Историк Ф.Е.Мельников (российский и румынский старообрядческий начётчик, писатель-апологет и историк белокриницкого согласия, 1874–1960) о последствиях этого Указа писал: «Драконовски-немилосердные статьи и их садистское исполнение навели ужас на всю русскую страну. Правительство беспощадно преследовало людей старой веры: повсюду пылали срубы и костры, сжигались сотнями и тысячами невинные жертвы – измученные христиане, вырезали людям старой веры языки за проповедь и просто за исповедание этой веры, рубили им головы, ломали ребра клещами, закапывали живыми в землю по шею, колесовали, четвертовали, выматывали жилы… Тюрьмы, ссыльные монастыри, подземелья и другие каторжные места были переполнены несчастными страдальцами за святую веру древлеправославную. Духовенство и гражданское правительство с дьявольской жестокостью истребляло своих же родных братьев – русских людей – за их верность заветам и преданиям святой Руси и Христовой Церкви. Никому не было пощады: убивали не только мужчин, но и женщин, и даже детей» (Ф.Е.Мельников. Краткая история Древлеправославной (старообрядческой) церкви. Барнаул, 1999). Рубили руки, чтобы не крестились неправильно.
Пустели города – их покидали «еретики», стремясь держаться подальше от глаз царевых прислужников. Изуверская активность царевых слуг привела к парадоксальному эффекту. Теперь старообрядцы устраивали массовые самосожжения, только завидев солдат. Это позволяло избежать пыток, принуждения сменить веру, насилия и унижения. «Возгоримся, да воспаримся на небеси, как Адамы первородные-безгрешные!» – Так говаривали они.
Боярыни Морозова и Урусова – родные сестры, не менее родовиты, чем правящий род, не пожелали отречься от старой веры. После пыток на дыбе их также планировали сжечь в срубе. Но испугавшись казни столь родовитых и влиятельных людей, решили уморить их голодом в земляных ямах.
Гонения на староверов, начавшись при Алексее, продолжились при Софье, Петре и даже при Николае Первом.
Представляет интерес высказывание о Никоне и его реформах (в соответствии с которыми существует и нынешняя РПЦ) Екатерины II:
В 1721 году Пётр I реорганизовывает Российскую православную церковь, вводя в ней синодальное правление, отменив ранее существовавшее патриаршество. РПЦ была возглавлена Священным Синодом, полностью подконтрольным императору. Для надзора над деятельностью Синода Петр учредил особую должность синодального обер-прокурора. В результате, сам император стал главой церкви, своей реорганизацией превратив ее де факто в госструктуру – фактически в одно из министерств, создав таким образом идеологическую опору самодержавия, доведя его абсолютизм до максимума.
Государство начало выделять средства на содержание церкви, признавало за церковными праздниками статус государственных. Система орденов империи была основана на именах святых, что создавало сложности при присвоении орденов лицам неправославных вероисповеданий. Сращивание РПЦ с государством проявилось и в том, что православные священники фактически получали чины в соответствии с Табелью о рангах; высшее духовенство приравнивалось к генеральским чинам.
По состоянию на 1898 год Российская православная церковь насчитывала 66 епархий, из них 64 в пределах империи, одна (Алеутская) в Америке, одна (Японская православная церковь) в Японии, 37 тысяч приходов, 720 соборных церквей, 2 тысячи церквей при общественных и государственных учреждениях, 440 монастырей мужских и 250 женских.
Согласно законодательству Российской империи, ведение метрических записей о рождении, браке и смерти было предоставлено духовенству. Существовали ограничения брака между представителями разных исповеданий, в частности, по состоянию на 1898 год запрещались браки христиан с нехристианами. До 1874 г. все дети старообрядцев считались незаконнорождёнными, так как они отказывались венчаться в церкви. С 1874 г. для старообрядцев был введен гражданский брак. Ряд ограничений были наложены на переход из одной веры в другую: христианам запрещалось переходить в нехристианскую веру, православным – выходить из православия. В 1738 году, в царствование Анны Иоанновны, отставной морской офицер Александр Возницын обратился в иудаизм, за что был сожжён по приказу императрицы. Но не иметь никакой веры совсем запрещалось (Политический отдел и финансы/Церковь). Вплоть до 17 апреля 1905 года выход из православия считался уголовным преступлением («совращение из православия» каралось каторгой до 10 лет).
