Развал русской армии и бегство с фронта миллионов солдат стали причиной новой волны еврейских погромов. Бегущие с фронта дезертиры убивали евреев, грабили еврейское имущество. По предложению Трумпельдора евреи-фронтовики приступили к созданию отрядов еврейской самообороны, способных дать отпор погромщикам.
С 10 по 15 октября 1917 года в Киеве под председательством Иосифа Трумпельдора прошел Учредительный 1-й Съезд представителей Союзов евреев-воинов, где было принято решение о создании Всеобщей федерации еврейских солдат в России и Всероссийской еврейской самообороны, объединившей отряды самообороны евреев в Москве, Петрограде, Киеве, Одессе и других городах. Председателем Всероссийского Союза евреев-воинов был избран прапорщик Иосиф Гоголь. Съезд отметил, что еврейская самооборона — единственно эффективная мера в деле спасения жизни евреев. По предложению участников съезда было решено создать пост "комиссара по делам еврейских солдат", который должен был работать в тесном контакте с русским Военным министерством. На этот пост был избран Трумпельдор.
В декабре 1917 года однорукий герой получил разрешение на формирование первого батальона еврейской самообороны, получившего название 1-го сводного еврейского отряда, в составе почти тысячи бойцов. Такие батальоны предполагалось создать во всех местах проживания евреев в России с целью защиты от кровавых беспорядков, что должно было пресечь в зародыше любые погромы.
В то время казалось, что создание Еврейского государства на Земле Израиля близко как никогда. Взрыв энтузиазма и надежд мирового еврейства вызвала Декларация министра иностранных дел Великобритании лорда Бальфура, опубликованная в ноябре 1917 года и означавшая признание прав еврейского народа на свое государство.
Декларация, оформленная как письмо лорда Бальфура лидеру британских сионистов лорду Ротшильду, гласила:
Это была величайшая победа политического сионизма. Принципы Декларации Бальфура были одобрены правительствами союзных держав. Страна Израиля под названием Палестина вновь появилась на политической карте мира, а ее еврейское население — ядро национального очага еврейского народа — стало играть важную роль на международной арене.
Весть о Декларации Бальфура достигла России уже в первые дни большевистского переворота. Центральный Комитет сионистов России опубликовал пламенное заявление, в котором торжественно сообщал о великом историческом событии и призывал евреев к усиленной сионистской деятельности. Русская общественность также придавала Декларации большое политическое значение, и в русской демократической печати, еще не ликвидированной большевиками, появились благожелательные отклики на это событие.
У еврейского населения во всех концах России и на Украине Декларация вызвала мощный сионистский подъем. Еврейские массы были охвачены радостью и неописуемым энтузиазмом. В Москве и Петрограде состоялись большие митинги и демонстрации, то же самое и в провинциальных городах. На митинге сионистов в Петроградском народном доме публика восторженно встретила великого русского певца Федора Шаляпина, спевшего на иврите песню "а-Тиква" (Надежда) — сионистский гимн, ставший впоследствии гимном возрожденного государства Израиля. На улицы Одессы с флагами и песнями вышло около 150 тысяч человек, и шествия продолжались весь день.
Однако большевистский переворот в октябре 1917 года нанес тяжелейший удар по планам сионизма в России. Большевики всегда считали сионизм своим врагом, и уже в январе 1918-го началась активная пропагандистская и запретительная кампания, направленная на ликвидацию сионистских организаций и воинских формирований. Трумпельдор отказался подчиниться воле большевиков, и тогда большевики расформировали все еврейские воинские части, организация еврейской самообороны была объявлена вне закона.
По иронии судьбы евреи были в числе последних защитников русской демократии: 19 ноября 1917 года газета "Еврейская неделя", выходившая в Петрограде, в статье об октябрьских боях в Москве писала, что 29 октября при осаде отрядами большевиков Владимирского юнкерского училища и телефонной станции среди погибших было 35 евреев-юнкеров:
Вскоре в Петрограде большевиками был арестован Трумпельдор. Из заключения он вышел, подписав заявление об отказе от политической деятельности. В Киеве украинские власти запретили деятельность Союза еврейских воинов. Гайдамаки 20 января 1918 года совершили налет на штаб-квартиру Всероссийского Союза евреев-воинов в Киеве. В схватке с гайдамаками были убиты глава Союза евреев-воинов И.Гоголь и его заместитель Боярский.
Начавшаяся Гражданская война в России поставила под угрозу само существование российского еврейства — многочисленные силы русских, украинских, белорусских националистов и черносотенцев осуществляли планомерный геноцид еврейского народа. По различным оценкам, погибло не менее двухсот тысяч евреев; около трехсот тысяч детей остались сиротами; более чем в семистах городах, местечках и деревнях вся или почти вся еврейская собственность была разграблена или уничтожена.
Столь широкие масштабы убийств и разрушений, а также тот факт, что во многих местах погромщикам (петлюровцам, деникинцам, многочисленным бандам украинских, белорусских и русских националистов) в течение длительного времени принадлежала вся полнота власти, сближают погромы периода Гражданской войны с нацистским геноцидом. Особый характер этих погромов был подчеркнут в меморандуме еврейских общин, представленном генералу А.И.Деникину:
Трумпельдору было ясно, что ситуация в России изменилась кардинально, и теперь необходимо думать не о формировании Еврейского корпуса, а о спасении и переправке в Страну Израиля еврейской молодежи, готовой стать строителями будущего еврейского государства.