Спустя четыре дня Ленин обратился к В. М. Молотову с секретным письмом для членов Политбюро по поводу событий в Шуе. «Для нас именно данный момент представляет из себя не только исключительно благоприятный, но и вообще единственный момент, когда мы можем 99-ю из 100 шансов на полный успех разить неприятеля на голову и обеспечить за собой необходимые для нас позиции на много десятилетий. Именно теперь и только теперь, когда в голодных местностях едят людей и на дорогах валяются сотни, если не тысячи трупов, мы можем (и поэтому должны) провести изъятие церковных ценностей с самой бешеной и беспощадной энергией и не останавливаясь перед подавлением какого угодно сопротивления. Именно теперь и только теперь громадное большинство крестьянской массы будет либо за нас, либо, во всяком случае, будет не в состоянии поддержать сколько-нибудь решительно ту горстку черносотенного духовенства и реакционного городского мещанства, которые могут и хотят испытать политику насильственного сопротивления советскому декрету». Продуманный до мелочей план использования шуйских событий предусматривал арест и скорейший расстрел «очень большого числа самых влиятельных и опасных черносотенцев г. Шуи, а по возможности также и не только этого города, а и Москвы и нескольких других духовных центров». «Изъятие ценностей, в особенности самых богатых лавр, монастырей и церквей, — писал вождь российской революции, — должно быть проведено с беспощадной решительностью, безусловно ни перед чем не останавливаясь и в самый кратчайший срок. Чем большее число представителей реакционного духовенства и реакционной буржуазии удастся нам по этому поводу расстрелять, тем лучше. Надо именно теперь проучить эту публику так, чтобы на несколько десятков лет ни о каком сопротивлении они не смели и думать».
На следующий день на заседании Политбюро обсуждали план изъятия церковных ценностей, разработанный Троцким. Патриарха решено было не арестовывать сразу, но предупредить, что в случае каких-либо эксцессов он будет отвечать перед судом. 28 марта в «Известиях» был опубликован «Список врагов народов», который открывал патриарх Тихон «со всем своим церковным собором». Тем временем массовые изъятия ценностей во многих городах сопровождались кровавыми столкновениями — к концу года их насчитывалось более полутора тысяч.
26 апреля в Москве начался процесс над 54 священнослужителями и мирянами, обвиняемыми в сопротивлении при изъятии церковного имущества из московских храмов. 5 мая в Ревтрибунал в качестве свидетеля был вызван «гражданин Беллавин», патриарх Тихон. Допрашивали же его не как свидетеля, но как обвиняемого, ибо еще накануне на самом высоком уровне было принято решение о привлечении патриарха к суду. В тот же день патриарха допрашивали и в ГПУ.
Трибунал приговорил 11 обвиняемых к расстрелу. После вынесения приговора патриарх Тихон обратился к председателю ВЦИК Калинину с ходатайством о помиловании. ВЦИК помиловал шестерых, пятеро же осужденных были казнены в камерах Лубянки.
6 мая на Троицком подворье, где размещалась резиденция патриарха, появилась вооруженная охрана. Святителю было объявлено, что он находится под домашним арестом. 19 мая патриарх Тихон был увезен под стражей в Донской монастырь и здесь помещен под арест в небольшом двухэтажном домике рядом с надвратной церковью во имя Тихвинской иконы Божией Матери. Ему было запрещено посещать монастырские храмы, принимать посетителей, выходить из комнат. Лишь раз в сутки заключенного выводили на прогулку на площадку в крепостной стене, откуда он благословлял приезжавших к нему отовсюду богомольцев. Заточение святителя продолжалось более года. Большую часть этого времени патриарх провел в Донском монастыре. (В апреле 1923 года на три недели его перевели во внутреннюю тюрьму ГПУ на Лубянке.) Здесь, в заточении, святейший узнал о Петроградском процессе, завершившемся расстрелом четырех подсудимых, в числе которых оказался митрополит Петроградский Вениамин (причтенный ныне к лику святых). Расправы над священнослужителями и верующими мирянами тем временем продолжались. К концу 1922 года по делам об изъятии церковных ценностей погибло и было расстреляно более восьми тысяч человек.
Изъятие церковных ценностей, изгнание монахов и закрытие монастырей (только к началу 1921 года было ликвидировано 573 монастыря), аресты и расстрелы церковнослужителей, глумление над святынями — все это стало лишь одной стороной наступления власти на Церковь. Но была и другая. В мае 1922 года возникает раскол в Русской Православной Церкви, получивший впоследствии название «Живой церкви». Ряд священнослужителей, при поддержке ГПУ, предпринял попытку захватить власть над Церковью и устранить патриарха.
