В течение семи лет владыка Тихон возглавлял ярославскую кафедру и за эти годы успел заслужить искреннюю любовь народа. Как и прежде, он много разъезжает по епархии, посещая даже самые отдаленные уголки, совершает божественную литургию во всех посещенных им храмах, заботится о священнослужителях. В 1908 году святитель Тихон вновь побывал в Петербурге, где посетил отца Иоанна Кронштадтского. Это было незадолго до смерти великого праведника и чудотворца. Рассказывали, что после продолжительной беседы кронштадтский батюшка поднялся со своего места и предложил святителю: «Теперь, владыка, садитесь вы на мое место, а я пойду отдохну», и вышел. Архиепископ Тихон не посмел сесть на место отца Иоанна. И лишь спустя многие годы открылся сокровенный смысл слов великого старца: патриарх Тихон занял место того, кому поклонялась вся Россия.
Во всех спорных вопросах святитель Тихон всегда становился на сторону священнослужителей, защищал их от произвола властей. Это вызвало его конфликт с ярославским губернатором, который добился удаления с кафедры неугодного ему пастыря. 2 января 1914 года указом Святейшего Синода святитель Ярославский Тихон был поставлен архиепископом Литовским и Виленским, а на его место перемещен прежний архиепископ Литовский Агафангел. В воскресенье, 19 января, святитель Тихон отслужил прощальную литургию в переполненной народом Крестовой церкви Ярославского Спасского монастыря. В адресе, преподнесенном ему от городского управления Ярославля, говорилось: «Никто не уходил от Вас без утешения, ободрения, ласки, благословения; Вашим светлым умом и добрым сердцем Вы легко проникали в самое сложное дело, за разрешением которого к Вам каждый из пасомых шел прямо, не обинуясь, как к истинному отцу и постоянному душевному доброжелателю». Теплые слова содержались и в других прощальных адресах, преподнесенных архиепископу от гражданских и военных властей, именитых жителей, духовенства и т. д.
Уже в Литве святитель узнал о том, что жители Ярославля избрали его почетным гражданином своего города.
24 января 1914 года святитель Тихон прибыл в Вильно (нынешний Вильнюс), в Свято-Духов монастырь. «Я сознаю всю трудность святительского служения в этом разноверном и разноплеменном крае, — обратился он к духовенству и мирянам, — и прошу у вас помощи в моем служении».
Два с половиной года провел святитель в Литве. Уже в первые месяцы он объехал города и села своей епархии; как и прежде, святитель повсюду посещает храмы, совершает богослужения, благословляет народ.
Вскоре после начала его пастырского служения в Литве Россия вступила в Первую мировую войну. Территория епархии оказалась в сфере военных действий. «Тяжелейшее служение выпало на долю архипастыря Литовской епархии, — пишет современный биограф патриарха Тихона М. И. Вострышев. — Удовлетворение религиозных нужд фронтовых частей, нравственная поддержка солдат и офицеров, врачебная помощь и широкая благотворительность имели в лице владыки Тихона горячего вдохновителя и бескорыстного дарителя». Архиепископу Литовскому приходится постоянно быть в гуще событий: он приезжает на передовую, где благословляет солдат и вдохновляет их на ратные подвиги, он освящает лазареты и совершает в них молебны, обходит тяжелораненых, успокаивает беженцев, освящает святой водой и благословляет полки, прибывающие на фронт, совершает панихиды с поминовением погибших. «А я все езжу, — пишет он в это время, — возвратился вчера, а на днях опять поеду в другие места, и военные просят, и на позиции».
Летом 1915 года германские войска начали наступление в Литве. Нависла угроза над Вильно (город был сдан в конце августа того же года). Еще раньше архиепископу Тихону пришлось покинуть свою епархию. Он вывозит в Москву мощи святых мучеников Виленских — Антония, Иоанна и Евстафия — первых борцов за православие в Литве. В Москве же расположилось и большинство учреждений, эвакуированных из Вильно. Из Москвы святитель отправляется в Дисну, находящуюся на окраине его епархии. И вновь он посещает прифронтовые города — Друю, Лужки и другие свободные от неприятеля островки Литовской епархии.
В 1916 году за труды во славу Отечества император Николай II пожаловал архиепископу Тихону бриллиантовый крест для ношения на клобуке.
В феврале 1917 года в России произошла революция. Император Николай II отрекся от престола. Наступила пора перемен и для Русской Православной Церкви. У современников происходившие события получили название «церковной революции».
