К сожалению, археологический материал, оставленный нам генуэзцами, при археологических раскопках встречается крайне редко. Это объясняется, прежде всего, тем, что захватившие Maпy в 1475 г. турки при своих последующих застройках полностью уничтожили остатки генуэзской крепости.
Итак, на северном берегу Черного моря появляется новый завоеватель - Османская империя. В 1475 г. она захватила генуэзские колонии на северном берегу Черного моря и подчинила себе Крымское ханство, ставшее ее вассалом до конца своего существования. Захваченной турками оказалась и Мапа. Черкесы, потерявшие в лице генуэзцев выгодных партнеров, враждебно отнеслись к новому завоевателю и захватили крепость, перебив оставленный турками малочисленный гарнизон. Поэтому в 1479 г. для наведения порядка турецкий султан Мухаммед II посылает сюда новую военную экспедицию. События эти хорошо описаны в труде «История дома Османов» турецким историком Ибн Кемалем, работавшим над ним в начале XVIв. Кстати, именно в этом документе впервые встречается настоящее название нашего города - Анапа, зародившееся в те далекие времена.
После повторного завоевания Анапы в 1479 г. турки усиливают здесь гарнизон, рассчитывая использовать крепость как плацдарм для дальнейшего покорения черкесских племен и распространения в их среде ислама. Задача эта оказалась не из легких. В 1516-1519 гг. Османская империя активизирует свои усилия в Закубанье, и недалеко от Анапы в этот период строятся новые крепости Темрюк и Кизил-Таш. Начинается длительная серия военных походов турок и крымских татар на черкесские земли, в результате чего черкесы признают свое подданство турецкому султану и крымскому хану. Однако подданство это было непрочным, и крымским ханам для укрепления своих позиций приходилось совершать все новые и новые набеги на земли черкесов.
Эвлия Челеби, турецкий географ и путешественник, посетивший Анапу в 1641 году, в своей «Книге путешествия» писал, что «страна Черкестан простирается от склонов Анапских и Обурских гор вплоть до реки Кубани». Перечисляя названия племен, живущих на этой территории, он отмечает, что на близлежащих к Анапской крепости землях обитали шегаки - черкесское племя, которое позже, в 1812 г., практически полностью вымерло от эпидемии чумы, а остатки его слились с натухайцами. Но в XV - XVIII вв. это было большое грозное племя, имевшее, как и другие черкесские племена, военный уклад жизни. Искусство обращения с оружием и ловкость черкесов удивляли современников, видевших их в бою.
Сами черкесы именовали Анапскую крепость Бугур-кале по названию реки Бугур (совр. р. Анапка), протекавшую недалеко от крепости. В XVI, XVII вв. и до 70-х гг. XVIII в. Турция, имея сильные позиции в Крыму и на Тамани, не видела необходимости в укреплении Анапы. Умиротворение черкесских племен осуществляли крымские ханы и турецкие гарнизоны Тамани и Темрюка. Эвлия Челеби сообщал, что шегаки платили туркам десятину лишь в случае принуждения их последними. Он отмечал также, что шегаки склонны к мятежам.
Для покорения племен черкесов турки прибегали к системе подкупа племенной знати. Из Порты присылались подарки, которыми одаривались черкесские князья и старейшины. Другим фактором умиротворения воинственных племен было распространение в их среде ислама. Причем принявшие эту религию освобождались от налогов и других поборов, за исключением уплаты десятины в казну. Черкесскую верхушку с турками связывало еще и то обстоятельство, что последние нуждались в большом количестве рабов. Особенной популярностью пользовались рабыни, поставляемые в многочисленные гаремы турецкой аристократии. Понятно, что «матерью родной» была для черкесских племен война, дававшая добычу и рабов, которых ждали невольничий рынок в Анапе и незавидная судьба на чужбине. Сложившиеся отношения турок с местными племенами, наличие крупной агентурной сети, внедренной в черкесскую среду, единая вера послужили причиной тому, что горские племена оказывали повсеместное противодействие экспансии России в этом регионе, совершая впоследствии постоянные вылазки и нападения на расположения русских войск.
Итак, имея сильные позиции в Крыму и Тамани, Османская империя не придавала особого значения укреплению Анапы. Построенные генуэзцами крепостные стены за триста лет пришли в негодность. Шарль Пейсонель, французский консул в Кафе в 60-х гг. XVIII в., писал, что в Анапе в это время проживало всего 100-150 жителей и охранялась она не янычарами, а местными воинами, на вооружении у которых 10-12 пушек. Управлял Анапой поставленный турками татарский мирза.
Изменения в 80-х гг. XVIII в. политической ситуации в северочерноморском регионе, выразившиеся в потере Турцией Крыма и Правобережной Кубани, заставили это государство иначе взглянуть на стратегические возможности Анапы. Перед Османской империей возникла неотложная задача укрепления своих позиций на Кавказе. Местоположение Анапы как западного форпоста на морском побережье диктовало необходимость строительства здесь мощной крепости. Реализацией этой задачи занялся комендант Суд- жукской крепости (в р-не совр. Новороссийска) Ферах Али-паша. Это был умный и дальновидный человек. В 1196 г. х. (1781-1782 гг.) он совершил путешествие к Анапе и, попав к месту впадения р. Бугур в Черное море, обнаружил на берегу бухты лишь развалины генуэзских укреплений.
