1 ноября 1936 года состоялось открытие академии. На торжественный акт прибыл начальник Генерального штаба РККА Маршал Советского Союза Егоров, некоторые руководители Наркомата обороны, представители других академий, общественности столицы. Торжественное собрание открыл комдив Д.А. Кучинский, он предоставил слово начальнику Генерального штаба. На трибуну поднялся Александр Иванович Егоров. Он говорил о сложной международной обстановке, задачах, которые ставят партия и правительство перед академией, призвал преподавателей и слушателей к упорной, напряженной и творческой работе. Потом с поздравлениями выступили представители других академий, военных округов, жены комсостава. В ответном слове Кучинский поблагодарил всех и обещал выполнить наказ партии.
5 ноября 1936 года на торжественном собрании академии было вручено Боевое Красное знамя и грамота ЦИК СССР.
Сразу после октябрьских праздников начались занятия. Учитывая теоретические знания и большой практический опыт слушателей, основной упор делался на самостоятельную подготовку.
Учебный год разбивался на три семестра. В первом главное внимание уделялось изучению вооружения и боевой техники, способов их применения дивизией, корпусом. Слушатели в группах по 15 человек сразу после курса лекций приступили к практической отработке на картах боевых действий стрелковых, механизированных, кавалерийских корпусов в различных видах и фазах сражения. Обучаемые решали задачи, попеременно меняясь в должностях командиров и начальников штабов дивизий, корпусов. Особое внимание уделялось вопросам взаимодействия с другими родами войск и частями обеспечения и обслуживания. Изучались полевые уставы, тактика и вооружение иностранных армий.
Обучение в Академии Генерального штаба для Ватутина стало вершиной непрерывного образовательного цикла, который он продолжал уже самостоятельно до последних дней жизни. Николай Федорович сам впоследствии признавался, что учился легко, с огромным желанием. Привычка учиться, постоянное недовольство собой, высокоразвитое чувство самокритичности позволили ему, особенно потом, на высших должностях, избежать таких типичных даже для талантливых людей ошибок, как самоуспокоенность и вера в свою непогрешимость.
Первый семестр закончился 4 февраля, и слушатели получили десятисуточный отпуск. Ватутины решили провести его в Москве. Николай Федорович, обычно работавший по двенадцать часов, позволил наконец дать себе передышку, походить с детьми по Москве, просто поиграть с ними. Кроме того, не хотелось прерывать курс лечения, который начал проходить Витя. Татьяна Романовна подозревала, что муж не выдержит и засядет за учебники, но Николай Федорович дал обещание и сдержал его. Сам сводил детей в Третьяковку, Пушкинский музей, на Сельскохозяйственную выставку, не раз подолгу гулял с ними на Красной площади. Вечерами ездил с дочерью на каток, пересмотрел с ребятами все немногочисленные в то время кинофильмы. Одним словом, отдохнули хорошо.
Второй семестр предусматривал освоение армейских операций с участием всех видов вооруженных сил и родов войск. Особое внимание уделялось теории глубокой операции. Учебных пособий по ведению армейских операций тогда, по сути дела, не было. Слушателям приходилось вместе с преподавателями создавать новую теорию. Очень скоро многие разработки академии по армейским операциям в соответствии с указаниями Генерального штаба стали рассылаться в войска, другие академии, управления Наркомата обороны. Академия реально становилась важнейшим военно-научным центром РККА.
Зимой слушатели досконально изучили стратегию боевых действий соединений и теорию армейских операций. С наступлением весны практические вопросы стали отрабатываться не только на картах, но и на местности. Начались ежедневные полевые занятия, на которых во всех группах вырабатывалось умение глубоко оценивать обстановку, принимать решения на операцию, бой.
Так же, как в первом семестре, при проведении оперативных игр на картах, каждый слушатель пробовал свои силы в различных должностях в полевом управлении армии: оператора, разведчика, начальника связи, даже начальника рода войск или службы. Ну и, конечно, командира и начальника штаба. Из всех докладов выбирались самые-самые смелые, оригинальные, и на их основе разрабатывались основные документы. Ватутин и здесь выделялся в лучшую строну. Достаточно сказать, что его в числе немногих слушателей преподаватели привлекли к работе в качестве помощника руководителя занятий и посредника на учениях. А через некоторое время вместе с А.И. Антоновым, А.М. Василевским, Л.А. Говоровым и М.В. Захаровым Николай Федорович назначается руководителем военных игр в группах.
Весь период обучения слушатели чувствовали на себе пристальное внимание Генерального штаба, руководства Наркомата обороны. Многие военачальники часто посещали академию, выступали с лекциями, докладами.
