Годы, проведенные Путилиным на сыскной работе, отрицательно сказались на здоровье. Он стал часто болеть и брать отпуска для поправки здоровья. Понимая, что полноценно руководить Сыскной полицией уже не может, он решает уйти в отставку.

1 февраля 1875 года Иван Дмитриевич, согласно его прошения уволен от службы [71].

Государь Император 31 января 1875 года Высочайше соизволил повелеть назначить Путилину пенсию в 1800 рублей в год из Государственного Казначейства со дня увольнения от службы с 1 февраля 1875 года [72].

Но немногим более трех лет длился его отдых. 1 июня 1878 года с разрешения министра внутренних дел Иван Дмитриевич был причислен к министерству внутренних дел с откомандированием в распоряжение Санкт-Петербургского градоначальника, а 3 июня 1878 года на него было возложено заведование Сыскным отделением [73].

4 декабря 1878 года Высочайшим приказом по министерству внутренних дел, объявлено Высочайшее благоволение от 1 декабря [74].

5 марта 1879 года Высочайше назначено арендное производство по 1500 рублей в годе 1 апреля 1879 года в продолжение 12 лет [75].

21 марта 1880 года Путилину Всемилостивейше пожалован перстень по чину с вензелевым изображением Августейшего Имени Его Величества[76].

Трудная и беспокойная служба не способствовала сохранению здоровья Ивана Дмитриевича, и он просит освободить его от выполнения своих служебных обязанностей. 31 июля 1881 года Путилин был отчислен, согласно его прошения, по болезни, от заведования Сыскной полицией [77].

21 марта 1883 года с разрешения министра внутренних дел он был командирован в распоряжение Санкт-Петербургского градоначальника [78].

1 апреля 1883 года на пего снова были возложены обязанности начальника Сыскной полиции [79].

8 апреля 1884 года Путилин Всемилостивейше пожалован орденом Св. Станислава 1-й степени [80].

10 января 1886 года по всеподданнейшему докладу министра финансов Иван Дмитриевич Всемилостивейше был пожалован, за труды по раскрытию виновных в похищении из Государственного Банка вклада отставного генерал-майора Болонина, перстнем с вензелевым изображением Высочайшего Имени и денежною наградою [81].

1 января 1889 года Путилин был Всемилостивейше пожалован орденом Св. Анны 1-й степени[82]. Однако окончательно подорванное на службе здоровье не оставляет ему шансов продолжать ее. Он подает прошение об отставке, начинается процедура оформления необходимых документов. Его руководитель, Санкт-Петербургский градоначальник П. А. Грессер, в письме министру Государственных Имуществ в марте 1889 года перечисляет заслуги Ивана Дмитриевича на поприще добросовестного служения обществу и как бы подводит итоги всей его многотрудной деятельности:

«Состоя в течении упомянутого долгого периода под начальством ОберПолициймейстеров и Градоначальников, г. Путилин одинаково не щадил своих сил для оправдания важного назначения Сыскной Полиции, вследствие чего неоднократно подвергал свою жизнь несомненной опасности, а здоровье — постоянному испытанию. Такого рода результаты, как возвращение более чем на миллион ограбленного и украденного как казенным учреждениям, так и частным лицам, открытие сотни убийств, обнаружение 10-ти фабрик (Московской губ.) подделывателей фальшивых кредитных билетов, предупреждение многих злодеяний и удаление из общества тысячи вредных личностей, занимавшихся преступными промыслами, не могли быть достигнуты, при постоянном личном руководстве г. Путилиным важнейшими розысками и открытиями, без явной опасности для жизни и без крайнего напряжения физических и нравственных сил»[83].

4 мая 1889 года действительный тайный советник Иван Дмитриевич Путилин вышел в отставку. Находясь на отдыхе, великий сыщик посвятил себя литературе, он оставил потомкам замечательный труд «Записки начальника Санкт-Петербургской сыскной полиции», который множество раз переиздавался.

Умер Иван Дмитриевич 18 ноября 1893 года. Надо сказать, что до настоящего времени место, где он окончил свои дни и был похоронен, точно нс установлено. По одним сведениям, он похоронен на кладбище Пчевской церкви в Новоладожском уезде Петербургской губернии[84], по другим, в Тихвинском уезде Новгородской губернии [85].

Хочется надеяться, что история жизни и деятельности первого начальника Санкт-Петербургской Сыскной полиции, действительного тайного советника Ивана Дмитриевича Путилина, благодаря трудам современных исследователей, станет ближе и понятней нам, гражданам современной России.