Походы Гетмана и Шереметьева сопровождались большими успехами. Они за одно лето овладели четырнадцатью турецкими городами, их войска с жителями и начальниками взяли в плен и разослали по городам Малороссии для заключения в тюрьмы. Города Кизыкермен и Кинбурн были полностью разрушены и превращены в пустыню, а на острове Тамань крепость с земляным валом укрепили и оставили в ней свой гарнизон, составленный из казаков малороссийских и запорожских. Царь в то лето Азов захватить не смог из-за предательства одного артиллерийского офицера, иностранца, Якова Янсона, который, заклепав все осадные пушки, перебежал к врагу в Азов. Но не меньше и потому, что царь имел у себя недостаточно кораблей и город ими с моря взять в осаду не мог, а турки, наоборот, имея достаточную флотилию, подавали городу всяческую помощь, и не только продуктами, но и свежими войсками. Поэтому царь, оставив в одной только занятой каланче достаточный гарнизон, отправился сам в Москву, чтобы дать распоряжение для следующей кампании.
Подготовка ко второму походу на Азов и распоряжение по его организации будут навеки запечатлены в русской истории. За почти 10 месяцев на реках, которые впадают в Дон, а он в Азовское море, построена была такая флотилия, которая и в старых приморских государствах веками только строилась. Неожиданно Азовское море покрыли военные корабли, галеры, бригантины, галиоты и другие морские суда, и их насчитывалось до 700 в той стране, где о мореходстве ранее не слышали. Эти многочисленные суда были построены за счет нагрузки на богатых помещиков и граждан, в этом принимали участие и монастыри наравне с другими. Мастеров выписали из иностранных морских государств, больше всего из Голландии.
Поход на Азов начался весной 1696 года. В состав Российской армии вступили и войска Малороссии числом 15 тысяч человек. Командовал ими Наказной гетман, назначенный Мазепой, черниговский полковник Яков Лизогуб и полковники: Гадяцкий – Борухович; Прилуцкий – Горленко; Лубенский – Свечка; охочекомонные – Федорин и Кожуховский. Сам гетман Мазепа со всем остальным малороссийским войском командовал корпусом в крымских степях, наблюдая, чтобы крымский хан со своими ордами не совершил нападения с тыла армиям под Азовом, и немало таких намерений татар он отразил с успехом.
Войска под командованием Лизогуба с их обозами и артиллерией по приказу царя были направлены за Азов со стороны кубанской, чтобы пресечь соединение с городом кубанским ордам. Постоянное внимание тех войск во многом помогало войскам, что взяли в осаду Азов, а осажденных сильно стесняло. Кубанские татары не переставали нападать на табор казацкий, укрепленный обозами, артиллерией и шанцевым батареями, но казаки каждый раз их отбивали и били с желаемым успехом. Во время тех татарских нападений турки каждый раз стремились им помочь вылазками из города, но подвергались равной с ними судьбе, и гнали их казаки назад до города с большими потерями в людях убитых или взятых в плен. Последнюю такую вылазку турки устроили 17 июля, казаки, отбив их от табора, загнали в город и захватили городской болверк (каменное инженерное гидротехническое сооружение) с четырьмя на нем большими пушками, с которого, укрепившись и добавив еще 9 пушек своих, устроили по городу сильную пальбу, которая продолжалась непрерывно целые сутки. В это же время армия из поднятых над городским валом траншейных батарей вела по городу еще более мощную стрельбу, и была она туркам очень чувствительной и губительной. Поэтому они 18 июля выставили на батарее белый флаг и попросили мира, который им был дарован, а город 19 июля по приказу царя занял боярин и воевода Алексей Шеин.
Царь, возвращаясь из того похода, пригласил из крымских степей в город Рыбное гетмана Мазепу, поблагодарил его за военные успехи и поехал в Москву праздновать победу. После этого, продолжая военные действия против турок и татар, царь повелел гетману Мазепе и князю Якову Долгорукому прикрывать своими войсками завоеванные города и территории и пробовать завоевать новые, особенно постараться захватить Очаков. Сам же Петр Алексеевич со своим посольством выехал в чужие края, чтобы заключить новые союзы и приметить все что есть там лучшего, а потом внедрить в своей державе.
