РПЦ уделяла много внимания и развитию отношений с католической церковью.
В 2000-м г., в то время как Католическая Церковь публикует известную декларацию Dominus Iesus, Архиерейский собор Русской Православной Церкви принимает документ, озаглавленный: «Основные принципы отношения Русской Православной Церкви к инославию». Оба документа, вышедшие в августе, являются достаточно значимыми, так как выражают желание двух церквей прояснить, на пороге нового тысячелетия в истории христианства и после нескольких десятилетий участия в межхристианском диалоге, свое отношение к другим церквям и христианским общинам.
С 2000 по 2005 годы православно-католический богословский диалог как таковой был фактически прерван по инициативе Поместных Православных Церквей, которые не видели ни смысла, ни возможности продолжать дискуссии по богословским вопросам прежде разрешения практических вопросов, связанных с возрождением Восточных Католических (униатских) Церквей в Восточной Европе и практикой католического прозелитизма на традиционно православных территориях.
Ситуация изменилась с избранием на папский престол в апреле 2005 года Йозефа Ратцингера (Бенедикта XVI).
Отношения между Римско-Католической и Русской Православной Церквами на канонической территории Московского Патриархата осложнялись ситуацией, которая складывалась на постсоветской территории. У Московского Патриархата вызывала озабоченность политика Греко-Католической Церкви на Украине и отдельные случаи католического прозелитизма в России. Греко-католические миссионерские амбиции нашли свое красноречивое выражение в 2005 году, когда глава Украинской Греко-Католической Церкви перенес свою резиденцию из Львова в Киев, древний центр русского Православия, и поменял свой титул с архиепископа Львовско-Галичского на Киево-Галичский. Кроме того, предстоятели этой церкви давно добиваются от Ватикана признания за ними патриаршего титула, тем самым желая расширить чисто региональный статус своей церкви до общенационального уровня.
Положительные сдвиги в решении проблем униатизма на Украине и прозелитизма в России всегда рассматривались Священноначалием Русской православной церкви в качестве необходимого условия для того, чтобы давно ожидаемая встреча между патриархом и папой стала возможной. Бенедикт XVI подчеркивал важность замены противостояния со стороны церкви на релятивизм в вопросах истины и морали. Отношения церквей стали характеризоваться тесным сотрудничеством, нашедшим свое конкретное выражение в совместном действии на площадке таких международных организаций, как ООН, Совет Европы, Организация по безопасности и сотрудничеству в Европе (ОБСЕ) и других, а также на совместно организованных форумах и конференциях, посвященных актуальным проблемам современности.
В связи со значительным улучшением отношений между нашими церквями, Священноначалие Русской православной церкви приветствовало решение установить полноценные дипломатические отношения между Святым Престолом и Российской Федерацией, о котором было объявлено 3 декабря 2009 года на встрече Президента РФ Д. Медведева и папы Римского Бенедикта XVI (А.Дикарев. «Современное состояние отношений между Русской Православной и Римско-Католической Церквами». Доклад на международной научно-практической конференции «Русская цивилизация и Ватикан: неизбежен ли конфликт?» 14.02.2010. Доктор миссиологии // ruskline.ru / analitika / 2010 /02/15/sovremennoe-sostoyanie-otnoshenij-mezhdu-russkoj-pravoslavnoj-i-rimskokatolicheskoj-cerkvami-oficialnyj-vzglyad/).
12.02.2016 года в здании международного аэропорта имени Хосе Марти столицы Кубы – Гаваны состоялась долгожданная встреча патриарха Московского и всея Руси Кирилла и папы римского Франциска, которая длилась более двух часов. Патриарх и папа обсудили ряд важных проблем, затронув гонения христиан на Ближнем Востоке, военно-политическое противостояние и религиозный раскол на Украине, кризис семьи в современном обществе. Также главы церквей говорили о будущем христиан, дальнейшем развитии сотрудничества РПЦ и католической церкви, возможных совместных проектах, в частности, об обмене паломниками.
Одновременно состоялся обмен подарками: патриарх подарил папе список Казанской иконы Божией Матери и свою книгу «Свобода и ответственность» на испанском языке, Франциск в свою очередь преподнёс в дар Кириллу частицу мощей святителя Кирилла и чашу для причастия (Как проходила первая в истории встреча патриарха Московского и всея Руси и папы римского. ТАСС (12.02.2016).
По итогам встречи патриарх и папа торжественно подписали совместную декларацию, состоящую из 30 пунктов (Встреча тысячелетия: патриарх и понтифик встали на защиту христиан. РИА Новости (12.02.2016).
Пресс-секретарь президента России Дмитрий Песков назвал встречу Кирилла и Франциска обоюдным шагом навстречу России и Запада (Интерфакс. 8.02.2016).