Государство использовало религию для решения национально-политических задач. Так, например, после польских восстаний 1831 года и 1863 года проводилась кампания по принудительному воссоединению греко-католиков с православием (в частности, этому давлению подвергались Украинская греко-католическая церковь и Белорусская греко-католическая церковь).
Присоединенные к православию иноверцы и их потомки зачастую лишь формально числились православными. Это относилось к латышам, насильственно присоединенным к православию, а затем «отпавшим» в лютеранство, греко-католикам, «упорствующим в католицизме», крещеным татарам «отпавшим в магометанство». Но самую большую группу составляли различные сектанты (в основном, старообрядцы), отпавшие от синодального православия, но официально числившиеся православными. Законом этим лицам запрещалось открыто исповедовать свою настоящую религию. Рождения, браки и смерти этой части населения большей частью оставались не записанными в метрические книги, они не имели законной семьи (В.К.Пинкевич. П.А.Столыпин и религиозный вопрос в начале XX века).
И только с 17 апреля 1905 г., под влиянием революции, был издан Указ об укреплении начал веротерпимости. Он разрешал «отпадение» от православия в другие христианские или нехристианские исповедания. Отменили законодательные ограничения в отношении старообрядцев и сектантов. Ламаистов было воспрещено впредь официально называть идолопоклонниками и язычниками (Именной высочайший указ, данный сенату «Об укреплении начал веротерпимости» от 17.04.1905 года).
Уголовное Уложение о преступлениях религиозных, вступившее в силу 14.03.1906, относило к религиозным преступлениям «богохуление и оскорбление святыни», что определялось как «произнесение бранных слов на Бога (Святую Троицу), Богородицу Деву Марию, Бесплотные Силы и Святых Угодников; предметом оскорбления святыни признаются Святые Таинства, Священное Писание, иконы, мощи, … христианская вера» (Право России). Менее тяжким преступлением считалось кощунство, то есть неуважение к христианству и его священным предметам, «непристойные насмешки» над верой и священными предметами. Богохуление христианской веры наказывалось вплоть до каторги, если оно было совершенно в церкви. Кроме того, преступлениями считалось «воспитывание малолетних по правилам не той веры, к которой они должны принадлежать по условиям рождения», и воспрепятствование принятию православия.
Также до 1905 г. существовала практика внесудебного заключения по «высочайшему повелению» императора в монастырские тюрьмы Соловецкого и суздальского Спасо-Ефимьева монастырей по религиозным мотивам (А.С.Пругавин. Монастырские тюрьмы в борьбе с сектантством: К вопросу о веротерпимости. Москва, 1905. СУЗДАЛЬСКАЯ МОНАСТЫРСКАЯ ТЮРЬМА). В июле 1913 г. 6-й ротой 50-го Белостокского полка в монастырях горы Афон на территории Греции с применением силы были задержаны и затем вывезены в Россию свыше 600 российских монахов, бывших сторонниками имяславия, осуждённого Святейшим Синодом как ересь (Еп. Иларион (Алфеев). СВЯЩЕННАЯ ТАЙНА ЦЕРКВИ. Введение в историю и проблематику имяславских споров).
Государство использовало церковь в борьбе за самодержавный порядок, не взирая на религиозные догматы. 1.05.1722 года Синод опубликовал указ, в котором священнику предписывалось нарушать таинство исповеди. Если исповедуемый скажет, что хочет совершить преступление, «наипаче же измену или бунт на государя, или на государство, или злое умышление на честь или здравие государево и на фамилию Его величества», то священнику следовало «тайно сказать, что такой-то человек… имеет злую на государя или на прочее… мысль» (Евгений Анисимов. Русская пытка).