Избирать патриарха должны были епископы. Однако они отказались от этого и решили доверить столь важное и поворотное для судеб России дело Божией воле, то есть жребию. 2 ноября делегация Собора отправилась в штаб военно-революционного комитета с просьбой прекратить стрельбу. (К тому времени артиллерийские орудия били прямой наводкой по Кремлю, в котором засели юнкера.) Большевики категорически отказали в просьбе, пообещав, правда, сохранить Кремль. На заседании Собора огласили решение: выбор патриарха будет совершен жребием после окончания уличных боев. К противоборствующим сторонам Собор обратился со следующими словами: «Священный Собор от лица всей нашей православной России умоляет победителей не допускать никаких актов мести, жестокой расправы и во всех случаях щадить жизнь побежденных. Во имя спасения Кремля и спасения дорогих всей России наших в нем святынь, разрушения и поругания которых русский народ никогда и никому не простит, Священный Собор умоляет не подвергать Кремль артиллерийскому обстрелу».
3 ноября юнкера сдались, бои в городе были прекращены. Митрополит Тихон с немногими делегатами Собора был допущен в Кремль, где своими глазами смог увидеть разрушения, причиненные великой святыни России: артиллерийским огнем пробит купол Успенского собора, стены Чудова монастыря, собор Двенадцати апостолов, получили повреждения и осквернены другие кремлевские храмы; повсюду лужи крови, тела убитых.
4 ноября Собор принял решение избирать патриарха не в Успенском соборе, но — в нарушение традиции — в храме Христа Спасителя, вне Кремля, закрытого властью для посещения. Единственное, что удалось сделать, это получить от новых властей на один день чудотворный образ Владимирской Божией Матери, причем эту святыню пришлось перевозить из Кремля скрытно, завернутой в материю, без обычно сопровождавшего ее крестного хода.
На следующий день, 5 ноября, в переполненном храме Христа Спасителя состоялись выборы первосвятителя Русской Церкви. Руководил церемонией и совершал литургию митрополит Киевский и Галицкий Владимир (Богоявленский), старейший из иерархов Русской Церкви. Имена трех кандидатов на патриарший престол были написаны на трех одинаковых пергаменах, свернутых в трубочку и положенных в особый ковчежец. По совершении Божественной литургии старец схииеромонах Алексий, затворник Зосимовой пустыни (недалеко от Троице-Сергиевой лавры), после долгой молитвы вынул из ковчежца жребий с именем Тихона, митрополита Московского. «Словно электрическая искра пробежала по молящимся, — вспоминал митрополит Евлогий (Георгиевский), присутствовавший тогда в соборе. — Раздался возглас митрополита „Аксиос!“ („Достоин!“ —
Сам святитель Тихон, как и другие кандидаты, на литургии не присутствовал, ожидая исхода голосования в церкви Троицкого подворья. Сюда и направилась делегация Собора, чтобы возвестить ему Божью волю. 7 ноября святитель уехал в Троице-Сергиеву лавру, чтобы готовиться там к интронизации (торжественному возведению на престол). В праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы, 21 ноября 1917 года, в Успенском соборе Московского Кремля, в присутствии бесчисленного множества народа, заполонившего не только всю Соборную площадь, но и весь Кремль, и Красную площадь, и близлежащие улицы, состоялась интронизация патриарха Тихона. Торжественную церемонию проводили митрополит Киевский Владимир и митрополит Тифлисский Платон, экзарх Грузии. Так Россия получила нового патриарха — первого после двухсотвосемнадцатилетнего перерыва.
«Патриаршество восстанавливается на Руси в грозные дни, среди огня и орудийной смертоносной пальбы, — сказал святитель в своем обращении к народу в день интронизации. — Вероятно, и само оно принуждено будет не раз прибегать к мерам запрещения для вразумления непокорных и для восстановления порядка церковного. Но как в древности пророку Илии явился Господь не в буре, не в трусе, не в огне, а в прохладе, в веянии тихого ветерка, так и ныне на наши малодушные укоры: Господи, сыны Российские оставили завет Твой, разрушили Твои жертвенники, стреляли по храмовым и кремлевским святыням, избивали священников Твоих — слышится тихое веяние словес Твоих. Еще семь тысяч мужей не преклонили колена пред современным Ваалом и не изменили Богу истинному. И Господь как бы говорит мне так: „Иди и разыщи тех, ради коих пока еще стоит и держится Русская земля. Но не оставляй и заблудших овец, обреченных на погибель, на заклание, овец, поистине жалких. Паси их, и для сего возьми жезл сей благоволения. С ним потерявшуюся — отыщи, угнанную — возврати, пораженную — перевяжи, больную — укрепи, разжиревшую и буйную — истреби. Паси их по правде“. В сем да поможет мне Сам Пастыреначальник, молитвами и предстательством Пресвятыя Богородицы и святителей Московских». Эти слова стали настоящей программой действий патриарха Тихона на посту первосвятителя Русской Церкви.
Тем временем революция в России набирала силу. Началась гражданская война. Одной из главных жертв захлестнувшей страну волны террора становилась Церковь.
В начале февраля 1918 года, среди прочих, был подписан декрет об отделении Церкви от государства и школы от Церкви. На местах он был воспринят как сигнал не просто к наступлению на Церковь, но по существу к уничтожению Церкви. Повсеместно закрываются домашние церкви (первый шаг к последующему закрытию всех церквей), закрываются все духовные учебные заведения, прекращается преподавание Закона Божия в школах. Имущество Церкви объявляется государственным, и это касается храмов, монастырей, церковного имущества, утвари и т. п. Церкви оскверняются, чтимые народом обители (как, например, Александро-Невская лавра в Петрограде или Почаевская лавра на Украине) захватываются безбожниками; монастыри объявляются неким абстрактным «народным достоянием», а на деле превращаются в застенки или постоялые дворы. Сама православная вера открыто провозглашается предрассудком, суеверием; повсюду выламывают и выбрасывают кресты — символ христианства, глумятся над чудотворными иконами, святыми мощами. В кровавом месиве гражданской войны гибнут сначала десятки и сотни, а затем тысячи священнослужителей. В ответ на это в Москве и других городах организуются многотысячные крестные ходы с хоругвями и чудотворными иконами. В Туле и Шацке крестные ходы расстреляны из пулеметов.
