Приняв материалы дела, собранные первыми следователями, Соколов начал дополнительные следственные действия, скрупулезно фиксируя их результаты. В период до 10 июля 1919 года он опросил более сотни свидетелей, собрал множество вещественных доказательств, провел несколько экспертиз. В частности, по показаниям бывшего офицера императорской армии А. А. Шереметевского в районе заброшенного рудника недалеко от деревни Коптяки были найдены предметы, принадлежавшие представителям царской семьи:
«Признаться, я ни на одну минуту не доверял слухам об убийстве Государя, и никто положительно этому не верил. В городе все были убеждены, что Августейшая Семья вывезена. Когда я приехал в Коптяки со станции Исеть, мне кто-то сказал, что сейчас из Коптяков ушли на город красные. Я кинулся с казаками их догонять. Но эти сведения оказались ложными. Я опять вернулся в Коптяки. В это время ко мне пришел крестьянин Михаил Алферов и, показывая мне сверток с вещами, сказал: «А мы были на шахтах. Вот, посмотри-ка, что мы там нашли». Я, как поглядел на эти вещи, так и ахнул. Я увидел среди этих вещей Кульмский обгорелый крест, и именно сразу же припомнился мне случай, памятный в моей жизни. Я учился во 2-й Петергофской школе прапорщиков. 1-го октября 1916 года к нам в школу приезжал Государь Император. С Ним тогда приезжала Великая Княжна Татьяна Николаевна. Я помню прекрасно, что на Ней был тогда совершенно такой же крест, какой был в руках Алферова. Я хорошо в то время разглядел этот крест на Татьяне Николаевне. Он был приколот у Нее на левой стороне Ее груди и бросался в глаза своим блеском.»
По показаниям того же Шереметевского при откачке воды из шахты в августе 1918 года со дна извлекли предметы очевидного происхождения:
Следуя показаниям свидетелей, Соколов тщательно изучил территорию рудника с заброшенной шахтой — первого неудачного места захоронения останков — и близлежащие дороги и окрестности. В ходе обследования он обнаружил следы кострищ с остатками одежды убитых, оставленную яму, патроны и даже добрался до Поросенкова лога с мостиком из шпал, под которым и покоились останки царской семьи. Останков он так и не обнаружил, но оставил подробное описание и фотографии основных мест их вероятного сокрытия.
По итогам осмотра местности Соколов пришел к выводу, что доставка трупов по лесной дороге до рудника была возможна даже на автомобиле, описанный рудник с открытой шахтой являлся наиболее удаленным от железной дороги и сокрытым лесом, но в то же время к нему удобно подходили проездные дорожки. Вывод о вероятности нахождения царских останков был неутешителен:
15 июля 1919 года Екатеринбург снова был занят красноармейцами, но Соколов продолжал следствие при отступлении в Сибири и на Дальнем Востоке, а также будучи в эмиграции в Харбине и Париже. Он пополнял материалы дела протоколами допросов лиц, в той или иной степени вовлеченных в события расстрела царской семьи. Соколов занимался расследованием вплоть до своей смерти в 1924 году. Результаты своей деятельности он описал в книге «Убийство царской семьи».
Тем временем место сокрытия останков помнили только непосредственные участники расстрела и захоронения тел убитых. В 1928 году один из них, А. И. Парамонов, показывал его В. В. Маяковскому, который хотел увидеть, где
Со временем место захоронения останков царской семьи было забыто. Поэтому, когда в конце 1970-х годов энтузиасты, киносценарист Г. Т. Рябов и краевед и геолог А. Н. Авдонин предприняли попытку поиска могилы, они столкнулись с отсутствием точной информации. Благодаря добрым отношениям с министром внутренних дел СССР Н. А. Щелоковым Рябов получил доступ к некоторым закрытым документам о гибели царской семьи. В течение нескольких лет Рябов, Авдонин и их помощники искали место захоронения, пока летом 1979 года на старой Коптяковской дороге в месте, известном как Поросенков лог, они не наткнулись на человеческие останки, которые с высокой долей вероятности принадлежали представителям семьи Николая Романова.
Учитывая атмосферу неприятия любых новостей о Доме Романовых, Рябов и Авдонин вели поиски тайно. Результаты своих изысканий они также не разглашали вплоть до рубежа 1980–1990-х годов, когда Авдонин сделал заявление о том, что ему известно место сокрытия останков царской семьи. В 1991 году в указанном им месте были обнаружены скелеты девяти человек, которые эксперты смогли отождествить с членами царской семьи и их свиты (за исключением Алексея и Марии Романовых). 19 августа 1993 года в связи с обнаружением останков по указанию Генерального прокурора Российской Федерации было возбуждено уголовное дело. Ведение дела поручили следователю по особо важным делам Главного следственного управления Следственного комитета при Прокуратуре Российской Федерации В. Н. Соловьеву.