Еще 12 мая 1922 года находившийся под домашним арестом на Троицком подворье патриарх принимает решение о передаче своих полномочий, «ввиду крайней затруднительности в церковном управлении, возникшей от привлечения» его «к гражданскому суду», ярославскому митрополиту Агафангелу. (По распоряжению ВЦИК митрополит Агафангел был вскоре также задержан властями.) 18 мая лидеры обновленчества во главе с протоиереем Александром Введенским вновь явились к патриарху и потребовали от него передать в их руки управления патриаршей канцелярией, «дабы не продолжалась пагубная остановка в делах управления Церковью». Патриарху было лживо заявлено, что по приезде в Москву митрополита Агафангела все дела будут тотчас переданы ему. Святитель вынужден был подчиниться этому требованию. Однако обновленцы, открыто вводя в заблуждение церковную общественность, объявили полученную ими обманом резолюцию патриарха актом передачи им всей церковной власти. Было объявлено о создании Высшего церковного управления, которое узурпировало власть над Церковью. ВЦУ поддержал ряд епископов, другие иерархи были смещены со своих постов. Открытую поддержку ВЦУ оказывали гражданские власти, передавшие обновленцам большинство храмов. (К 1923 году в их руках находилось 70 % православных приходов страны.) Народ, однако, так и не признал обновленцев и, в отличие от многих церковных иерархов, остался до конца верен своему патриарху.
В апреле 1923 года в Москве открылся так называемый Второй Поместный собор Русской Православной Церкви, получивший в народе название лжесобора. По его решению святитель Тихон был лишен сана, звания и монашества. 8 мая патриарха посетили делегаты «собора», потребовавшие от святителя не только расписаться в том, что он ознакомлен с «соборным» решением, но и снять с себя одеяние священнослужителя. Патриарх решительно отказался выполнять эти бесстыдные и незаконные с канонической точки зрения требования.
Тем временем весной 1923 года усиленно готовился судебный процесс над патриархом Тихоном. Было уже составлено обвинительное заключение, требовавшее приговорить патриарха за «контрреволюционную деятельность» к высшей мере наказания — расстрелу. Казалось, первосвятителя Русской Церкви, как и многих других русских иерархов, ждет мученическая смерть. Однако именно весной 1923 года во всем мире стала нарастать волна протестов против преследований верующих в СССР. 8 мая был озвучен ультиматум министра иностранных дел Великобритании лорда Дж. Керзона. Одним из его требований было остановить казни духовенства. Англия угрожала расторгнуть торговый договор с Советской Россией от 1921 года. Г. В. Чичерин и Л. Д. Троцкий обратились к Петроградскому и Московскому советам с призывом не делать ни одного шага, который мог бы осложнить отношения Советской России с Западом.
В эти дни, в мае 1923 года, патриарх Тихон был возвращен из внутренней тюрьмы ГПУ в Донской монастырь. 16 июня в печати появилось его заявление в Верховный суд РСФСР, в котором святитель сообщал о своем раскаянии в «проступках против государственного строя» и просил Верховный суд изменить меру пресечения, то есть освободить его из-под стражи. «При этом я заявляю Верховному суду, что я отныне Советской власти не враг, — писал святитель. — Я окончательно и решительно отмежевываюсь как от зарубежной, так и внутренней монархическо-белогвардейской контрреволюции».
27 июня 1923 года патриарх Тихон был, наконец, освобожден из-под стражи. (Хотя постановление о прекращении дела по его обвинению было принято значительно позже, только в марте 1924 года.) Уже на следующий день, после более чем годового перерыва, он появился на народе: приехал на погребение почитаемого в Москве протоиерея Алексея Мечева. В церковь на Лазаревском кладбище патриарх войти отказался, так как там служили обновленцы, но совершил панихиду возле свежей могилы.
Верующие восприняли заявление патриарха Тихона как вынужденное. Сам же он не раз говорил, что пошел на этот шаг ради спасения Церкви, гибнущей от насилия власти и церковного раскола. Тем, кто упрекал его в соглашательстве с советской властью, святитель отвечал: «Пусть погибнет имя мое в истории, только бы Церкви была польза». Англиканскому епископу Бюри, также обратившемуся к святейшему за разъяснениями, патриарх напомнил слова апостола Павла: «Имею желание разрешиться и быть со Христом (то есть принять смерть. —
После освобождения патриарха Тихона начинается массовое возвращение духовенства и мирян в лоно Русской Православной Церкви. Те из епископов, которые под давлением обстоятельств во время заточения патриарха перешли в обновленчество, приносят покаяние перед святейшим и всем народом. Высшее церковное управление было упразднено, обновленцы потеряли почти все свои храмы (в Москве за ними осталось лишь три церкви).
