В 1932 году храм был закрыт. Последняя Божественная литургия совершалась на Благовещение. После нее единственный к тому времени остававшийся на свободе священник храма был арестован. 23 сентября (6 октября) храм был окончательно закрыт и разорен.
С колокольни была снесена глава, а с четверика — глава вместе с восьмигранным барабаном, так что завершаться он стал просто четырехскатной крышей.
Здание церкви использовалось после внутренней перепланировки как подсобное помещение соседних учреждений — в доме № 3 располагался ЦК ВЛКСМ, который и разместил здесь свою бухгалтерию. Алтарная часть использовалась под кассы. В четверике на уровне высоких окон был выстроен верхний этаж. Все церковное убранство и росписи стен были с большим тщанием уничтожены, исключение составила лишь роспись недоступно высокого потолка четверика Ка занского придела. Часть здания храма была перестроена под жилье. Здание состояло на государственной охране.
После возвращения храма верующим 18 июля 1990 года разрушенные главы были восстановлены.
Силами клириков и прихожан был установлен каменный иконостас тонкой работы.
С 1990 по 2009 год настоятелем храма святителя Николая в Кленниках был из вестный протоиерей Александр Куликов. Все эти годы своего служения отец Александр духовно окормлял еще остававшихся в живых членов маросейской общины времен святого праведного Алексия и священномученика Сергия.
Благоговейное богослужение батюшки, неустанное руководство паствой со внимательным, добрым отношением к каждому приходящему привлекали к нему людей.
26 сентября 2001 года состоялось перенесение мощей святого праведного Алексия, пре свитера Московского, в храм, где он служил.
Престолы храма: Николая Чудотворца (главный); Казанской иконы Божией Матери; Всех Святых, в земле Российской просиявших; Алексия Мечева, старца Московского и священномученика Сергия Мечева.
Святынями храма являются: чтимая Феодоровская икона Божией Матери; икона преподобного Сергия Радонежского с частицей мощей; икона преподобного Феодосия Тотемского с частицей мощей; икона Всех Святых, в земле Российской просиявших; чтимые иконы праведного старца Алексия Мечева в житии и священномученика Сергия; также в храме находится рака с мощами праведного старца Алексия, пресвитера Московского.
При храме уже давно действуют иконописная школа и приходская библиотека.
Приложения
Приложение 1. Воспоминания Епископ Арсений (Жадановский)
Приблизительно в 1905–1908 году один из посетителей Чудова монастыря спросил меня: «Вы знакомы с отцом Алексием Мечевым, священником церкви Святителя Николая в Кленниках на Маросейке?» Помню, я дал отрицательный ответ. «Обратите внимание на этого пастыря, — продолжал собеседник. — Хотя храм, где служит отец Алексий, небольшой и малозаметный, то, что в нем про исходит, достойно удивления. Там Вы найдете иерея маленького роста, с благостным лицом, приковывающего к себе многих молитвенным настроением, умением давать полезные советы, не только духовные, но и житейские, а главное, поражающего лаской, отеческой любовью».
Не сразу приобрел отец Алексий известность…
Силу пастырского вдохновения отец Алексий воспринял от отца Иоанна Кронштадтского…
Разгрузка чужого горя и молитва явились общим фундаментом, на котором построилась вся пастырская деятельность отца Алексия. Но если молитва бодрит, освежает всякого человека, то принятие на себя страданий ближних надламывает сердце пастыря, делает его физически больным. Так было и с отцом Алексием.
«Войдешь к батюшке в комнату после приема им какой-либо скорбящей души, — рассказывает один его духовный сын, — и видишь: разгрузчик сидит весь погруженный в заботы, а лица на нем нет, в глазах слезы, голос прерывается…
Батюшка отец Алексий был великий «перегрузчик» чужих страданий на собственные плечи; недаром, выслушивая скорби обращавшихся к нему за советом, он имел обыкновение класть руки их на свою шею.
«Я помолюсь», — говорил отец Алексий всем изливавшим пред ним нужду, беду, недоумение, сомнение… «Я помолюсь», — было его не изменным ответом каждому, причем ответом не формальным, а сердечным, серьезным, ибо всякое новое имя являлось для него новой слезой, новым горячим воплем к Богу о прощении, по миловании и помощи.