Гетман и князь Долгорукий в 1697 году, отправившись с войсками по суше и судами по воде, перехватили возле Днепровского лимана турецкого Ислам-пашу, которого направил Великий визирь на захват разрушенного русскими города Кизыкермена. Сам визирь, разъезжая с большим флотом по Черному морю, пробовал отобрать у русских крепость на острове Тамань. Гетман, разбив Ислам-пашу с его войсками и флотом, прогнал его от Кизыкермена и занял город, оставив в нем свой гарнизон с артиллерией. Но когда после этого направлялись в Тамань с намерением укрепить тамошний гарнизон, увидели, что они будут не в состоянии своей легкой флотилией пересилить флот визиря и осадить Очаков с моря. Поэтому, проведя несколько боев с передовыми кораблями визиря и укрепивши таманскую крепость войском и продовольствием, вернулись на зимовку в свои границы.
Визирь, когда отступили русские войска, не переставал нападать на крепость. Он делал возле нее высадки, рыл подкопы, кидал в крепость бомбы и гранаты, но все было напрасным. Осажденные, отбивая атаки турок, частыми своими вылазками наносили им большие потери и все их намерения сводили на нет. Поэтому, разуверившись в возможности захватить крепость силой, визирь прибегнул к хитрости, пообещав большие тысячи командирам гарнизона, а всем воинам до 6 левов своих денег с тем условием, что он их отведет к русским границам со всем багажом и амуницией, уверяя при том, что гетман их покинул специально, чтобы их уничтожили и не открылось то, что и сам гетман взял у него большие подарки за отступление от крепости. Войска малороссийские с презрением отказали визирю в его подкупах и обещаниях и провозгласили торжественно, что они имеют свою честь и совесть, даже если бы у всех гетманов и визирей ее вообще не было, и что построенные на их русской земле вражеские города, их кровью завоеванные, не иначе как такой же самой ценой могут уступить. Визирь, посрамленный в неудачах соблазнить войска малороссийские, был вынужден отойти от крепостей и оставить их в покое.
В 1698 году под городом Кизыкерменом и крепостью Тамани происходили подобные сцены. Турки с воды, а татары со степей окружили их с самой весны и совершали на них атаки, но гетман Мазепа и князь Долгорукий со своими войсками и флотилией, торопясь на помощь, разбили врага во всех его пунктах и заставили отступить. Укрепив гарнизоны свежими войсками и запасами, русские войска целое лето прикрывали крепости и совершали свои атаки на город Очаков. Но поскольку российская флотилия оставалась все еще слабой против турецкого флота, который находился возле Очакова, то все военные действия той кампании заключались в наездах с обеих сторон и перестрелках. При этом всегда верх брали русские, захватив в плен 715 турок и татар, 9 пушек и 11 знамен, с большим числом лошадей и татарского скота, и с этим вернулись поздней осенью в свои границы, обеспечив при отходе крепости всем необходимым. Кроме того, выставили возле пограничной Самарской крепости особый корпус из отборной малороссийской конницы, которая делала разъезды свои до Кизыкермена, разведывая там обстановку.
Тем временем царь вернулся из своего путешествия по чужим краям, призвал к себе в Воронеж гетмана Мазепу, одарил его богатыми подарками в благодарность за военные подвиги. Война с турками закончилось в 1699 году, и мир с ними подписан для России на 30 лет, а с императором Леопольдом – на 20 лет. Трактат мирных условий подписан 26 января 1699 года в Карловицах, в соответствии с которым турки уступили императору часть Венгрии, Трансильвании и Славонии по реку Саву, а России отошел город Азов с его окрестностями. Другие же турецкие города и укрепления, которые были захвачены Россией, договорились срыть и полностью уничтожить. После этого российские гарнизоны, выступая из тех укреплений, срыли и подорвали их до основания.
