Военную службу он начал в Феодосии в годы империалистической войны прапорщиком. Здесь же в 1917 году вступил в партию большевиков. Формировал отряды Красной гвардии, сражался с немецкими оккупантами. Командовал красными частями на Северном Кавказе. В Астрахани встретился с С. М. Кировым.
— Вот он-то и послал в Москву к товарищу Ленину, — говорил Федько. — А Владимир Ильич направил меня, как знающего Крым и Украину, уже к вам. И вот я здесь.
— Прибыли как нельзя кстати, — с радостью произнес Дыбенко. — У нас неспокойно…
9 мая 1919 года поднял мятеж бывший гетмановский атаман и петлюровский офицер Григорьев, командовавший тогда 6-й дивизией Украинского фронта. В выпущенном «универсале» он обещал «свободу торговли», «защиту собственности», «свободные при участии всех партий (кроме большевиков) советы» и многое другое. Такие посулы вполне устраивали зажиточные слои населения. Восстание охватило значительную часть Южной Украины. Под угрозой оказались Николаев, Херсон, Одесса, Харьков. 11 мая григорьевцы захватили Екатеринослав и Кременчуг. Еще через день они дошли до Золотоноши и открыли путь на Киев.
Основная тяжесть ликвидации григорьевщины легла на войска, сосредоточенные в Харьковском военном округе, и добровольческие рабочие отряды, которыми командовал А. Я. Пархоменко. Активное участие принял в ликвидации мятежа и Дыбенко. Он командовал советскими войсками, действовавшими в районе от Александровска до Екатеринослава. В течение двух недель с мятежом было покончено…
Дыбенко возвратился в Крым. Нужно было готовить армию к новым боям. На каждом шагу приходилось встречаться с большими трудностями. Не хватало командиров. Мало было коммунистов в войсках и особенно в гражданских учреждениях. Забот по горло. Как-то Павел Ефимович показал Коллонтай письмо от Семашко: наркомздрав писал, что скоро Крым превратится во всенародную здравницу, настоятельно просил надежно охранять дворцы, где будут отдыхать трудящиеся.
— Прекрасно, Павел! — радовалась Александра Михайловна.
— И я так думаю. Только ведь сейчас заботы совсем другие. Красноармейцев заели вши. Войска разуты и раздеты. Мастерские, которые мы открыли в Симферополе и Севастополе, стоят — нет материалов. А чем вооружать нашу новую армию?
— Да, нелегко нам, Павел.
До предела была загружена работой и Коллонтай в политическом управлении армии. Открыли школу политсостава, проводили беседы с бойцами, среди населения, издавали журнал, газету, писала позднее Александра Михайловна, вспоминая о «крымском периоде».
Но слишком коротким был тот «крымский период». Белые находились рядом. Вдоль побережья непрерывно курсировали корабли интервентов. И военачальники, и гражданские руководители Крыма понимали, что враги готовятся к наступлению…
И оно скоро началось… Деникинцы прорвали фронт в Донбассе и часть сил перебросили на Чонгарский и Перекопский перешейки, намереваясь отрезать Крымскую Красную Армию, а затем уничтожить ее. Военная и политическая обстановка обострилась. 16 июня 1919 года в Симферополе состоялось чрезвычайное совещание членов правительства республики и армейских работников. С докладом выступал П. Е. Дыбенко.
— Махно расстрелял направленных к нему политработников, снял свои части с линии Мариуполь— Волноваха и увел в Гуляй-Поле, — говорил наркомвоенмор. — В образовавшуюся на фронте брешь устремились конные дивизии Шкуро. Федько быстро организовал оборону и остановил врага… Со дня на день Деникин может начать общее наступление на север. Крым окажется в тылу врага.
Дыбенко предложил незамедлительно подготовить к эвакуации тыловые учреждения и склады, а также вывести бронепоезда для защиты железной дороги на линиях Джанкой — Севастополь, Джанкой — Феодосия и Джанкой — Александровск — Ека-теринослав…
Минуло два дня. 18 июня ночью дежурный по штабу поднял командующего и доложил:
— Корабли Антанты открыли огонь по расположению наших войск. В районе Судака и Коктебеля высадился десант…
И новое сообщение: «дикая дивизия» Шкуро появилась в Мариуполе…
Дыбенко собрал экстренное совещание работников штаба и объявил порядок отвода войск. Он поставил задачу командирам полков отходить постепенно, чтобы задержать противника и дать возможность эвакуировать все тыловые подразделения, госпитали, гражданские учреждения.
— И что весьма важно, — подчеркнул командующий, — сохранить боеспособность каждого полка, роты, взвода!
Эвакуация проходила организованно. Войска пять дней сдерживали натиск высадившегося у Старого Крыма десанта. Геройски действовал заслон Федько на пути белой конницы Шкуро…