Почти во всех епархиях были образованы епархиальные комитеты из духовенства и мирян, которые установили контроль над всеми административными действиями епископов. Значительное число епископов было прямо смещено со своих постов или под давлением вынуждено было уйти в отставку. Затем по инициативе комитетов были созваны чрезвычайные епархиальные съезды, на которых вырабатывались предложения по реформе церковного управления. Одним из первых решений этих съездов, немедленно воплотившимся в жизнь, стало введение выборности всех духовных и духовно-административных должностей. Вакантные епископские кафедры замещались путем свободного избрания тайным голосованием представителей клира и мирян на самих чрезвычайных епархиальных съездах. Так, 21 июня 1917 года съездом духовенства и мирян Московской епархии, собравшимся в Московском епархиальном доме (в Лиховом переулке), митрополитом Московским и Коломенским был избран архиепископ Литовский Тихон.
Газета «Богословский вестник» так писала об этих выборах: «Европейски просвещенный архиепископ Тихон на всех местах своего епископского служения проявил себя независимым деятелем высокой честности, твердости и энергии и одновременно человеком большого такта, сердечным, отзывчивым и чрезвычайно простым и доступным как в деловых, так и в частных отношениях к людям. Замечательно, что при всей эмоциональности, которую иногда принимало обсуждение кандидатов на избирательном съезде, никто не мог бросить даже и тени чего-либо компрометирующего на личность архиепископа Тихона».
13 августа 1917 года святитель Тихон был возведен на престол митрополитов Московских, великих святых Петра, Алексия, Ионы, Филиппа и Гермогена. А уже спустя два дня, 15 августа 1917 года, в самый день празднования Успения Пресвятой Богородицы, в Москве начал работу Поместный собор Русской Православной Церкви. Его председателем был избран митрополит Московский и Коломенский Тихон.
На Собор съехались 576 делегатов из всех епархий русской Православной Церкви. Здесь были все епархиальные архиереи, а также представители от каждой епархии: по двое мирян и двое священников (всего 277 священноцерковнослужителей и 299 мирян), представители духовных учебных заведений, государственных и общественных учреждений, военного духовенства, выборные от армии, от монастырей. Это был, несомненно, самый представительный и самый демократический из всех соборов в истории Русской Православной Церкви.
В приветственном слове, произнесенном 16 августа в храме Христа Спасителя, митрополит Тихон говорил, обращаясь к собравшимся делегатам Собора: «Ныне Родина наша находится в разрухе и опасности, почти на краю гибели. Как спасти ее — этот вопрос составляет предмет крепких дум. Многомиллионное население Русской Земли уповает, что Церковный Собор не останется безучастным к тому тяжелому положению, которое переживает наша Родина. Созерцая разрушающуюся на наших глазах храмину государственного нашего бытия, представляющую как бы поле, усеянное костями, я, по примеру древнего пророка, дерзаю вопросить:
Одним из главных вопросов, которые должен был решить Собор, был вопрос о восстановлении патриаршества в России. (Этот вопрос активно обсуждался в Русской Церкви с начала XX века и особенно после трагических событий 1905 года; горячим сторонником восстановления патриаршества проявил себя и святитель Тихон, в то время епископ Алеутский и Северо-Американский.) Однако к обсуждению этого центрального вопроса Собор приступил не сразу, но лишь спустя почти месяц после открытия.
Между тем события, происходившие в России, приобретали все более трагический оборот.
Параллельно с работой Собора в Москве начались кровопролитные столкновения между сторонниками и противниками большевиков. 25 октября 1917 года в Петрограде произошел вооруженный переворот, власть перешла в руки большевиков. 26 октября городской голова Руднев сформировал в Москве Комитет общественной безопасности. К вечеру отряды юнкеров и офицеров сосредоточились около Кремля. 27 октября Москва была объявлена на военном положении. Началась стрельба вокруг Кремля и на Красной площади. К утру 28 октября юнкера захватили Кремль. Вечером того же дня отряды красногвардейцев и солдат, выступавших на стороне большевиков, блокировали центр города. В Москве начались уличные бои.
Именно в эти дни в столице и решался вопрос о восстановлении патриаршества. Затянувшиеся прения сторон были прерваны; в условиях вооруженного противостояния в Москве и во всей России решение надо было принимать немедленно. 28 октября — в разгар боев в Москве — Собор, наконец, принял историческое постановление о восстановлении патриаршества в России.
В воскресенье 29 октября митрополит Тихон должен был совершить богослужение в храме Христа Спасителя в Москве. Однако добраться до храма святитель не смог: на подступах к центру города развернулись ожесточенные бои.
31 октября, под грохот орудийной пальбы, состоялось голосование кандидатов на пост патриарха Московского и всея России. Было избрано трое кандидатов. Первым кандидатом признан был архиепископ Харьковский и Ахтырский Антоний (Храповицкий) (159 голосов), вторым — архиепископ Новгородский и Старорусский Арсений (Стадницкий) (199 голосов), третьим — митрополит Московский и Коломенский Тихон (162 голоса). Из этих трех кандидатов и надлежало выбрать единственного пастыря для всей Русской Православной Церкви.