В ночь с 17 на 18 июля 1918 года к зданию Напольной школы в Алапаевске подъехала конная группа рабочих и, усадив пленников в экипажи (великого князя Сергея Михайловича, сыновей Константина Константиновича Романова, князей Иоанна, Игоря и Константина, сына великого князя Павла Александровича князя Владимира Палея, Елизавету Федоровну и послушницу Варвару), вывезла их в лес к старой шахте. Сергей Михайлович сопротивлялся, и его расстреляли. Остальных живыми бросили в шахту. Когда сталкивали в шахту великую княгиню, она повторяла вслух молитву Спасителя: «Господи, прости им, ибо не ведают, что творят».

Елизавета Федоровна упала не на дно шахты, а на выступ на глубине 15 метров. Рядом с ней оказался Иоанн Константинович с перевязанными ранами. Великая княгиня и здесь не перестала милосердствовать и облегчать страдания других, хотя сама была с многочисленными переломами и сильнейшими ушибами головы.

Убийцы возвращались несколько раз, чтобы добить свои жертвы, они бросали бревна, гранаты, горящую серу. Один из крестьян, бывший случайным свидетелем этой казни, вспоминал, что из глубины шахты слышались звуки херувимской, которую пели страдальцы, и особенно выделялся голос великой княгини.

Спустя три месяца белые эксгумировали останки погибших. Пальцы великой княгини и инокини Варвары были сложены для крестного знамения. Они умерли от ран, жажды и голода в страшных мучениях.

Останки их были перевезены в Пекин. По рассказам свидетеля, тела убитых пролежали в шахте, а потом некий монах сумел извлечь их оттуда, уложил в наскоро сколоченные гробы и через всю Сибирь, охваченную Гражданской войной, раскаленную страшной жарой, три недели вез в Харбин. По прибытии в Харбин тела совершенно разложились, и только тело великой княгини оказалось нетленным.

Из рассказа князя Н. А. Кудашева, увидевшего ее в Харбине: «Великая Княгиня лежала, как живая, и совсем не изменилась с того дня, как я, перед отъездом в Пекин, прощался с нею в Москве, только на одной стороне лица был большой кровоподтек от удара при падении в шахту. Я заказал для них настоящие гробы и присутствовал на похоронах. Зная, что княжна всегда выражала желание быть погребенной в Гефсимании в Иерусалиме, я решил исполнить ее волю и послал прах ее и ее верной послушницы в Святую Землю, попросив монаха проводить их до места последнего успокоения».

Тот самый монах, который потом вез нетленное тело Елизаветы Федоровны, удивительным образом был знаком с великой княгиней до революции, а во время революции был в Москве, встречался с ней и уговаривал ее поехать с ним в Алапаевск, где, как он говорил, у него были «хорошие люди в старообрядческих скитах, которые сумеют сохранить Ваше Высочество». Но великая княгиня отказалась скрываться, добавив: «Если меня убьют, то прошу вас, похороните меня по-христиански».

Было несколько попыток спасти великую княгиню.

Весной 1917 года к ней приехал шведский министр по поручению кайзера Вильгельма с предложением содействия в выезде из России. Елизавета Федоровна отказалась, сказав, что она решила разделить судьбу своей страны, своей родины, а кроме того, не может бросить сестер обители в это трудное время.

После подписания Брест-Литовского мира германское правительство добилось от Советов разрешения на выезд великой княгини Елизаветы Федоровны в Германию, и посол Германии в России граф Мирбах дважды пытался с ней увидеться, но она отказала ему и передала категорический отказ уехать из России со словами: «Я никому ничего дурного не сделала. Буди воля Господня!»

В одном из писем она написала:

«Я испытывала такую глубокую жалость к России и ее детям, которые в настоящее время не ведают, что творят. Разве это не больной ребенок, которого мы любим во сто крат больше во время его болезни, чем когда он весел и здоров? Хотелось бы понести его страдания, научить его терпению, помочь ему. Вот что я чувствую каждый день. Святая Россия не может погибнуть. Но великой России, увы, больше нет. Но Бог в Библии показывает, как он прощал свой раскаявшийся народ и снова даровал ему благословенную силу. Будем надеяться, что молитвы, усиливающиеся с каждым днем, и увеличивающееся раскаяние умилостивят Приснодеву, и она будет молить за нас своего Божественного Сына, и что Господь нас простит».

В святом городе Иерусалиме, в так называемой Русской Гефсимании, в склепе, находящемся под церковью Святой Равноапостольской Марии Магдалины, стоят два гроба. В одном покоится великая княгиня Елизавета Федоровна, в другом — ее послушница Варвара, отказавшаяся покинуть свою игуменью и этим спасти себе жизнь.

День поминовения преподобномученицы великой княгини Елисаветы Феодоровны Алапаевской — 5 июля, ее поминают и в день поминовения всех усопших, пострадавших в годину гонений за веру Христову в соборе новомучеников и исповедников Российских в воскресенье после 25 января.

В 1990 году на территории Марфо-Мариинской обители патриарх Алексий II открыл памятник великой княгине Елизавете Федоровне, созданный скульптором Вячеславом Клыковым.

писал Блок.

Но XX век освящен и образами новых мучеников за веру, искупивших наши грехи перед вечностью... Таков и образ великой княгини Елизаветы Федоровны.