Будучи крестной матерью у сына князя Ивана Михайловича Воротынского – Алексея Ивановича, Екатерина Григорьевна приглашает молодого полководца стать крестным отцом младенца. На пиру по поводу крестин она подает чашу с вином Михаилу Васильевичу. От выпитого вина молодой воевода почувствовал себя плохо, во рту началось жжение, носом пошла кровь. Вскоре воевода в муках умирает.
Престарелый Григорий Прусс оставался вместе со своим воспитанником до последней минуты его жизни. После похорон молодого полководца никто уже не слышал о судьбе последнего представителя рода пруссов.
Лишившись единственного талантливого полководца в своем окружении, царь посылает сражаться с наступающими на столицу войсками короля Сигизмунда III своего брата – Дмитрия Ивановича. Однако тот позорно проигрывает полякам битву при Клушине.
В Москве после этого поражения вспыхивает народное восстание. Василия Ивановича в ходе этого восстания свергают с престола и выдают вместе с братьями полякам.
Польский король заставляет Василия Ивановича, Дмитрия Ивановича и Ивана Ивановича Шуйских поклясться ему в верности. Однако после этого все равно отправляет их всех в заключение в Гостынский замок. Вместе с братьями в заключение попадает и Екатерина Григорьевна Шуйская, про роль которой в устранении Скопнина-Шуйского все, даже поляки, догадывались. Вскоре все Шуйские умирают в Гостынском замке при невыясненных обстоятельствах.
Жена Василия Ивановича, Мария Петровна Шуйская остается в Москве, но ее насильно постригают в монахини. Под именем Елена она поступает в Вознесенский монастырь под присмотр игуменьи Леониды. По иронии судьбы арестовывает опальную царицу муж ее сестры, тоже Марии, Иван Михайлович Воротынский.
После свержения Шуйских власть в стране переходит к группе наиболее знатных бояр, так называемой Семибоярщине. Эти бояре, опасаясь народного гнева, пускают в Кремль большой отряд поляков. Среди семи бояр, захвативших власть в стране, оказывается и князь Воротынский.
Однако вскоре Иван Михайлович ссориться с другими боярами-заговорщиками и переходит на сторону патриарха Гермогена, который шлет письма русскому народу, в которых призывает стоять за православную веру и изгонять поляков из страны. Гермогена поляки за эти письма отправляют в тюрьму.
Иван Андреевич Хворостинин, вернувшийся после изгнания Шуйских из долгой ссылки, подключается к тем политическим силам, которые стояли за самостоятельное развитие русского народа. Он вновь оказывается в гуще событий.
Когда к Москве стали подходить войска нового польского претендента на престол – Лжедмитрия II, игуменья Леонида помогла Ксении Годуновой, на тот момент монахине Ольге, перебраться в Троице-Сергиев монастырь. Бежать дочери Бориса Федоровича в безопасное место поспособствовал отец Иллиодор. Вместе с ними в подмосковном монастыре укрывается Иван Андреевич Хворостинин, над которым нависает угроза ареста поляками.
В Троице-Сергиевом монастыре наши герои проводят вместе почти полтора года. Все это время монастырь выполняет роль важного опорного пункта в системе обороны Московского царства от польских интервентов.
Иван Андреевич сражается на стенах и башнях этой православной обители. Бывшая царица Ирина и Иллиодор подбадривают участников обороны, среди которых были не только стрельцы, но и монахи – выходцы из числа детей боярских, а также крестьяне из столичной округи.
Иллиодор и князь Хворостинин помогают распространять из монастыря письма патриарха Московского и всея Руси Гермогена к русскому народу.
Здесь, в Троице-Сергиевом монастыре Иллиодор написал летопись событий Московского царства. В ней был большой раздел, посвященный опричнине. Описывалась в летописи битва при Молодях, роль в ней отдельных воевод, о том, как был построен и использовался гуляй-город. Были в летописи также рассказы о судьбах многих тысяч русских пленников, которые томились в татарском плену, об их продаже в Кафе туркам, венецианцам и генуэзцам, о притеснениях султаном Селимом II православных в Османской империи и о бедственном положении Свято-Пантелеймонова монастыря на Афоне. Заканчивался труд Иллариона разделом, в котором описывались события из жизни Бориса Годунова и Василия Шуйского, и польской оккупации.
Эту, последнюю часть рукописи потом опубликовал келарь монастыря Авраамий Палицын под названием «Сказание о осаде Троицкаго Сергиева монастыря от поляков и литвы и о бывших потом в России мятежах». Сказанием этим зачитывались русские люди на протяжении следующих двух сотен лет. Раздел же рукописи посвященный истории опричнины и битве при Молодях бесследно пропал. Больше всего в сокрытии правды были заинтересованы остававшиеся у власти бояре, роль которых в событиях тех лет была крайне неприглядна.
Иван Андреевич, воодушевленный примером своего духовного наставника, тоже стал описывать события, свидетелем которых он был. Из-под его пера вышла повесть «Словеса дней, и царей, и святителей московских еже есть в России». Главным действующим лицом этой повести стал патриарх Гермоген, который не поддался угрозам поляков предать его смерти, если не призовет русских ополченцев отойти от Кремля, в котором укрылись оккупанты.
В ответ на эти угрозы поляков Гермоген отвечал:
– Что вы мне угрожает? Боюсь одного Бога. Если вы, литовские люди, пойдете из Московского государства, я благословлю русское ополчение идти от Москвы, если же останетесь здесь, я благословлю всех стоять против вас и помереть за Православную веру.
Поляки, так и не сломив дух патриарха, уморили его голодом в темнице.
Повесть князя Ивана Хворостинина о духовном подвиге Гермогена разошлась в рукописных списках по Москве и воодушевила горожан на восстание против поляков не в меньшей степени, чем сами письма патриарха. Первыми в набат ударили прихожане на звоннице храма во имя Илии Пророка, настоятелем которого был когда-то отец Иллиодор.