Царским правительством Анапа была зачислена в разряд крепостей 2-го класса, а ее комендантом был назначен полковник Пономарев, командовавший Таманским полком. Перед ним стояла неотложная задача, заключавшаяся в восстановлении нормальной жизни в крепости и установлении мирных отношений с окружавшими черкесскими племенами, враждебно настроенными к русским. Гарнизону пришлось изрядно потрудиться, чтобы разобрать завалы зданий, разрушенных бомбардировками крепости. Пригодного жилья в ней почти не осталось, а сохранившиеся турецкие постройки были малопригодными для проживания. Определенной планировки при застройке крепости турками не соблюдалось, что характерно для восточного типа градостроительства, поэтому маленькие саманные дома сооружались хаотично, их разделяли очень узкие проходы, на которые домики эти выходили глухими стенами. Крыши домов были перекрыты камышом. Наиболее крупная мечеть подверглась перестройке, и в ней была открыта и освящена православная церковь Святых Онуфрия Великого и Петра Афонского. В качестве покровителей храма и крепости Анапы эти святые были выбраны неслучайно. Именно 12 июня, в день их памяти, была занята русскими и стала российской Анапа.
Турки не оставляли замыслов восстановления своих былых позиций на северных берегах Черного моря. По-прежнему в черкесскую среду засылались многочисленные турецкие лазутчики, подбивающие горцев на сопротивление России. По-прежнему турки на своих судах переправляли черкесам оружие и порох. Чтобы взять под свой контроль вход с моря в устья судоходных рек, на них была построена сеть укрепленных застав, которая в 1839 г. оформилась в Черноморскую береговую линию. Ее начальником был назначен генерал- майор И. Р. Анреп. Кстати, в связи с тем, что анапский гарнизон не имел своего конного отряда, И. Р. Анреп ходатайствовал перед командованием о направлении в Анапу двух сотен казаков, которые были бы очень уместны для отражения внезапных атак черкесов и их преследования.
Россия осваивала на юге свои новые территории. Необходимо было формирование государственной политики в этом регионе, включающей в себя принципы и порядок освоения, заселения и защиты этих земель. В 1836 г. по распоряжению государя сюда была направлена морская экспедиция во главе с графом М. С. Воронцовым, которому было высочайше поручено осмотреть и изучить состояние морской береговой границы. Во время поездки граф Воронцов посетил и Анапу. Экспедиция эта была проведена в целях подготовки путешествия российского императора на Кавказ, которое Николай I совершили 1837 г.
Поездка императора на Кавказ была вызвана несколькими причинами. Решения Адрианопольского мирного договора 1829 г., по которому Турция лишалась закубанских земель и северо-восточного берега Черного моря, горские народы признавать не хотели, организовав русским властям широкое сопротивление,! которое активно провоцировала и поддерживала Османская империя. Возведя ряд укреплений в Закубанье, 1 русская армия начала военные действия против черкесских племен. Так, в декабре 1830 г. поход командующего Отдельным Кавказским корпусом И. Ф. Паскевича, двинувшегося во главе отряда в земли шапсугов, стал началом Кавказской войны. Продвигаясь вглубь, русские войска возводили военные укрепления наделом ряде стратегически важных участков. Николай I ставил перед собой не только инспекторские задачи, он хотел лично изучить сложившуюся обстановку на Кавказе и поддержать боевой дух русских отрядов. Поездка имела и политический характер. Нужно было показать европейским государствам и Турции то, что регион этот имеет для России очень важное значение.
В плане поездки государя было и посещение Анапы. Надо ли говорить о том, насколько ответственно! подошли комендант крепости граф Н. Е. Цукато и вверенный ему гарнизон к подготовке к приему императора. 23 сентября в 11 часов заметив появление эскадры, приближавшей царя к Анапе, комендант дал команду артиллерийскому расчету одной из крепостных пушек салютовать государю. Сойдя на берег, Николай I, участвовал в молебне в местной церкви, осмотрел крепостные бастионы, принял парад местного гарнизона и посетил гарнизонный госпиталь. Отобедав по приглашению коменданта в его доме, император покинул Анапу. Провожавший его гарнизон был полон решимости верой и правдой служить государю по защите южных рубежей Российской империи.
В целях привлечения на свою сторону горцев в 1842 г. в Анапе был сформирован горский полуэскадрон, в состав которого входили черкесы, готовые верной службой доказать преданность Российскому государству. Это стало положительным фактором улучшения отношений власти с местным населением. Большое значение имело и основание в окрестностях Анапы станиц Николаевской, Витязевой, Суворовской и Благовещенской. В 1846 г. Анапа получила статус города, а вновь возникшие сельские населенные пункты в ее окрестностях - Закубанского поселения, и на них стало распространяться утвержденное государем «Положение о заселении и гражданском управлении северо-восточного берега Черного моря».
