В ноябре 1918 года, находясь в Киеве, возглавил Северную армию, на что был благословлен Св. Патриархом Тихоном (патриаршие дары – шейная иконка Державной Богоматери и просфора – были доставлены в Киев епископом Нестором Камчатским). Помимо него, патриаршего благословения удостоился только адмирал Колчак.

Выехать в Псков, где находился штаб Северной белой армии, так и не успел. При известии о подходе сил Петлюры к Киеву и разгроме ими офицерской дружины Святополк-Мирского, гетман Павел Скоропадский назначил Келлера командующим Украинской армией.

Ему удалось организовать оборону города и нанести болезненные удары Петлюре. Однако генерал начал предъявлять претензии на диктаторскую власть, совершенно не считаясь с гетманом.

26 ноября, выступая на похоронах убитых петлюровцами офицеров дружины генерала Кирпичёва, Келлер ультимативно потребовал передачи ему, как главнокомандующему, всей полноты власти (в том числе и над Советом министров). Министры иностранных дел и юстиции, по поручению правительства, заявили Келлеру, что он «неправильно понимает существо своей власти». Келлеру было также поставлено в вину то, что в своих воззваниях он «говорит об единой России, игнорируя вовсе Украинскую державу». После этого инцидента командующим вновь стал генерал Александр Долгоруков, бывший на этом посту до Келлера. Последний был назначен его помощником без определённых обязанностей.

Во время взятия Киева 14 декабря 1918 года Келлер собрал вокруг себя отряд в 30 офицеров и юнкеров. Он встретил наступавших на Крещатике и отбросил их, но, видя безнадёжность сопротивления, отступил со своим отрядом в Михайловский монастырь, где приказал своим подчинённым снять погоны и скрыться, сам же остался ждать своей участи.

К Келлеру явился германский полковник Купфер, который предложил ему укрыться в германской комендатуре. Келлер сначала отказывался, но потом, под давлением окружения, дал согласие: «почти насильно» его повели к воротам монастыря, за которыми ждал автомобиль. Но когда уже у ворот немцы предложили ему сдать личное оружие (в том числе пожалованную ему лично царём Георгиевскую шашку), снять погоны и накинуть поверх его одежды немецкую офицерскую шинель, граф вспылил и вернулся к себе со словами: «Если вы меня хотите одеть совершенно немцем, то я никуда не пойду».

Отказался он и от предложения монахов воспользоваться подземным ходом. Келлер был арестован петлюровцами. Отобранное у него георгиевское оружие было преподнесено в дар Симону Петлюре. Опоясанный этой шашкой, атаман и въезжал в занятую его войсками украинскую столицу.

21 декабря генерал и оба его адъютанта были убиты конвоем при переводе в тюрьму у памятника Богдану Хмельницкому на Софийской площади, якобы при попытке к бегству. По воспоминаниям киевлян, на этом месте до самой весны оставалась лужа крови…

Тела убитых были найдены епископом Нестором Камчатским в морге Анатомического театра на Фундуклеевской и похоронены под чужими именами в Покровском монастыре в Киеве. Могилы не сохранились.

Булгаков мог быть знаком с Келлером во время работы в Каменец-Подольском военном госпитале.

Это основной прототип полковника Феликса Най-Турса: тот тоже отличался огромным ростом («длинное тело» в сцене в морге; Келлер был двухметрового роста, что хорошо видно на фото), картавил, хромал, был гусаром, пытался организовать оборону и, поняв её бесперспективность, дал скрыться своим бойцам. Другими прототипами были уланский офицер и белогвардеец Николай Шинкаренко (сумел эвакуироваться и стал в эмиграции писателем) и полковник лейб-гвардии Гусарского полка, сиамский принц Най-Пум.

Частично образ Келлера нашел отражение в образе полковника Малышева, командовавшего в «Белой гвардии» мортирным дивизионом. Кстати, сцена с Малышевым – совершенно автобиографическая, единственно, что доктор Булгаков, в отличие от доктора Турбина, добрался до дому без приключений. Но сами приключения, скорее всего, вымысел только частичный – Булгаков явно пользовался историей, рассказанной ему кем-то из знакомых. В какой-то степени это могла быть история его брата Николая, попавшего в плен к петлюровцам и бежавшего из импровизированной тюрьмы в здании Педагогического музея (сейчас – Дом учителя).

В пьесе черты Келлера присутствуют в образе полковника Алексея Турбина, погибшего в бою с петлюровцами (образ полковника Турбина Булгаков собрал из элементов образов доктора Турбина, Малышева и Най-Турса).

Сцена с попыткой спасения Келлера немцами использована при описании бегства гетмана. Только она описана как удачная (подробности эвакуации из Киева реального Скоропадского не были столь театральными).