Большое впечатление произвели на слушателей показные военные игры на картах, проведенные командующим войсками Белорусского военного округа Уборевичем «Прорыв подготовленной обороны противника» и командующим войсками Киевского военного округа Якиром «Ввод в сражение механизированного корпуса». Блестяще владея материалом, используя только карты, схемы и личные записи, эти военачальники аргументированно и доходчиво раскрыли суть глубокой операции, показали, как новая теория находит практическое воплощение в деятельности войск. Слушая прославленных маршалов и командармов, Николай Федорович даже не мог подумать, что видит их в последний раз, что через несколько месяцев ему и его друзьям предстоит занять их место.
С 1 июня по 15 июля 1937 года, перед заключительным семестром, слушателям предоставили очередной отпуск.
Ватутины впервые поехали на курорт. Теплое, ласковое море, солнце, неповторимая красота сочинского побережья навсегда запомнились Николаю Федоровичу. Это был последний отпуск, который он использовал.
В последнем семестре состоялись поездки на Балтийский и Черноморский флоты, где слушатели знакомились с боевыми кораблями различных классов, их вооружением, боевыми возможностями и способностью взаимодействовать с сухопутными войсками на Приморском ТВД. На Украине, в приграничном районе, для слушателей организовали оперативное командно-штабное учение со средствами связи. Из них сформировали армейские управления сокращенного состава; за штаб фронта, командиров дивизий и корпусов подыгрывали преподаватели. После этого слушателей привлекли к участию в крупном учении войск Киевского военного округа. Они работали в армейских и корпусных штабах концевыми посредниками. После учений предстояла подготовка к экзаменам и завершение первого курса. К сожалению, наиболее подготовленным слушателям не пришлось закончить курс обучения в академии.
Совершенно неожиданно в августе—октябре 1937 года более 30 слушателей были отозваны из академии и назначены на высокие командные должности. Полковник А.М. Василевский последовательно назначается преподавателем кафедры оперативного искусства академии, начальником кафедры Тыла и затем начальником отдела Оперативного управления Генерального штаба. Полковник
А.И. Антонов назначается начальником штаба Московского военного округа, полковник М.В. Захаров — начальником штаба Ленинградского военного округа, полковник С.Г. Трофименко — начальником оперативного отдела штаба Киевского военного округа, полковник Л.М. Сандалов — начальником оперативного отдела штаба Белорусского военного округа. Заместителем начальника штаба Киевского военного округа стал и Николай Федорович Ватутин.
В то лето многие получили неожиданные назначения, но еще больше лишилось не только постов, званий, но и жизни. По стране прокатилась волна чудовищных беззаконий, репрессий. Ушли в небытие сотни тысяч ни в чем не повинных людей. Не минула сия горькая чаша и Вооруженные Силы.
Начав репрессии против ленинской гвардии, видных партийных, хозяйственных работников, деятелей культуры, да и простых людей, Сталин не мог не коснуться армии. Более того, он считал совершенно необходимым найти и разоблачить «врагов народа» прежде всего в Красной Армии, сменить, уничтожить старое военное руководство, обезопасить себя от реальной силы, способной противостоять ему в борьбе за власть. Авторитет Сталина в партии и народе был огромен, спорно говорить о каком-то военном заговоре. И тем не менее...
Через двадцать лет на XX съезде партии Н.С. Хрущев впервые заявил, что немцы через свои спецслужбы подбросили сфабрикованные документы — «доказательства» заговора, возглавляемого маршалом Тухачевским и другими видными военачальниками, а также сведения об их сотрудничестве с немецким генеральным штабом. Немецкая разведка рассчитывала на подозрительность, мнительность, жестокость Сталина и не без оснований.
Вопрос о том, существовал ли «заговор» Тухачевского, до сих пор остается открытым. Что там ни говори, а есть свидетельство известной спутницы жизни Маяковского Лили Брик, в те годы жены одного из «заговорщиков» — Виталия Примакова, командующего войсками Ленинградского военного округа. На их даче не раз тайно собирались те, кого Сталин вывел на знаменитые военные процессы 1937—1938 годов. До сих пор не верится, что эти мужественные, не раз глядевшие в лицо смертельной опасности люди, могли согласиться с теми обвинениями, которые им были предъявлены на процессах, если бы не чувствовали за собой хоть какой-то вины. Нет, не исключена попытка создания оппозиции, если не самому вождю, то его приспешникам. Но это только предположения, делающиеся на основе тех сфабрикованных документов, которыми располагал Сталин. Тщательно исследовавший эту проблему германский историк И. Пфафф, использовавший архивы, мемуары государственных, политических и военных деятелей, пишет в своей работе: «Представляется достоверным, что Гейдрих приблизительно в середине декабря 1936 года доложил Гитлеру свой план дать ход фальшивым документам, которые должны были подтвердить существование мнимых связей Тухачевского с германским генштабом». В качестве передаточного звена гитлеровская разведка выбрала Чехословакию. Ставка была сделана продуманно и безошибочно: СССР и Чехословакию связывал договор о дружбе и взаимной помощи. Сама Чехословакия была объектом большой игры фашистских правителей и западных демократий. И фальшивые документы, попавшие в руки президента Чехословакии Бенеша, не могли не взволновать его.