Как после встречи в Гаване написал журналист Сергей Чапнин: «Патриарх показал своему епископату, что он готов пренебрегать церковным уставом… В результате модель церковного управления в РПЦ стремительно мутирует в сторону архаичной версии папизма. Патриарх единолично принимает ключевые решения, а голос епископата (Синода и собора) – это всего-навсего декоративное оформление патриаршей воли». Однако, как отметил Сергей Чапнин: «Волна жёсткой критики, которая обрушилась на патриарха с их стороны, оказалась для него большой неожиданностью. Тезисы были довольно простые: «встреча с папой – это предательство православия», «встреча с еретиком – это измена Святой церкви» (Сергей Чапнин/статьи/Случайная встреча в Гаване. Зачем патриарх обнимался с папой римским?).
Русской православной церкви «братские отношения» с католиками-латинянами, при не слишком строгом соблюдении традиционных канонов православия, оказалось устанавливать легче (а скорее, выгоднее), чем с русскими-староверами.
Как известно, Крым присоединился к России 16.03.2014 г. Казалось бы, что этому больше всех должна была радоваться Русская православная церковь. Ведь оттуда с крещения Владимира Мономоха началось шествие христианства по Руси. Там находится созданный в конце I-го начале II-го века самый крупный пещерный греко-христианский монастырь – Челтер-Мармара. С именем апостола Андрея Первозванного (одного из 12-ти учеников Иисуса Христа) связывают и Свято-Георгиевский Балаклавский монастырь на мысе Фиолент, функционирующий до сих пор. В этих местах и теперь имеется множество пещер, где от преследований скрывались христиане. Именно здесь, по преданию, названный апостол совершил одно из своих чудес. А ведь именем Андрея Первозванного называлась высшая государственная награда – орден царской России и называется нынешней (кстати, непонятно, почему в светском государстве учреждается высший орден имени апостола одной из религий в многоконфессиональной стране?). Святые места, святее которых для православных христиан в России, пожалуй, больше и нет. Где, как не здесь побывать Святейшему – патриарху Русской православной церкви?
Но с начала воссоединения Крыма с Россией он до сих пор в этом святом для православных месте не побывал!
Сразу после референдума на полуострове и провозглашения независимости Крыма и Севастополя в марте 2014 года в Москве в Георгиевском зале Кремля прошел торжественный государственный прием. Владимир Путин выступил перед обеими палатами Парламента, произнес «Крымскую речь», а после подписал «Договор между Российской Федерацией и Республикой Крым о принятии в Российскую Федерацию Республики Крым и образовании в составе Российской Федерации новых субъектов».
На заседании присутствовали лидеры иудеев и мусульман России. Московскую патриархию на этом мероприятии представлял пусть и старейший митрополит – Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков), патриарший викарий, – но все же не сам патриарх.
Когда в 2017 году церковь потребовала себе более 20 зданий музея-заповедника «Херсонес Таврический» в Крыму, патриарх не высказывался на эту тему, хотя во время аналогичных споров в России: о передаче Исаакиевского собора в Петербурге и Музея Рублева в Москве – он делал заявления или даже сам письменно обращался в Росимущество. Когда директором музея-заповедника стал священник, патриарший совет по культуре дистанцировался от этого решения: заявил, что патриарх Кирилл об этом не знал и не благословлял.
Ежегодно после присоединения Крыма в июле на полуострове проводятся торжественные мероприятия, связанные с крещением Руси: Русская православная церковь подчеркивает, что первый православный князь, Владимир, крестился именно в Херсонесе. Ни разу на молебны и крестные ходы в Крыму в эти дни патриарх не приезжал: в 2014 году он служил литургию в Храме Христа Спасителя в Москве, в 2015-м выступал в Кремле (тогда отмечалось 1000-летие со дня смерти князя Владимира), в 2016-м совершил визит в Орловскую митрополию, в 2017 году провел службу в Санкт-Петербурге, в 2018 и 2019 годах возглавлял крестный ход к недавно установленному в центре Москвы памятнику упомянутому князю.
С присоединением Крыма патриарх Кирилл попал в достаточно сложную ситуацию. Ведь признание этого факта означало бы, что церковные границы привязываются к государственным. Но признай патриарх Кирилл, что границы государства и церкви – это одно и то же, РПЦ могла бы лишиться значительной части своих приходов в Украине. Согласно государственной статистике Украины, это около 12 тысяч юридических лиц по всей территории страны. Для сравнения: в самой России 17 тысяч приходов. Всего в РПЦ 35 тысяч общин (помимо России и Украины, это Беларусь, Молдова, страны СНГ, страны Европейского Союза и Юго-Восточная Азия). Получается, на Украину приходится около 40 % церковной инфраструктуры – высокая цена за Крым. (Д.Горевой. 25.09.2019 г. https://www.currenttime.tv/a/patriarch-and-crimea/30181753.htm)