25 января (7 февраля) 1918 года в Киеве был зверски убит митрополит Киевский и Галицкий Владимир — тот самый, который вручил святителю Тихону символ патриаршей власти, посох святого митрополита Петра. (В 1992 году святитель Владимир Киевский причтен Церковью к лику святых.) И эта жертва, к несчастью, оказалась далеко не единственной. Казалось, возвращаются страшные времена гонений на первых христиан. Множится сонм новомучеников и исповедников Русской Церкви. В том же 1918 году и позднее принимают мученическую смерть архиепископ Пермский и Кунгурский Андроник, его викарий епископ Соликамский Феофан, архиепископ Черниговский Василий, епископы Ермоген Тобольский и Сибирский, Амвросий Сарапульский, Мефодий Петропавловский, Никодим Белгородский, Иоаким Нижегородский и другие, бесчисленное множество настоятелей храмов, священников, иноков и инокинь. Многие принимают мучительную, жуткую смерть, многих убивают с глумлением, с издевкой, надругаясь над их религиозными чувствами.
Патриарх не остается в стороне, но возвышает свой голос в защиту Православия. Еще в январе 1918 года по всей России расходится его послание с анафематствованием гонителей Церкви и сеятелей братоубийственной брани.
«Тяжкое время переживает ныне Святая Православная Церковь Христова в Русской земле: гонения воздвигли на истину Христову явные и тайные враги сей истины и стремятся к тому, чтобы погубить дело Христово и вместо любви христианской всюду сеять семена злобы, ненависти и братоубийственной брани.
Забыты и попраны заповеди Христовы о любви к ближним, ежедневно доходят до нас известия об ужасных и зверских избиениях ни в чем не повинных и даже на одре болезни лежащих людей, виновных только разве в том, что честно исполняли свой долг перед Родиной, что все силы свои полагали на служение благу народному. И все это совершается не только под покровом ночной темноты, но и въявь, при дневном свете, с неслыханною доселе дерзостию и беспощадной жестокостью, без всякого суда и с попранием всякого права и законности — совершается в наши дни во всех почти городах и весях нашей Отчизны: и в столицах, и на отдаленных окраинах (в Петрограде, Москве, Иркутске, Севастополе и др.).
Все сие преисполняет сердце наше глубокою болезненною скорбью и вынуждает нас обратиться к таковым извергам рода человеческого с грозным словом обличения и прещения по завету святого апостола: „согрешающих пред всеми обличай, да и прочие страх имут“
Опомнитесь, безумцы, прекратите ваши кровавые расправы. Ведь то, что творите вы, не только жестокое дело, это поистине дело сатанинское, за которое подлежите вы огню геенскому в жизни будущей — загробной и страшному проклятию потомства в жизни настоящей — земной.
Властью, данной нам от Бога, запрещаем вам приступать к Тайнам Христовым, анафематствуем вас, если только вы носите еще имена христианские и хотя по рождению своему принадлежите к Церкви Православной».
Святитель обращается и к «верным чадам Православной Церкви Христовой»: «А если нужно будет и пострадать за дело Христово, зовем вас, возлюбленные чада Церкви, зовем вас на эти страдания вместе с собою словами святого апостола: „Кто ны разлучит от любве Божия? Скорбь ли, или теснота, или гонение, или глад, или нагота, или беда, или меч?“
Большевики расценили это воззвание как контрреволюционное. «На почве такой пропаганды, — говорилось в листовках, вывешенных повсюду, — могут возникнуть народные волнения, ответственность за которые всецело падет на духовенство. Все церковнослужители, замеченные в распространении таких контрреволюционных воззваний, а также пропаганды в этом направлении, будут караться со всей строгостью революционного времени вплоть до расстрела».
Патриарх обращается и к Советскому правительству и к главам других стран, чтобы хоть как-то облегчить участь своей паствы. В том же 1918 году он пишет послания по поводу введения в России григорианского календаря (не принятого Церковью), с призывом о прекращении междоусобной брани, о прекращении гонений против Церкви. Он посылает запросы и ходатайства в суды, комиссии и комиссариаты, защищая осужденных. И некоторые из просьб патриарха (но, конечно, лишь немногие) удовлетворялись.
18 марта 1918 года патриарх обращается к верующим по поводу заключения несчастного и позорного для России Брестского мира: «Продолжается все та же распря, губящая наше Отечество. Внутренняя междоусобная война не только не прекратилась, а ожесточается с каждым днем. Голод усиливается, и, чтобы ослабить его, грозят даже изгонять из столиц мирных жителей, не знающих, где им преклонить голову. Умножаются грабежи и убийства, и для борьбы с ними часто прибегают к ужасному самосуду. Устранит ли объявленный мир эти вопиющие к небу нестроения? Не принесет ли он еще больших скорбей и несчастий?..»
Почти каждый день, несмотря на участие в заседаниях Собора (работа которого продолжалась до осени 1918 года), прием посетителей и труды по управлению Церковью, святитель совершает богослужения. Чаше всего это происходит в храме Христа Спасителя и на Троицком подворье, но патриарх не отказывается, если к нему обращаются с просьбой совершить службу в каком-либо ином московском храме.