Войска Малороссии, собравшись из походов и гарнизонов к своим очагам, получили секретный приказ готовиться к новым походам против шведов, с которыми царь намеревался воевать в том числе и по той причине, что его Величество оскорбили шведы в ходе последнего заграничного путешествия Петра. Войска те должны были не только готовиться к войне, но и бороться с голодом и дороговизной, которые случились тогда в Малороссии в связи с два года подряд неурожаем хлеба из-за сильной жары и длительной засухи, отчего и рогатого скота тогда много погибло.
Война со Швецией началась в начале 1701 года с осады российскими войсками городом Нарвы; в ней участвовали и войска Малороссии числом до 7 тысяч под командованием Наказного гетмана, стольника и полковника нежинского Обидовского и полковника полтавского Искры. Российская армия, состоящая из 80 тысяч, взяла в осаду Нарву по всем правилам военного искусства, отрыла траншеи и возвела все необходимые укрепления, и в начале осады имела достаточный успех. Однако король Швеции Карл XII, который успел подойти на помощь с 20-тысячной своей армией, перечеркнул все успехи русских и это войско обезоружил. Битва, которая тогда состоялась, вовсе не заслуживает подобного названия, на самом деле считали ее с первых же дней каким-то магическим искусством, проклята тогда же олонецким духовенством. Потом справедливо признана была за беспримерную ошибку военного начальства.
Король шведский сколько ни нападал на русские войска днем, но успеха не имел и с потерями отступал. Но когда россияне в темноте ночной разожгли большие костры в таборе своем и в траншеях, надеясь увидеть с их помощью приближение врага, то шведы, подойдя в темноте к табору и траншеям российским, откуда, естественно, ничего видно не было, разведали в них все важные пункты, огнями освещенные, и начали обстреливать пороховые склады и запасы гранатами и бомбами, а войско, которое сгрудилось в группы, расстреляли пушечными ядрами и картечью. Войска, видя свои огромные потери, но не понимая, от кого обороняться, и будучи пораженными ужасом от взрывов пороховых складов и запасов, бросились во все стороны, сами не зная куда и попадали в руки шведам без всякой обороны. В плен взяли только урядников, а остатки войск распустили по домам. Обозы со всеми запасами и амуницией достались добычей победителям.
Король шведский после освобождения Нарвы пошел с армией на Курляндию и там, разбив польские и саксонские войска, вступил через Литву в Польшу. Войска Малороссии, которые вступили с самим гетманом в город Псков, чтобы прикрывать от шведов границы России, были отданы под команду Наказного гетмана, полковника миргородского Данила Апостола, и их насчитывалось до 20 тысяч. Другой корпус числом 7 тысяч человек под командованием полковника гадяцкого Боруховича соединился с корпусом князя Репнина, а сам гетман с 10 тысячами войска вступил в польскую Беларусь и следил за движением поляков, противников королевской партии, в окрестностях города Могилева. Военные действия тех корпусов на протяжении кампании заключались в том, что боярин Михаил Шереметьев с Наказным гетманом Апостолом ходили под город Юрьев (Ревель). Войска шведские, которые прикрывали этот город, они разбили и загнали в город. При этом был убит полковник охочекомонных Пашковский, а со шведской стороны, кроме убитых, взято в плен 70 солдат, два офицера, захвачена одна чугунная пушка и деревянный барабан. Князь Репнин с полковником Боруховичем подходили к городу Риге и имели много перестрелок с конницей шведской, но в главную битву с корпусом шведским, который стоял под Ригой, вступить не отважились.
