Новопостриженный инок получил имя Тихон, в честь святителя Тихона Задонского. На следующий день в кафедральном соборе Пскова отец Тихон был рукоположен в сан иеродиакона, а в следующее архиерейское служение посвящен в иеромонахи.
В марте 1892 года иеромонах Тихон был переведен в город Холм Люблинской губернии Царства Польского (ныне город Хелм в Польше) — инспектором Холмской духовной семинарии. Уже в мае того же года его перевели в Казань — ректором семинарии — с возведением в сан архимандрита. Однако вскоре освободилось место ректора Холмской семинарии, и архимандрит Тихон получил его. Он возвращается в Холм, где одновременно с работой по руководству семинарией несет множество епархиальных должностей: благочинного монастырей Холмско-Варшавской епархии, члена, а затем председателя Холмского отделения епархиального училищного совета, председателя Холмского Свято-Богородицкого православного братства.
«Религиозная и народная жизнь Холмщины, — писал впоследствии митрополит Евлогий (Георгиевский), бывший преемником святителя Тихона на посту ректора Холмской семинарии, — была сложная. В ней скрещивались и переплетались разнородные религиозные течения, воздействия разных культурных наслоений, обусловленные всем историческим прошлым этого края: Русь и православие — как исторический фундамент; Польша и католичество в виде унии — как дальнейшее наслоение».
За пять лет управления духовной школой молодой ректор успел проявить талант воспитателя и организатора. Его полюбили не только воспитанники семинарии, но и местное население. «Архимандрит Тихон, — вспоминал митрополит Евлогий, — был очень популярен и в семинарии, и среди народа. Местные священники приглашали его на храмовые праздники. Милый и обаятельный, он всюду был желанным гостем, всех располагал к себе, оживлял любое собрание, в его обществе всем было весело, приятно, легко. Будучи ректором, он сумел завязать живые и прочные отношения с народом — и этот же путь он указал и мне».
Стараниями архимандрита Тихона в семинарии был устроен второй храм — во имя святителя Феодосия Черниговского. Храм обустраивался исключительно на средства жертвователей, среди которых первыми были отец Иоанн Кронштадтский и служащие Холмской семинарии. В этом храме совершалось ежедневное богослужение, причем каждый из шести классов имел свой день для клиросного послушания. «Архимандрит Тихон, — писал тот же Евлогий, — обладал большою житейской мудростью, был человек такта и чувства меры; несмотря на свойственные ему мягкость и добродушие умел настойчиво проводить полезные мероприятия».
Еще в конце 1896 года архиепископ Холмско-Варшавский Флавиан сделал представление Святейшему Синоду о назначении архимандрита Тихона на освободившееся место викария Холмско-Варшавской епархии, епископа Люблинского. Представление было отклонено ввиду того, что кандидату в епископы не исполнилось еще и тридцати двух лет, притом что, по правилам Церкви, требовалось, чтобы епископ был не моложе тридцати трех лет. Архиепископ Флавиан около года оставался без викария и вновь подал то же ходатайство, которое на этот раз было принято.
19 октября 1897 года в Троицком соборе Александро-Невской лавры в Санкт-Петербурге архимандрит Тихон был рукоположен в епископа Люблинского, викария Варшавской епархии. Он стал самым молодым из современных ему иерархов Русской Православной Церкви.
За десять месяцев своего епископства в Холмской епархии святитель посетил 110 монастырей и сельских приходов и совершил службу в каждой церкви. Он хорошо понимал нужды разноплеменного населения края, умел смягчить противоречия между поляками и русскими, содействовал добровольному переходу униатов в лоно Православной Церкви. К епископу Тихону доброжелательно относились даже католики и иудеи, во множестве жившие в городах епархии.
Когда осенью 1898 года епископ Тихон был переведен из Холмско-Варшавской епархии на Алеутскую и Аляскинскую кафедру, «весь край, — по словам современника, — пришел в смятение и обильно проливал слезы разлуки с любимым архипастырем». Дошло даже до того, что жители Холма легли на полотно железной дороги, чтобы только не дать поезду увезти святителя из их города. Потребовались увещевания начальствующих лиц и сердечная просьба самого пастыря отпустить его с миром.
Назначение епископом Алеутским и Аляскинским (указ об этом был подписан императором 14 сентября 1898 года) открыло новый этап в биографии святителя Тихона. Он деятельно взялся за обустройство североамериканской епархии, учрежденной в 1870 году по почину святителя Иннокентия, митрополита Московского, знаменитого просветителя Америки и Сибири. Кафедра епархии располагалась в Сан-Франциско, крупнейшем городе на Западном побережье США. Сюда и прибыл святитель в самом конце 1898 года, пересекши за две недели весь Северо-Американский континент с востока на запад.
Исторически и географически обширнейшая епархия святителя Тихона делилась на две части: Алеутские острова и Аляску, где паства состояла в основном из коренного населения (алеутов, эскимосов, индейцев), и собственно Североамериканский континент, где большинство православных были выходцами из Старого Света (славяне, греки, сирийцы и т. д.). В соответствии с этим по предложению епископа Тихона, епархия получает новое название — Северо-Американская и Аляскинская (это название было утверждено императором в феврале 1900 года). Были учреждены два особых викариатства: Аляскинское и Бруклинское.