В эти годы патриарх живет в Донском монастыре. «Сюда к святейшему со всей России стекались верующие, — читаем в современной биографии святителя Тихона. — Встречи с ним жаждали епископы, священники, миряне. Одни по делам церковным, другие — за получением патриаршего благословения, третьи — за утешением в горе. Доступ к патриарху был свободный, келейник лишь спрашивал посетителей о цели прихода». Когда одного из епископов спросили на допросе в ГПУ: «Как вы относитесь к патриарху?», последовал ответ: «Я реально ощутил его святость». Приведем также отзыв о патриархе корреспондента одной из тогдашних парижских газет: «Спокойный, умный, ласковый, широкосострадательный, очень просто одетый, без всякой роскоши, без различия принимающий всех посетителей, патриарх лишен, может быть, пышности, но он действительно очень дорог тысячам малых людей, рабочих и крестьян, которые приходят его видеть. В нем под образом слабости угадывается крепкая воля, энергия для всех испытаний, вера непоколебимая. Постоянные изъявления сочувствия и преданности, которые он получает со всех концов России, делают его сильным и терпеливым».
Гонения на Церковь между тем продолжались. Продолжались и аресты епископов и священников, и травля патриарха, продолжались утомительные встречи-допросы святителя в ГПУ. 9 декабря 1924 года было совершено очередное покушение на патриарха: выстрелом из револьвера был убит его келейник и секретарь, выполнявший также функции телохранителя, Яков Анисимович Полозов, которого святитель любил как собственного сына. Через неделю после гибели Я. А. Полозова, когда патриарх посетил его могилу на Донском кладбище, кто-то выпустил в него две пули, но промахнулся.
«Святейший Тихон, — писал в те годы архиепископ Серафим (Мещеряков) митрополиту Антонию (Храповицкому), главе Русской Православной Церкви за рубежом, — поправляется после третьего дерзкого покушения на его жизнь, но он сильно ослабел и страшно переутомился. Он часто служит и ежедневно делает приемы. К нему едут со всех концов России. У него заведен такой порядок: он принимает каждый день не более пятидесяти человек, с архиереями говорит не более десяти, а с прочими не более пяти минут. Он сильно постарел и выглядит глубоким старцем».
В январе 1925 года в связи с ухудшением состояния здоровья патриарх был помещен в частную клинику Бакунина на Остоженке. Незадолго до этого он составил завещание с назначением своих заместителей «в случае нашей кончины». Он по-прежнему выезжает на богослужения в московские храмы. Власти, в свою очередь, не прекращают травли больного святителя. В марте 1925 года было выписано новое постановление об аресте «гражданина Беллавина». Оставалось лишь поставить дату на подготовленном бланке документа.
5 апреля святитель в последний раз совершил божественную литургию в церкви Большого Вознесения на Никитской. На днях он намеревался покинуть больницу. Однако 7 апреля (25 марта по старому стилю, в праздник Благовещения Пресвятой Богородицы) святейшему стало хуже. Накануне ему вырвали зуб, и для улучшения самочувствия он согласился на укол морфия. К вечеру, по воспоминаниям келейника, святейший начал сильно волноваться и, вздохнув, произнес: «Скоро наступит ночь, темная и длинная». Спрашивал, который час. Последний раз спросил без четверти двенадцать. «Ну, слава Богу», — произнес, будто только и ждал этого часа. Затем стал креститься, и когда занес руку для третьего крестного знамения, душа его отошла к Господу.
12 марта 1925 года, в Вербное воскресенье, при стечении бесчисленного множества народа, тело святейшего патриарха было предано земле в Донском монастыре.
В 1989 году Архиерейский собор Русской Православной Церкви причислил патриарха Тихона к лику святых. В 1992 году, после пожара в Малом соборе Донского монастыря, во время ремонтных работ были проведены раскопки под полом церкви и там, в склепе, обнаружен гроб с нетленными мощами святого патриарха Тихона. 22 февраля патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил молебен у гроба святителя, а 5 апреля святые мощи были торжественно перенесены в Большой собор Донского монастыря.