Военные экспедиции русских войск в глубь горских земель порождали ожесточенное сопротивление проживавших на них народов. Наиболее дальновидные представители русского командования на Кавказе: понимали, что для нормализации отношений здесь нужны мирные методы. Так, генерал Н. Н. Раевский «добивается в 1839 г. разрешения на торговлю солью с адыгами, получив при этом 20 тысяч пудов для продажи в районе прибрежной полосы по умеренной цене. Кроме того, ему было отпущено на торговые цели с горцами 20 тысяч рублей. Раевский стремится обратить укрепления Черноморской береговой линии в торговые пункты» (Трехбратов Б. А., 2000, с. 228).
В это время усиливает свое влияние на Кавказе и Англия. Турецким и английским эмиссарам удалось спровоцировать черкесов напасть на укрепления Черноморской береговой линии, которые в ходе боев были захвачены горцами. В ответ на это русскими войсками был проведен ряд карательных экспедиций. Так, в ходе их на западном участке удалось оттеснить черкесов с территории между устьем р. Кубани и Анапой.
Ситуация на Северо-Западном Кавказе обострилась еще и потому, что предводитель горского сопротивления в Дагестане и Чечне имам Шамиль в целях привлечения черкесов к объявленной им «священной войне против неверных» направляет сюда своих наибов (заместителей), которые убеждают племена абадзехов, шапсугов и натухайцев усилить военное сопротивление русским. Известие о предстоящей войне Турции с Россией поднимает боевой дух черкесских отрядов, руководимых в Закубанье наибом Шамиля Магомед-Амином. Летом 1853 г. в ожидании военных действий Турции они атакуют Гостагаевское и ряд других укреплений. 4 октября 1853 г. Османская империя объявила России войну, получившую в истории название Крымской.
После вступления в войну Англии и Франции и введения ими в Черное море своего флота ситуация осложнилась. Укрепления Черноморской береговой линии были слабыми и не могли противостоять новым противникам. Поэтому командованием русских войск было принято решение вывести из строя и оставить все береговые укрепления восточнее Новороссийска и Анапы, в которых и были сосредоточены эвакуированные части. Постоянные бомбардировки англо-французской морской эскадрой наносили серьезный урон береговым укреплениям в этом районе.
В мае 1855 г. войска союзников заняли Керчь, уничтожили русскую батарею на косе Чушка и подвели эскадру в район Темрюка. Появилась угроза окружения, и вице-адмирал Л. М. Серебряков принял решение об оставлении Анапы и Новороссийска и вывел их гарнизоны в район Андреевского поста Черноморской кордонной линии. Уходя из Анапы, русский отряд по приказу генерал-адъютанта М. Г. Хомутова, руководившего войсками на кавказском побережье, выжег крепость Анапу и станицы Николаевскую, Александровскую и Благовещенскую. Крепостные стены в Анапе были взорваны, а сам город превращен в руины.
Оставленную Анапу занимают турецкие войска, численность которых достигала 8 тыс. человек, и черкесские отряды под предводительством Сефер-бея Заноко. Происходил он из знатной шегакской семьи, имевшей владения в окрестностях Анапы. Еще ребенком его передали натухайцы в качестве аманата (заложника) русским властям. В России Сефер-бей получил хорошее образование и после окончания учебы был направлен обратно в Анапу в 22-й егерский полк юнкером. Однако после ссоры с командиром полка он, прихватив полковую кассу, бежал в Турцию. Здесь он получает звание полковника турецкой армии, чин паши и направляется опять в Закубанье для организации черкесского сопротивления русским. Б Анапе Сефер-бей объявляет себя главнокомандующим всеми горскими народами и начальником турецких сил. Для координации действий союзников в ставку Сефер-бея в Анапе часто наведывались английские, французские и турецкие офицеры.
В планы союзников далее входили захват Темрюка и использование его в качестве плацдарма для продвижения на Екатеринодар. Однако русские пластуны сорвали попытку высадки англо-французского десанта в районе Темрюка и Голубицких хуторов, а отрядам Сефер-бея, численность которых составляла 7 тыс. человек, не удалось пробиться к Темрюку через Джигинскую батарею и Варениковское укрепление. Последующие военные операции союзных войск не принесли ощутимого результата. Русские войска оставались в Закубанье. Парижский мирный договор 1856 г. заметно ослабил позиции России в Черноморском регионе. По условиям договора Россия лишалась возможности иметь здесь свой флот, военные базы и укрепления, что в условиях продолжения Кавказской войны делало ее уязвимой от внешнего вмешательства иностранных держав.
Анапа же по окончании Крымской войны была вновь занята русскими войсками, которые вошли в нее 10 июля 1856 г. Отряд Сефер-бея отошел в Новороссийск, где продолжил сопротивление. Так, 22 июля 1857 г. его отряд опять пытался взять Анапу, но гарнизон, которым руководил майор Ф. Ф. Левашов, отразил нападение горцев. Однако, выполняя решения Парижского мирного договора, Россия была вынуждена ослабить свое присутствие на побережье. Царским указом 31 марта 1860 г. города Анапа и Новороссийск были упразднены, а в 1862 г., в связи с переносом линии укреплений в междуречье Большой и Малой Лабы и Белой, были упразднены и черноморские укрепления, включая Анапу, которая становится теперь поселком.