Проект сооружения крепости и техническое руководство ее строительством выполнил турецкий инженер Хусейн-ага. Возведение ее укреплений было начато в 1197 г. х. (1782-1783 гг.). За короткое время была построена первоклассная по тем временам крепость, имеющая мощные стены, одиннадцать бастионов, трое ворот. За стенами был выкопан глубокий ров, за ним шел вал и палисад. Внутри крепости были построены и открыты постоялый двор для купцов (хан), четыре магазина, базар, таможня, дворец паши, зимние казармы для янычар, три мечети, три бани, библиотека, многочисленные лавки и кофейни и др., выкопано более 30 колодцев. Чтобы обеспечить хлебом и мукой количественно растущее население Анапы, пополнявшееся за счет резкого притока беженцев с Тамани и переселенцев с южного берега Черного моря, вокруг крепости были построены ветряные мельницы и разбиты огороды. Большое развитие получила торговля, в результате чего хорошие доходы имела таможня.
Укрепление Анапы турками было невыгодно России. Князь Потемкин, командовавший русскими войсками на юге, понимал, что с помощью крепостей Анапы и Суджука турки могут попытаться вернуть Крым и Тамань. Поэтому во время русско-турецкой войны 1787-1791 гг. русскими войсками были предприняты три похода, целью которых ставился захват крепости Анапы.
Первый поход состоялся в 1788 г. Руководить им было поручено генерал-аншефу Н. А. Текелли, командовавшему войсками Кавказского корпуса. Для поддержки к Анапе дополнительно были направлены донские казаки во главе с атаманом Иловайским и кубанский корпус генерала Г. В. Розена, в состав которого входили Владимирский и Нижегородский драгунские полки и несколько егерских батальонов. Поход сопровождался отражением постоянных нападений конных отрядов черкесов.
Сражение, состоявшееся 14 октября под Анапой, не дало положительного результата русским войскам. Кроме того, в ходе боя возникло несколько драматичных ситуаций. Все это послужило причиной отказа от штурма крепости. Простояв несколько дней под Анапой и разорив окрестные аулы, войска вернулись на зимние квартиры.
Второй поход состоялся в начале весны 1790 г. Возглавлял его генерал-поручик Ю. Б. Бибиков. Поход был авантюрным по своей сути, ибо решение о его проведении не согласовывалось с вышестоящим командованием, а подготовка к нему была крайне недостаточной. В походе участвовало «14 батальонов пехоты, 6 эскадронов драгун и 7 казачьих полков, а всего, по некомплекту, 7609 человек при 26 орудиях полевой артиллерии» (Веселовский Н. И, 1995, с. 25).
Без запасов продовольствия отряд Бибикова был обречен на голод, что и случилось на пути к Анапе. Первые стычки с неприятелем выявили некоторый перевес в пользу русских сил. Однако до штурма дело не дошло. Отсутствие продовольствия, штурмовых лестниц, разбушевавшиеся снежные бури вынудили отряд Бибикова возвратиться назад. За своеволие и лишения, которым были подвергнуты его подчиненные во время похода, Бибиков был отдан под суд и отправлен в отставку.
Через два месяца у турецкого гарнизона Анапы появился очередной повод для волнений. К Анапе подошла морская эскадра под командованием контр-адмирала Ф. Ф. Ушакова, ведшего корабли в Севастополь после разгрома турецкого флота под Синопом. Из-за мелководья анапской бухты корабли не смогли подойти близко к берегу, поэтому обстрел крепости и турецких кораблей, стоявших под ее стенами, результатов не дал. Однако промер бухты был сделан, что и было использовано для последующих морских экспедиций к Анапе.
Действия русских войск под Анапой заставили турок усилить гарнизон крепости и его вооружение. Возросла и активность черкесских племен, подогреваемых проповедями шейха Мансура, находящегося в то время в Анапе и призывающего к войне с неверными (т. е. с христианами).
Командующим войсками Кубанского и Кавказского корпусов в 1791 г. был назначен генерал-аншеф И. В. Гудович, который сразу же по прибытии к новому месту службы начал подготовку к походу на Анапу.
«9 мая Гудович двинулся к Анапе, имея отряд из 11 батальонов пехоты, 1900 человек егерей, 24 эскадронов кавалерии и 20 орудий. Из Кубанского корпуса на соединение с Гудовичем был отправлен ген.-м. Загряжский с 4 батальонами пехоты, 20 эскадронами драгун, 2 донскими казачьими полками и 16-ю орудиями полевой артиллерии» (Веселовский Н. И., 1995, с. 29). Позже недалеко от Анапы к Гудовичу присоединился генерал-майор Шиц, переправившийся сюда из Крыма со значительным отрядом.