Ко времени прибытия святителя в Америку Святейший Синод прекратил выдачу субсидий американской епархии. Приходилось опираться лишь на собственные средства, что было особенно сложно из-за малочисленности православных приходов и их разбросанности по всему материку. Святитель почти непрестанно находился в пути: он плыл то на пароходике по североамериканским рекам, то на кожаной байдаре, иной раз с риском для жизни; то пешком пробирался по заснеженной тундре в какой-нибудь дальний приход.
За восемь лет его управления епархией было сделано чрезвычайно много. Организованы Братство Нью-Йоркской церкви и Кресто-Воздвиженский союз взаимопомощи сестер милосердия, открыта духовная семинария в Миннеаполисе, основан первый на Американском континенте православный Свято-Тихоновский монастырь (во имя святителя Тихона Задонского) в Пенсильвании, открыты духовная семинария в Кливленде и женский приют на Кадьяке, выстроен новый кафедральный Свято-Николаевский собор в Нью-Йорке. (Святитель и впоследствии не забывал своим попечением основанный им Свято-Тихоновский монастырь. В 1910 году, будучи уже архиепископом Ярославским, он пожертвовал монастырю из своих личных сбережений 10 тысяч рублей.)
Число православных приходов в Америке при святителе Тихоне возросло с пятнадцати до семидесяти пяти. В Чикаго, Бруклине, других городах и селениях США и Канады открывались новые православные храмы. Благодаря усилиям святителя несколько тысяч униатов (эмигранты из Карпатской Руси) перешли в православие. Участились случаи обращения в православие и из других инославных вероисповеданий. Святитель Тихон неустанно заботился о переводе на английский язык православного богослужения. Сам он нередко совершал службу на трех языках — греческом, церковно-славянском и английском.
Большинство переселенцев из Европы (в том числе и православных) оседало на восточном побережье США. Поэтому святитель Тихон добивается перенесения епископской кафедры из Сан-Франциско в Нью-Йорк. В мае 1905 года он был возведен в сан архиепископа Алеутского и Северо-Американского с кафедрой в Нью-Йорке.
Святитель понимал всю сложность развития православия в США и Канаде и предлагал меры, способные консолидировать православное население в Новом Свете. «Северо-Американскую епархию, — писал он в Святейший Синод, — следует преобразовать в экзархат Российской Церкви в Северной Америке. Дело в том, что в состав ее входят не только разные народности, но и разные Православные Церкви, которые, при единстве веры, имеют каждая свои особенности в каноническом строе, в богослужебном чине, в приходской жизни; особенности эти дороги для них и вполне терпимы с общей православной точки зрения. Посему мы не считаем себя вправе посягать на национальный характер здешних Церквей, напротив, стараемся сохранить таковой за ними, предоставляя им возможность быть непосредственно подчиненными начальникам их же национальности. Словом, в Северной Америке может образоваться целый экзархат православных национальных Церквей со своими епископами, возглавляемыми экзархом — русским архиепископом. Через него сохраняется связь Американской Церкви с Всероссийской Церковью и известная зависимость от нее; причем не следует упускать из виду того обстоятельства, что жизнь в Новом Свете по сравнению со Старым имеет свои особенности, с которыми приходится считаться и здешней Церкви, а посему этой последней должна быть предоставлена большая автономия (автокефальность?), чем другим русским митрополиям».
С 1905 года святитель начал готовить Собор с участием епископов, священников, а также делегатов от всех православных приходов. Этот собор открылся в феврале (по новому стилю в марте) 1907 года в храме Иоанна Крестителя в городе Майфилде. Один из вопросов, поднятых на Соборе, был вопрос о юридическом статусе Православной Церкви в Америке. Тогда этот вопрос был не понят Святейшим Синодом, и лишь шестьдесят лет спустя Американская Православная Церковь получила самостоятельность.
Впрочем, еще накануне открытия Собора архиепископ Тихон получил уведомление Святейшего Синода о своем переводе в Россию: 25 января (7 февраля) 1907 года он был назначен архиепископом Ярославским и Ростовским.
За годы, проведенные святителем на Американском континенте, в России многое изменилось. Страна пережила неудачную войну с Японией 1904–1905 годов и революцию 1905–1907 годов. «Больно читать, что творится в бедной России, — писал святитель еще в ноябре 1905 года из Нью-Йорка настоятелю Великолукского Троице-Сергиева монастыря архимандриту Аркадию. — Кажется, все правящие потеряли голову. Бог знает, к чему это все приведет. Ужели Господь до конца прогневался на нас? И скоро ли мы образумимся?..»
11 апреля 1907 года владыка Тихон прибыл в Ярославль. Прямо с вокзала святитель направился в кафедральный собор города, где обратился к пастве с такой речью: «Мой приезд совпал со днями, когда Церковь готовится к торжественному входу Иисуса Христа в Иерусалим, где множество народа встретило Его. Среди них были и враги, и друзья Христа, были исцеленные Им и любопытные, желавшие взглянуть на Галилейского Пророка. Множество народа встретило и меня. Не думаю, чтобы здесь были враги у незнакомого для всех собравшихся человека. Сюда стеклись посмотреть на нового владыку, прибывшего из далекой Америки. Но не любопытство одно привело сюда вас, а любовь к Церкви, к ее служителям. Еще до приезда я слышал много отрадного о вас, о любви ярославцев к благолепию храмов, о внимании к пастырям, и нынешнее стечение народа отрадно для меня. Храните эту любовь к вере и Церкви Православной, к посещению храмов!»