Но желание вернуть свое величие и силу все-таки еще не оставляло верхушку клана Тайра.
Большой удачей в это еще очень тревожное для Минамото время стало появление в рядах войск Ёритомо его младшего брата Ёсицунэ, которому будущий сёгунат – военное правительство – тоже обязан своим созданием. Ёсицунэ, начав служить в рядах армии Минамото, проявил себя как воин и полководец с неординарным мышлением. Он был весьма талантливым и сообразительным, незаурядным стратегом, смелым и настолько удачливым, что еще при жизни превратился в легенду, не говоря уже о том, что было после его смерти.
Минамото Ёсицунэ родился в 1159 году. Его мать хотела отправить сына в буддийский монастырь и сделать добропорядочным монахом. Однако в 15 лет Ёсицунэ решил посвятить себя боевым искусствам и отомстить за отца, убитого людьми Тайра. Во время своих путешествий в Киото подросток сумел добраться до святыни феодалов Тайра – секретного трактата «Лю Тао», посвященного боевым искусствам, хранившегося в, казалось бы, недоступном месте в одном из замков, принадлежащих клану этих военных, и ознакомиться с ним. Подкрепил Ёсицунэ свои знания из трактата на практике, занимаясь якобы приемами фехтования с лесными лешими тэнгу – духами лесов и гор, полулюдьми-полуптицами с красным лицом, белыми волосами и обязательно длинным носом или птичьим клювом. Считалось, что после этого обучения Ёсицунэ стал непревзойденным мастером фехтования на самурайских мечах.
Говорили еще, что, освоив мистические трактаты по воинским искусствам, он научился совершать огромные прыжки, которые были не под силу обычным людям. Еще по одной очень известной в Японии легенде, Ёсицунэ победил на мосту Годзё в Киото объявленного вне закона воина-монаха силача Бэнкэя Мусасибо, вознамерившегося отнять у Ёсицунэ меч для своей коллекции (у Бэнкэя не хватало всего одного меча до ста). Бэнкэю пришлось признать свое поражение, после чего он стал верным вассалом молодого героя до самой своей смерти. Большую часть рассказов о приключениях Ёсицунэ составляют любовные истории, где все красавицы подряд влюбляются в него, хотя герой сказаний в действительности был не очень привлекательным – маленького роста, с хилой фигурой и выступающими вперед большими верхними резцами.
Первое свое настоящее сражение Ёсицунэ провел против восставшего против Ёритомо Ёсинаки в 1184 году вместе со своим братом Нориёри. Ёсинака был разбит.
Через неделю Ёсицунэ и Нориёри со своими самураями выступили в поход против Тайра, которые укрепились в своем последнем на острове Хонсю опорном пункте – морской базе Фукухара на побережье Внутреннего моря, собрав довольно значительные силы. Система укреплений вокруг базы была хорошо продумана. Главным ее сооружением была крепость Итинотани. Любая лобовая атака должна была окончиться большими жертвами, что и произошло в действительности. Основная часть войск Минамото и Тайра сражались перед крепостью почти весь день, и никто не мог добиться победы. Ёсицунэ в это время зашел с тыла, разбил отряд всадников противника у горы Хидоёригоэ и в полной темноте под проливным дождем подошел к крепости со стороны очень крутого каменистого откоса, скорее пропасти, который препятствовал подходу к укреплениям Тайра. Казалось, что преодолеть это естественное препятствие будет невозможно. Ёсицунэ решил проверить это. Он приказал отпустить вниз несколько пойманных ранее оленей. Олени спокойно достигли низа пропасти. Ёсицунэ решил, что если лесные животные в состоянии преодолеть такую преграду, то то же самое могут сделать и люди со своими лошадьми. Отряд всадников Ёсицунэ направился вниз и, не потеряв коней, ворвался в лагерь противника с тыла. Эффект неожиданности сделал свое дело. Воины Ёсицунэ пришли оттуда, откуда их не ждали. С другой стороны в бой снова вступил Нориёри со своей конницей. Полностью деморализованные Тайра бежали к лодкам на берегу и понесли большие потери. Лишь немногим из них удалось достигнуть своей крепости Ясима на берегу острова Сикоку.
После победы все самураи Минамото получили награды, кроме Ёсицунэ, который сделал для нее больше других. Уже тогда между главой клана и его младшим братом началось отчуждение и опасение в том, что Ёсицунэ станет более популярным, чем Ёритомо.
1185 год был годом решающих событий. Минамото решили выбить Тайра из их укреплений на побережьях острова Сикоку и окончательно завершить войну с их кланом. Это было трудным делом, так как воины Минамото не были моряками, как Тайра.
