Однажды между Авдотьей и царем пробежала черная кошка. Произошло это вот при каких обстоятельствах.
Царь Борис Федорович очень любил Ксению и хотел найти ей выгодную партию среди зарубежных принцев. В качестве женихов для нее рассматривали и принца Густава Шведского, и германского принца Максимилиана и еще множество других высокопоставленных молодых людей. Однако все эти, казавшиеся уже окончательно устроенными, браки неизменно срывались.
Это при том, что Ксения была «отроковица чюднаго домышления, зелною красотою лепа, бела велми, ягодами румяна, червлена губами, очи имея черны великы, светлостию блистаяся; очия ее блистаху зелною; бровми союзна, телом изобилна, млечною белостию облиянна; возрастом ни высока ни ниска; власы имея черны, велики, аки трубы, по плещам лежаху. Во всех женах благочинийша и писанию книжному навычна, многим цветяше благоречием, воистину во всех своих делах чредима; гласы воспеваемыя любляше и песни духовныя любезне желаше».
Помехой успешному браку Ксении каждый раз служило нежелание женихов перебираться в Московское царство и переходить в православие. Решить проблему помог старый знакомый Авдотьи Степан Литвин. Он в это время служил дьяком в Посольском приказе.
Степан побывал в Германии и уговорил приехать в Москву принца Иоанна Шлезвиг-гольштейнского, стал учить его русскому языку. В столице Авдотья познакомила принца с отцом Иллиодором, и тот убедил его перейти в православие.
Принц был хорошо принят в семье Годуновых, и дело быстро шло к заключению брака. Однако прямо перед свадьбой принц неожиданно умирает от апоплексического удара, как тогда говорили. Признаками этого удара было сильное жжение во рту и кровотечение из носа, которое нельзя было никак остановить.
Авдотья сообразила, что принца отравили, и указала царю на сестру его жены – Екатерину Григорьевну. Накануне у них из Аптекарской избы пропал кувшин с настойкой чистотела. Проведенное следствие выявило, что кувшин за большие деньги купил слуга Екатерины Григорьевны Шуйской. Якобы, зелье потребовалось хозяйке для лечения покрывшей тело сыпи.
Царь Борис обсудил эту тему с женой – Марией Григорьевной. Та встала стеной на защиту своей сестры и убедила мужа, что это все наговоры его любимицы знахарки Авдотьи. Борис Федорович, чтобы не ссориться с женой, отстранился от своего верного лекаря.
Судьба после этого охлаждения еще дважды тесно сводила старых знакомых.
Первый раз причиной обращения царя к знахарке стало необычное природное явление. В феврале 1600 г. произошло извержение вулкана Уайнапутина в Испанском Перу. Это извержение привело к выбросу в атмосферу Земли такого количества пепла, что он полностью закрыл ее от солнца и спровоцировал начало малого ледникового периода.
Над Московским царством летом этого года десять недель подряд шли проливные дожди, а потом сразу ударили морозы. Весь урожай в стране погиб. На следующий, и еще через один год страшное ненастье повторилось.
Вот как описал эти события в своем Сказании Авраамий Палицин: «Омрачи Господь небо облаки и толико дождь пролиася, яко вси человeцы во ужасть впадошя и преста всяко дeло земли и всяко сeмя сeянное возрастши разсeдеся от безмeрных вод, лиемых от воздуха; и не обвeя вeтр травы земныя за десять седмиц дьней и прежде простертиа серпа поби мраз силный всяк труд дeл человeческих и в полeх и в садeх и в дубравах всяк плод земный, и яко от огня поядена бысть вся земля».
Начался Великий голод. Правительство бесплатно раздавало запасы продовольствия, требовало этого же от бояр, дворян и монастырей. Однако массовая гибель людей от голода продолжалась. По всей стране распространился страшный мор. Как его остановить никто не знал.
Царь Годунов сам пришел в хоромы Авдотьи и попросил дать совет, как бороться с бедой. Знахарка достала книгу «Прохладный ветроград», когда-то подаренную ей Иллиодором и прочитала соответствующую выдержку. В книжке писалось, что надо поставить кордоны и не выпускать больных за пределы городов и сел, где свирепствовал мор, жечь на кострах личные вещи умерших, чаще мыться в бане и стирать белье. Царь стал воплощать в жизнь рекомендации своего негласного санитарного советника, и распространение мора по стране быстро удалось остановить.
Второй раз Авдотья помогла царю найти человека, который спас Москву от осаждавших ее разбойников.
Бояре во время великого голода выгнали из своих вотчин большую часть холопов, чтобы сэкономить на их пропитании. Вольные грамоты при этом холопам не дали, надеясь вернуть их на службу по прошествии тяжелых времен. Лишившиеся средств к существованию боевые холопы сбились в шайки и стали грабили как бояр и дворян, так посадских и крестьян.
Одна из шаек под руководством Хлопка Криволапа, того самого, который участвовал в покушении на отчима Авдотьи, промышляла под Москвой и не давала подвести в столицу обозы с продовольствием. Было под командой Хлопка почти пять сотен человек.
Борис Годунов послал против шайки Хлопка небольшой отряд стрельцов под руководством князя Ивана Федоровича Басманова. Авдотья уговорила царя прикомандировать к князю Юрия Нечаева, который продолжал служить сотником в царском стрелецком полку.
Разбойники устроили засаду и убили беззаботно ехавшего на коне впереди отряда пеших стрельцов Басманова. Убил князя сам Криволап, выпустивший в него стрелу из самострела. Нечаев, взявший на себя командование стрельцами после смерти князя, шайку разбойников разбил, а Криволапа взял в плен и доставил в Москву.
Спустя три года после смерти принца Иоанна Шлезвиг-гольштейнского Екатерина Григорьевна Шуйская-Скуратова, унаследовавшая все негативные черты характера своего отца, решила, что настала пора возвести своего мужа Дмитрия Ивановича Шуйского на царский престол.