Вернувшись, Николай довел до студенческой и учащейся молодежи решения съезда, и 11 сентября на полу-тысячном митинге была принята по его предложению резолюция в их поддержку. Один из участников митинга писал в частном письме: «Правительство ругали без стеснения, а Гулак, т. е. известный всем нам Николай Ильич, разразился речью против государя императора». Письмо это было перехвачено охранкой, которая не выпускала Подвойского из поля зрения, подыскивая весомый повод для ареста.

В октябре 1905 года в России началась Всеобщая политическая стачка. Ярославль не остался в стороне. 11 октября большевики-железнодорожники повели агитацию за то, чтобы прекратить работу. Добиться этого не удалось. Ярославский комитет послал туда Николая Подвойского.

«После окончания работы у входа в мастерские, — вспоминал потом участник событий рабочий Залетов, — удалось собрать митинг. На трибуне появился Подвойский. Его страстный призыв к борьбе привлек внимание всех рабочих. Он говорил просто, доходчиво. В это время раздался крик «Жандармы идут!». Произошло замешательство, кое-кто незаметно пытался уйти, но Подвойский продолжал свою речь…

Рабочие тесным кольцом окружили его, и жандармам пришлось убраться восвояси. Собрание продолжалось. К 7 часам вечера вся станция бастовала. На митинге у вокзала в присутствии нескольких тысяч человек вновь выступил Николай Ильич».

В дни стачки лицейский малороссийский хор выступал почти ежедневно — на собраниях, на митингах, происходивших как в лицее, так и вне его. В жандармерию одно за одним поступали донесения об этих концертах — 11, 13, 15 октября. Жандармский ротмистр Немчинов 11 октября в рапорте начальнику губернского жандармского управления писал: «По имеющимся агентурным сведениям в среду 12 октября вечером в здании Демидовского юридического лицея состоится нелегальный концерт с участием студенческого хора под управлением известного агентуре студента лицея Николая Ильича Подвойского и посторонних лиц. Концерт будет платным, причем сбор поступит в революционный фонд социал-демократической рабочей партии. Докладывая об изложенном, присовокупляю то, что ввиду ожидаемого в этот день в лицее скопления значительного количества неблагонадежных и крайне революционно настроенных, под влиянием последних московских событий, элементов, концерт, по всей вероятности, закончится политической демонстрацией, которая может быть перенесена на улицу».

Ротмистр доносил верно: концерт действительно состоялся. Было собрано для партии 400 рублей. Хор исполнил «Красное знамя», «Я нашел, нашел, кто виновник наших зол», «Смело, друзья…» и другие песни. В заключение концерта все присутствовавшие встали и вместе с хором спели «Варшавянку». Но ротмистр в своем докладе кое в чем ошибся: хором в тот вечер управлял не Подвойский, а его помощник Ф. Шешковский, ибо Николай в октябре был целиком поглощен революционной работой на фабриках. Ротмистр, правда, был недалек от истины, потому что действительным руководителем и вдохновителем хора являлся Подвойский — состав хора, его идейный настрой, репертуар формировались именно им.

…Досье на Подвойского в охранке разрасталось, пополнялось все новыми документами. 14 октября Николай без предъявления обвинения был арестован и водворен в одиночку ярославской тюрьмы, которая была известна под названием «Коровники». Для него арест в общем-то не был неожиданностью. Почти все его товарищи побывали уже за решеткой. Он чувствовал, что и его арест, несмотря на тщательную конспирацию, назревает. Ведь Николай в Ярославле продержался на свободе 4 года и 4 месяца — это немало, если учесть то, сколько им было сделано.

…И вот впервые — камера. У него возникло такое ощущение, будто он на бегу споткнулся — так интенсивно он жил в последние месяцы. И теперь вроде бы даже удивился, получив наконец возможность собраться с мыслями, подвести какие-то итоги. Прежде всего, решил Николай, надо попытаться вспомнить, понять, где же он допустил промах, просчитать возможные обвинения, подготовиться к ответам. Но ни вспомнить, ни просчитать он так и не успел, потому что, когда захлопнулась дверь камеры и умолкли шаги надзирателя, он сел на грубый табурет, прислонился спиной и затылком к стене, прикрыл глаза и, вместо того чтобы думать… уснул.

А в это время, в тот же день, по предложению B. Р. Менжинского, Н. Н. Плаксина, Н. Зезюлипского комитет РСДРП созвал общегородской митинг рабочих, студентов, прогрессивной интеллигенции. Поводом для митинга послужил его арест. Атмосфера на митинге была накаленной. Ораторы обличали самодержавие, произвол полиции, возмущались арестом Подвойского, призывали к борьбе за его освобождение. В конце митинга с особым подъемом выступил лицейский хор, еще более подлив масла в огонь. Митинг принял категорическое требование «немедленного освобождения студента Подвойского». На следующий день такое же решение приняла студенческая сходка лицеистов, созванная Н. Зезюлинским, C. Даниловым, Ф. Шешковским и другими активистами студкома. Начальник жандармского управления получил агентурные сведения о том, что студенты обсуждали вопрос о насильственном освобождении Подвойского.

Взвесив все, власти посчитали благоразумным удовлетворить требования общественности, хотя Николай Подвойский числился в охранке в «Списке выдающихся руководителей местных преступных организаций». 16 октября Николай Подвойский неожиданно для пего без допросов был освобожден.

Когда друзья рассказали ему, сколько людей выступило в его защиту, он был поражен, растроган и удивлен. Чье сердце не дрогнет при мысли о том, что его судьба волнует сотни людей, что он нужен людям? У эмоционального Николая комок подкатил к горлу. Он был счастлив. Вечером того же дня Николай Подвойский произнес на студенческой сходке, может быть, самую зажигательную речь за всю свою двадцатипятилетнюю жизнь.