В годы Великой Отечественной войны задачи и организация работы Новосибирской межкраевой школы, как и всех органов государственной безопасности, претерпели структурные изменения. Резко возросла потребность в подготовке сотрудников для органов военной контрразведки, естественная убыль которых особенно в первые месяцы войны — в период повального отступления наших войск, давала о себе знать.
Тревожное время заставляло реагировать соответствующим образом. Уже в начале июля 1941 года на базе Новосибирской МКШ НКГБ СССР 3-м отделом Сибирского военного округа были созданы краткосрочные курсы подготовки оперативного состава для военной контрразведки со сроком обучения один месяц.
В первом наборе было 306 курсантов, в основном призванные из запаса политработники и командиры Красной армии. По воспоминаниям ветеранов, в основу обучения на краткосрочных курсах было положено общее знакомство с организацией оперативной работы в воюющих войсках.
Структурная чехарда в органах госбезопасности продолжилась. В июле 1941 года органы военной контрразведки и госбезопасности были вновь включены в систему НКВД СССР. Думается, здесь не обошлось без влияния Берии на Сталина.
Постановлением Государственного комитета обороны СССР от 17 июля 1941 года 3-е управление НКО СССР было преобразовано в Управление особых отделов НКВД СССР и на его основании Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 июля 1941 года НКВД и НКГБ были объединены в НКВД СССР.
Главной задачей особых отделов, как писал в своей книге ветеран ВКР, участник Великой Отечественной войны генерал-майор в отставке Леонид Георгиевич Иванов в книге «Правда о «СМЕРШе», было проведение решительной борьбы со шпионажем и предательством в частях Красной армии и ликвидация дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе. Особым отделам было предоставлено право ареста дезертиров, а в необходимых случаях и расстрела их на месте.
На войне, по неполным данным, более 6 тысяч армейских чекистов сложили свои головы, защищая редуты Отчизны на незримом фронте борьбы с противником.
В апреле 1943 года Государственный комитет обороны признал необходимым вновь провести реорганизацию органов НКВД СССР. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 14 апреля 1943 года был образован Народный комиссариат государственной безопасности СССР и его органы на местах. Постановлением Совета народных комиссаров СССР от 19 апреля 1943 года органы военной контрразведки были переданы в Народный комиссариат обороны СССР и Народный комиссариат Военно-морского флота СССР, где соответственно организовались Главное управление контрразведки СМЕРШ НКО СССР и Управление контрразведки СМЕРШ НКВМФ СССР.
На органы военной контрразведки СМЕРШ возлагались задачи по борьбе со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью в частях, учреждениях и на кораблях Красной армии и Военно-морского флота. ГКО обязал армейских чекистов также принять необходимые меры, исключающие возможность безнаказанного перехода агентов противника через линию фронта, активизировать процесс внедрения нашей агентуры в разведцентры противника, бороться с дезертирством и изменой Родине, антисоветскими проявлениями среди военнослужащих и другие предупредительные мероприятия.
Сразу же встал остро вопрос совершенствования системы подготовки оперативного состава военной контрразведки, который решался путем создания соответствующей системы учебных заведений.
В июне 1943 года нарком обороны СССР И.В. Сталин приказал для подготовки и переподготовки оперативного состава органов СМЕРШа организовать при ГУКР СМЕРШ четыре постоянные школы, а также курсы с четырехмесячным сроком обучения в Новосибирске и Свердловске на двести человек на каждых курсах. И уже в ноябре того же года новосибирские курсы по подготовке оперативного состава были реорганизованы в школу ГУКР СМЕРШ НКО СССР. Численность обучающихся составляла 400 человек.
Большое внимание в работе преподавателей с переменным составом уделялось:
— изучению таких проблем, как осмысление наработанного опыта борьбы органов военной контрразведки СМЕРШ с гитлеровской разведкой на фронтах и в прифронтовой полосе;
— розыску забрасываемой в наш тыл агентуры из числа советских граждан, попавших в плен, а также предателей Родины, завербованных на временно оккупированной гитлеровцами советской территории;
— индивидуальной работе с курсантами;
— использованию для выступлений смершевцев, имеющих конкретные оперативные результаты;
— ознакомлению курсантов с приказами, директивами и другими обобщенными документами ГУКР НКО СМЕРШ, направленными для руководства в повседневной оперативной деятельности и др.
В июле 1944 года состоялся первый выпуск слушателей школы ГУКР СМЕРШ. Около трехсот, а точнее, 289 человек были откомандированы на фронт. Всего за годы войны в Новосибирске на краткосрочных курсах и в школе ГУКР СМЕРШ прошли подготовку около 4000 военных контрразведчиков.
Во время службы автора в Особом отделе КГБ СССР по Южной группе войск вспомнилось выступление командующего Группы участника Великой Отечественной войны, Героя Советского Союза, генерал-полковника Б.П. Иванова на одном из итоговых совещаний в Особом отделе. Дословно передать не смогу его мысль, но в ней была примерно такая оценка деятельности армейских чекистов в годы войны. Он впервые из военных после хрущевского шельмования органов госбезопасности подчеркнул, что смершевцы, участвуя в боях, не только решали контрразведывательные задачи, но и ходили в атаки, заменяли в бою выбывших из строя командиров. Более половины из них отдали свои жизни на полях сражений.
Это выступление имело положительный эффект для армейских контрразведчиков. После такой оценки наших старших коллег крупным военачальником оперативникам в полках работать стало намного легче…