоит из нескольких модернистских зданий, стоящих на земле, где раньше паслись стада северных оленей. Университет Умео славится главным образом исследованиями деревьев. “Да, я сделала рискованный шаг, – признает Шарпантье, – но получила возможность думать”.

С тех пор как в 1992 году Шарпантье поступила в Институт Пастера, она успела поработать в десяти институтах, расположенных в семи городах пяти стран. Ее кочевой образ жизни отражал – и подчеркивал – свойственное ей неприятие обязательств. Не имея ни мужа, ни семьи, она меняла обстановку и адаптировалась к новым условиям, не обремененная никакими личными связями. “Мне нравится свобода, нравится быть одной и не зависеть от партнеров”, – говорит она. Она терпеть не могла выражение “баланс работы и личной жизни”, ведь оно подразумевало, что работа конкурирует с личной жизнью. Работа в лаборатории и “страсть к науке”, по словам Шарпантье, принесли ей “счастье, которое сравнимо с любой другой страстью”.

Подобно изучаемым организмам, она проявляла изобретательность, приспосабливаясь к новым условиям. “Порой моя тяга к перемещениям выводит меня из равновесия, но порой и приносит пользу, – говорит она. – Она не дает мне угодить в ловушку”. Переезжая с места на место, Шарпантье снова и снова пересматривала свои исследования и заставляла себя начинать все с чистого листа. “Чем чаще человек переезжает, тем легче ему проводить анализ, рассматривая каждую ситуацию как новую, и замечать то, что не могут разглядеть другие люди, давно не покидавшие систему”.

Из-за переездов Шарпантье большую часть времени чувствовала себя чужестранкой, прямо как юная Дженнифер Даудна на Гавайях. “Очень важно знать, каково это – быть чужаком, – отмечает Шарпантье. – Ты никогда не чувствуешь себя как дома, и это мотивирует. Это подталкивает тебя не замыкаться в своей зоне комфорта”. Как и многие другие наблюдательные и творческие люди, она обнаружила, что некоторая отстраненность и легкая отчужденность научили ее лучше анализировать ситуацию, что помогало ей жить по завету самого Луи Пастера: “Будь готов к неожиданностям”.

Этим отчасти и объясняется тот факт, что Шарпантье относится к той когорте ученых, которые одновременно кажутся и сосредоточенными, и растерянными. Безупречно ухоженная и непринужденно элегантная даже в седле велосипеда, она также воплощает стереотип рассеянного профессора. Когда я прилетел на встречу с ней в Берлин, куда она переехала из Умео, она приехала ко мне в гостиницу на велосипеде, опоздав на несколько минут. Оказалось, что утром она вернулась из Мюнхена и, уже выходя с вокзала, поняла, что забыла в поезде свой чемодан. Каким-то образом она догнала поезд на конечной станции, забрала чемодан и приехала ко мне. Когда мы направились к ней в лабораторию в Институте инфекционной биологии Общества Макса Планка при авторитетной клинической больнице “Шарите”, расположенной в центре Берлина, Шарпантье целенаправленно шагала с велосипедом по улице, пока через несколько кварталов не поняла, что идет не туда. На следующий день, когда мы с другом пригласили ее на выставку в художественный музей, она умудрилась потерять входной билет, пока шла от кассы ко входу, а когда мы пришли поужинать в тихий японский ресторан, она забыла там свой телефон. И все же, когда мы сидели в ее кабинете в лаборатории или неспешно наслаждались суши, она говорила часами, оставаясь при этом в высшей степени сосредоточенной.

tracгРНК

В 2009 году, когда Шарпантье покинула Вену и отправилась в Умео, исследователи CRISPR в основном изучали Cas9 как самый интересный из CRISPR-ассоциированных ферментов. Ученые показали, что при отключении Cas9 в бактерии система CRISPR перестанет разрезать атакующие вирусы. Они также установили ключевую роль другой части комплекса – CRISPR-РНК, или сгРНК. Это маленькие фрагменты РНК, содержащие часть генетической информации вируса, атаковавшего бактерию в прошлом. Такие cгРНК направляют ферменты Cas в атаку, когда вирус снова пытается осуществить вторжение. Два описанных элемента составляют ядро системы CRISPR: маленький фрагмент РНК выступает в качестве гида, а фермент действует на манер ножниц.