В ходе следствия были проведены многочисленные экспертизы: баллистическая, трасологическая, микроостеологическая, судебно-стоматологическая, медико-антропологическая, молекулярно-генетическая. В результате проведенных экспертиз подтвердилось предположение о принадлежности останков членам семьи Николая Романова и их прислуги. В частности, на скелетах были найдены повреждения от выстрелов, применения острых и тупых предметов. Характер огнестрельных повреждений указывал на использование оружия средней мощности (такого, как пистолеты и револьверы). Обнаруженные следы применения огнестрельного и холодного оружия не противоречили историко-архивным материалам и косвенно подтверждали тождественность останков и лиц, расстрелянных в доме Ипатьева.
Уверенный вывод о принадлежности останков был сделан на основании генетических исследований путем сравнения ДНК, полученного из найденных останков, с ДНК живущих ныне представителей Дома Романовых. Как отмечалось в постановлении о прекращении уголовного дела,
В рамках уголовного дела были проверены даже экзотические версии случившегося. Так, была исследована версия «ритуального убийства», которую высказывали некоторые авторы в своих книгах и публикациях. К примеру, Дитерихс в книге «Убийство Царской Семьи и членов Дома Романовых на Урале» озвучил мнение об отрубании голов жертвам в ритуальных целях и отправке их в Кремль. Дитерихс связал этот ритуал с еврейской национальностью многих членов советского столичного руководства, Уралоблсовета и охранной команды Ипатьевского дома. Проведенные экспертизы, однако, не подтвердили «ритуальную версию» убийства. Следователь Соловьев в постановлении о прекращении уголовного дела по этому поводу подчеркнул:
Предметом следующего спора стала уверенность отдельных лиц в непринадлежности найденных останков царской семье. Главным проводником этой точки зрения была Русская православная церковь. Все началось в 1998 году, когда патриарх Алексий не прибыл на похороны останков бывшего царя и его семьи в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга. Церковь ссылалась на непрозрачность проведенных исследований, что породило сомнения в достоверности полученных результатов. После канонизации царской семьи в чине страстотерпцев в 2000 году Церковь придерживалась версии о полном сожжении останков святой семьи в урочище Ганина яма. Здесь постепенно вырос монастырь святых Царственных страстотерпцев, который стал одним из основных объектов почитания убиенных. В то время как Поросенков лог, действительное место упокоения царских останков на протяжении более 70 лет, святым местом не является. Такое упрямство церковных иерархов обусловлено прежде всего сложным выбором между очевидными фактами и обидой за игнорирование Церкви при расследовании обстоятельств гибели царской семьи.
Завершая перечисление альтернативных вариантов случившегося, стоит упомянуть популярную одно время версию о чудесном спасении жены и детей Николая Романова. Основанием для такого вывода послужила публикация в газете «Известия» от 19 июля 1918 года. В ней сообщалось о расстреле бывшего царя, указывалось на причины такого решения, а в отношении остальной семьи статья содержала оговорку:
В 1998 году уголовное дело было прекращено
ДЕЛО ТРИНАДЦАТОЕ
Фанни Каплан: кто стрелял в Ленина?
30 августа 1918 года произошло самое известное покушение на руководителя Советской России, председателя Совета народных комиссаров РСФСР В. И. Ленина. В тот день вечером после митинга рабочих московского завода Михельсона некто трижды выстрелил в вождя мирового пролетариата. Одна из пуль попала ему в шею, другая повредила руку, третья пуля ранила находившуюся рядом с Лениным женщину. Ранение в шею выглядело серьезным и могло оказаться смертельным. Через несколько минут недалеко от места преступления на трамвайной остановке была арестована предполагаемая убийца — революционерка со стажем Фейга Хаимовна Ройтблат, известная под псевдонимом Фанни Каплан.
Она происходила из семьи учителя еврейской начальной школы с Волыни. Уже в 1905 году, во время Первой русской революции, в возрасте 15 лет Каплан придерживалась анархистских взглядов. В 1906 году она участвовала в подготовке покушения на киевского генерал-губернатора В. А. Сухомлинова. В результате неосторожного обращения с взрывным устройством произошел незапланированный взрыв в номере гостиницы, в котором находились заговорщики. Каплан получила легкое ранение в голову и была контужена, что не позволило ей скрыться от полиции. В январе 1907 года суд приговорил ее к смертной казни, но в связи с несовершеннолетием обвиняемой наказание было заменено на отбытие пожизненной каторги в забайкальских тюрьмах. Во время пребывания в сибирском заключении она познакомилась с М. А. Спиридоновой, видной революционеркой, и благодаря ей попала под влияние эсеровских идей.
После революции февраля 1917 года Каплан была амнистирована и среди многих политкаторжан отправлена на излечение в Евпаторию. За долгие каторжные годы Каплан практически полностью утратила зрение. Глаза реагировали на свет, что давало надежду на восстановление здоровья. Благодаря операции, проведенной харьковским хирургом Л. Л. Гиршманом, зрение частично вернулось, и наметилась тенденция к улучшению. Весной 1918 года Каплан прибыла из Крыма в Москву и стала налаживать связи с эсеровским подпольем.