Войска Малороссии в 1702 году, как и раньше, отдельными корпусами со своими начальниками находились в армиях боярина Шереметьева и князя Репнина и активно помогали им в расправах над врагом в его же провинциях Лифляндской и Курляндской и в обороне своих границ. Отдельный корпус главной армии гетмана, которая прикрывала от Польши границы Малороссии, был отправлен под командованием стародубского полковника Михаила Миклашевского к польскому городу Быхову, где собрался корпус польских войск, сторонников шведского короля, которые противостояли польскому королю Августу. Миклашевский, объединившись с польским войском короля Августа, которое было под командованием рейментара (полковника) Халецкого, разбил противника и загнал их начальника Бельциневича в город Быхов. Потом, взяв его штурмом и пленив Бельциневича с другими урядниками, отправил их гетману в Батурин. Но когда сам Миклашевский возвращался с войском своим к границам Малороссии, то урядники и шляхетство литовское, которая было в союзе с Россией, подали прошение гетману об опасности, угрожающей им от отрядов шведских, которые делали набеги из Польши и Курляндии на их селения. Поэтому гетман повелел Миклашевскому остаться в Литве и расправляться с тамошними врагами.
Король шведский, рассердившись до ожесточения на короля польского Августа за то, что он начал против него войну и подговорил к ней российского царя и короля датского, совершил с Августом то, как еще в варварские времена поступали со своими побежденными древние римляне, Александр Македонский, Тамерлан и другие победители. Он, разбив во многих местах польские и саксонские войска, выгнал Августа из Польши и в 1704 году, лишив его королевского достоинства, заставил польских урядников вместо него избрать себе за короля воеводу Станислава Лещинского, который был у шведского короля депутатом от Речи Посполитой. Во время тех перемен шведские войска, будучи без дела, разгуливали по Польше, собирая себе добычу, грабя монастыри и церкви, особенно русские. Они, с другими церковными ценностями, обдирали иконы, отнимали потиры и другую утварь, не оставляя ничего, что имело хотя бы какую-то ценность.
Гетман Мазепа со своей армией, которая состояла из 30 тысяч человек, прикрывая русские границы от нападения шведов, двигался целый год вдоль речек Припяти и Любары, а остальные малороссийские войска были соединены с армиями российскими и действовали против шведов в Курляндии, Лифляндии и Литве. Гетман Мазепа, продолжая с армией прикрывать границы и меняя свое движение в зависимости от движения врага, в 1705 году получил приказ от царя вступить в границы польские со стороны Галичины. Войдя в Польшу и разместившись под городом Замостье, он отправил сильный корпус казацкий под командованием полковников черниговского Полуботка, гадяцкого Боруховича и охочекомонного Танского в пограничное с Цесарией Спешское воеводство, где собранный польский корпус, поддерживающий нового короля, был ими разбит наголову, а спешского воеводу убили.
Гетман, не выходя из Польши, разместил свои войска на зимние квартиры в Галичине, а свой штаб – в городе Броды. Из этого города зимой он с легким корпусом приходил в Минск, посещая при этом и город Слуцк, как будто бы для совета с польскими вельможами о способах дальнейшего введения войны со шведами с лучшими, чем ранее, успехами. Вернувшись в Броды, гетман привел с собою несколько сотен польских добровольцев, как будто бы сторонников предыдущего короля Августа и за это преследуемых пособниками нынешнего короля Лещинского, и разместил их по своим полкам гвардейским, т. е. в пеших сердюцких и в конном охочекомонном.
Те походы на Польшу были для Мазепы и большим камнем преткновения, и искушением, именно в них он заложил погибель свою и многих невинных людей, им обманутых. Близкое расстояние между шведскими и малороссийскими войсками, которые квартировали в Польше, дали гетману возможность тайно увидеться с королем шведским и обговорить с ним замысел отстать от русского царя и поддаться его врагу. И это происходило настолько тайно, что аж до дня предательства никто в эту тайну проникнуть не мог. Мерзкий замысел тот был порожден злобой за обиду, которая ему была нанесена. Говорят, что однажды, когда Мазепа был на банкете с царем у князя Меншикова, то он возражал в разговоре Петру, и тогда царь ударил Мазепу по щеке. И хотя вскоре помирился с ним царь, но Мазепа затаил злобу, которая глубоко проникла в его сердце. Некоторые из присутствующих при этом бояр, тоже злобно настроенных против царя за перемены в государстве, а больше всего из-за своих родственников, которые погибли в бунтах, считали за удачу и божественный дар отомстить царю и укрепили Мазепу в его смелом намерении, обещая свою помощь. Вольтер, который рассказывает об этом случае в своей «Шведский истории», свидетельствует об этом так: «Государь, угощая Мазепу за своим столом, предложил ему завести у себя в Малороссии регулярные войска и ввести налоги и таможенные пошлины, как в России. И когда Мазепа ответил, что такому воинственному и приграничному народу, каким является народ Малороссии, того внезапно сделать невозможно, разве что постепенно, то государь, рассердившись за это на Мазепу, отругал его, схватил за усы и грозил лишить его гетманства». Оба эти рассказа, сложенные вместе, приводят к одному и тому же: Мазепа имел коварный замысел, причиной которого была его злоба и месть, но никак не национальные интересы, которые, естественно, в таком случае должны были бы подвигнуть войска и народ на его поддержку. Но вместо этого народ всячески уничтожал шведов, как своих врагов, которые пришли без приглашения на его земли. Он уничтожил их почти наполовину, когда они проходили через незнакомые леса и дороги и беззаботно квартировались, как у своих союзников.