После окончания Крымской войны русским войскам удалось активизировать свои действия на Восточном Кавказе и сломить сопротивление сил Шамиля. Узнав о пленении имама Чечни и Дагестана, прекратил свою деятельность среди черкесов и Мухаммед-Амин. В 1859 г. умирает Сефер-бей. Однако, лишившись лидеров, черкесские племена Закубанья не сложили оружия. Русское командование на Кавказе перебрасывает основные силы на левобережье Кубани.
В сентябре 1861 г. на Кубань совершил поездку император Александр II. Он встретился с представителями племен шапсугов, абадзехов и убыхов и, ясно обозначив цели укрепления России на Кавказе, предложил им дать согласие на прокладку через территории, занятые ими, дорог к Анапе, Новороссийску и Туапсе. Однако черкесская делегация отрицательно отнеслась к предложениям русского царя и потребовала отказаться от планов прокладки дорог, строительства укреплений и основания казачьих поселений на их землях.
В ходе последующих военных операций под командованием генерал-адъютанта Н. И. Евдокимова русские отряды привели к покорности натухайцев (i860 г.), шапсугов и абадзехов (1863 г.), убыхов (1864 г.). В целях ослабления горского движения царское правительство начало политику переселения черкесов с побережья Черного моря. Из-за принуждения русских властей и агитации турецких эмиссаров в течение 1858-1865 гг. в Турцию было вывезено около 493 тыс. человек, из них натухайцев - 45023 чел., абадзехов - 27337 чел., шапсугов - 165626 чел., убыхов - 74567 чел. В целях осуществления контроля за ходом выселения черкесов и соблюдения правил выдачи им пособий при отправке в апреле 1864 г. был определен ряд доверенных лиц, наблюдавших за этой процедурой. Среди них был и полковник Фадеев, направленный с этой миссией в Анапу и Новороссийск.
Одновременно с вытеснением горцев царское правительство организовало заселение этих земель казаками Кубанского, Донского, Азовского, Терского и Уральского казачьих войск и крестьянами-переселенцами из Центральной России. 10 мая 1862 г. было высочайше утверждено «Положение о заселении предгорий западной части Кавказского хребта Кубанскими казаками и другими переселенцами из России». §1 Положения гласил, что «предгория западной части Кавказского хребта занимаются казачьими станицами, с целью окончательного покорения горских племен, остающихся нам враждебными», а §2 определял границы территорий, подлежащих заселению, и в состав их входил «берег Черного моря, от устья реки Мокупсе до устья р. Кубани». Интересно, что §6 определял и сроки проведения этой кампании: «Время, потребное для заселения всего пространства, в §2 означенного, будет зависеть от успехов нашего оружия. Если же сильного сопротивления со стороны неприязненных племен не встретится, то заселение предполагается исполнить в течение 6-ти лет». Переселенцы на эти территории наделялись землей: «предварительно для каждой станицы соразмерно с ее населением и сообразно с местностью, отводить от 20 до 30 десятин на каждую душу мужского пола казачьего семейства и по 200 десятин на каждое офицерское семейство удобной и неудобной земли» (§67), и «обязанности строевых частей в продолжении первых трех лет водворения на передовых линиях состоят исключительно в защите собственных станиц» (§64).
В соответствии с этим Положением в 1862 г. идет заселение и Натухайского округа, на землях которого с наряду уже основанными ранее станицами Благовещенской и Витязевской появляются станицы Анапская, Варениковская, Верхне-Баканская, Гостагаевская, Крымская, Натухайская, Неберджайская, Нижне-Баканская, Новороссийская и Раевская. Выбором мест для станиц и организацией их заселения руководил начальник Натухайского округа генерал-майор П. Д. Бабыч. Командующим войсками Кубанской области графом Н. И. Евдокимовым было принято решение на месте разрушенной крепости Анапы образовать поселок, насчитывающий до 50 дворов, и заселить его азовскими казаками.
В целях организации обороны причерноморских земель Закубанья 17 февраля 1862 г. Александром II был утвержден приказ Военного Министра о создании Адагумского особого казачьего конного полка (командиром полка был назначен полковник П. И. Крюков), в системе которого были образованы две кордонные линии - Адагумская и Анапская. Приказом по Адагумскому полку начальствовать в станице Анапской и Анапском поселке было поручено сотнику Я. Карчевскому, который позже из-за свалившегося на него огромного объема обязанностей выхлопотал себе в подчинение помощника, исполнявшего обязанности по руководству Анапским поселком. Им временно был назначен хорунжий Муратов. Православные службы вел иеромонах отец Арсений, в приход которого входили не только Анапский поселок, но и станицы Анапская, Благовещенская, Витязевская, Варениковская и Гостагаевская.