Мазепа, тем временем расчищая себе путь, на который направляла его излишняя отвага и чрезмерная злоба, к неизбежному провалу, отстранял от себя всех подозрительных ему людей, не способных поддержать в его замыслах, а некоторым из них искал и самой смерти. Именно поэтому в 1706 году отправил несвоевременно и вопреки всем военным правилам стольника и стародубского полковника Михайла Миклашевского с его полком к литовскому городу Несвиж. А полковника переяславского Мировича – против других Мировичей, родственников гетмана, а значит, и против самого Мазепы, – отправил с полком его к польскому городу Ляховичи, повелев им сражаться с целыми корпусами шведов и поляков, не допуская их соединения между собой. Оба те полковника со многими урядниками и их полками мазепиным предательством уничтожены. Миклашевский, сражаясь с врагом под Несвижем и не в состоянии преодолеть многочисленности вражеской армии, пробился сквозь неприятеля к несвиженскому замку и там отбивался пять дней, но наконец, обессилев от вражеских атак, был изрублен со всем полком. А Мирович, будучи окруженным под Ляховичами, после долгой обороны попал в плен со многими урядниками и известными казаками и отправлен в столицу Швеции Стокгольм, где и умер.
Царь Петр Алексеевич 1 июля 1707 года, прибыв в Чернигов, отправился оттуда рекою Десной на судах в Киев и вместе с гетманом Мазепой 17 августа заложил крепость, названную Печерской, и по тому случаю салютовали стрельбой из мушкетов и пушек. От присутствующих при этом многих малороссийских урядников был подан государю донос Генерального судьи Кочубея и полтавского полковника Искры о задуманном предательстве гетманом, который склоняется к королю шведскому. Царь велел проверить донос и для этого назначил особую комиссию во главе с вельможей Шафировым. Следствие продолжалось несколько месяцев, доказательство и справки были рассмотрены со всей строгостью и опытом, но ничего на гетмана подозрительного найти не удалось. Все доказательства заключались в слухах от ненадежных людей, которые при очных ставках все отрицали, в том числе и разговор гетмана о союзе со шведским королем. После завершения следствия комиссия вынесла приговор, по которому доносителей засудили к смертной казни за безосновательное унижение гетмана таким большим преступлением. Царь утвердил тот приговор и выслал осужденных на казнь гетману. Но тот, по своему природному лицемерию, отказался удовлетворить свою собственную претензию, а передал виновных на волю царя, как государственных преступников. Петр велел экзекуцию над ними провести комиссии, которая их осудила. После этого им отрубили головы в селе Борщаговка под Белой Церковью на глазах войска, которое стояло там табором. Тяжкое преступление Мазепы, скрытое непроглядной тайной, и легкие на него доказательства, так неудачно составленные Кочубеем и Искрою, свидетельствовали о мудрости первого и искренней простоте других, но народная молва уверяла, что они так поспешно и неудачно поступили, будучи движимыми ревностью относительно жены Искры, которая имела подозрительные отношения с гетманом.