Минамото собрали флот, но перед отплытием их лодок к побережьям Сикоку начался шторм, вызвавший разногласия у полководцев о времени начала операции около острова. Большинство склонялось к тому, чтобы переждать непогоду. Ёсицунэ требовал немедленного начала выхода лодок к месту боевых действий, что было бы неожиданностью для врага. Разругавшись со всеми командирами, он во главе небольшого отряда примерно в двести человек на пяти больших лодках отправился к неприятельскому берегу. Сильный ветер, подхвативший лодки, привел к неожиданному эффекту. Ёсицунэ и его воины преодолели пролив за один день вместо трех. Ёсицунэ никто не ждал, и это позволило ему к ночи приблизиться к городу Ясима. Ночью он разжег под его стенами множество костров. Враг, подумав, что к городу пришло большое войско Минамото, оставил свои укрепления и отплыл на лодках от берега. Утром Тайра поняли, что их обманули, и попытались вернуть инициативу, начав бой. Но им это не удалось, хотя воины Ёсицунэ были в меньшинстве. Вскоре к месту сражения подошли главные силы Минамото. Ясима был потерян, а Тайра пришлось отплыть на Кюсю.
25 апреля 1185 года состоялась последняя морская битва при Данноура, в которой Тайра надеялись взять реванш за все свои поражения. Среди командиров и войск специально была распространена информация о Ёсицунэ как о самом опасном враге. Его надлежало уничтожить во время начала сражения в первую очередь.
После того как плавсредства противников подошли друг к другу на близкое расстояние, началась перестрелка лучников, в которой Ёсицунэ лично продемонстрировал искусство стрелка, а затем и абордажные бои. Когда Ёсицунэ показали главный корабль Тайра, он приказал окружить его, всех глав клана Тайра и восьмилетнего императора Антоку взять живьем в плен. Вскоре корабль был окружен. Битва была проиграна. Бабушка императора прочла молитву, обхватила ребенка и бросилась с ним в воду. Это был сигнал к началу массового самоубийства Тайра, которые начали бросаться в море или искать гибель в рукопашных схватках с Минамото.
Род Тайра в этой битве был окончательно разгромлен, и его феодалы уже не смогли оправиться от поражения.
После разгрома врага Ёритомо решил наконец избавиться от младшего брата Ёсицунэ, опасаясь за свое место верховного правителя. Сделать это было легко, так как Ёсицунэ был оклеветан, обвинен в своеволии и измене, выставлен в качестве противника двора. Верил в навет Ёритомо или нет, но Ёсицунэ со своей славой, почти всеми победами, принадлежавшими ему в гражданской войне, явно уже был не нужен. Сражаться было не с кем. Поэтому без зазрения совести Ёритомо приказал убить своего младшего брата. Начались преследования и погони. На время Ёсицунэ удалось скрыться от врагов у друга его семьи Фудзивары Хидэхиры, вассала дома Минамото, на севере Хонсю в одном из его поместий в провинции Муцу, но тот весной 1189 года умер. Перед смертью Хидэхира завещал передать Ёсицунэ управление своей феодальной армией и провинцией. Но вопреки воле покойного, власть в провинции захватил его сын Ясухира. Сын старика, следуя якобы приказу императора и желая выслужиться перед правителем, напал со своими вассалами на Ёсицунэ в его убежище около реки Коромо. Все друзья и телохранители Ёсицунэ в неравной схватке были перебиты. Последним защитником героя был бесконечно преданный ему Бэнкэй, который, защищая хозяина своей огромной алебардой, был поражен десятками стрел. Сам Ёсицунэ, чтобы не попасть к предателям в плен, пошел по пути славной смерти: убил мечом двадцатидвухлетнюю жену, свою четырехлетнюю дочь и совершил обряд сэппуку.
Голову Ёсицунэ в сосуде с сакэ вассалы Ясухира отвезли Ёритомо. Считалось, что голова врага, доставленная сюзерену, является свидетельством доблести и знаком победы над недругом. Даже если самурай сам совершил самоубийство. Часто это проверить было невозможно. За такую «смелость» Ёритомо не похвалил сына Фудзивары, а ввел свое непосредственное правление во владении Ясухиры, лишив его всего. Еще через некоторое время Ясухира пал от руки своего же вассала-предателя.
Что касается Ёсицунэ, то кончина очень популярной личности увековечила его как одного из самых трагических героев Японии. Ёсицунэ стал постоянным персонажем драм в театрах но и кабуки.
Ёсицунэ любили и воины клана Минамото, и простолюдины, в связи с чем очень многие люди отказывались верить в его смерть. Гибель любимого героя, превратившегося в мифологическую личность, породила массу легенд, связанных с его чудесным спасением. Согласно одной из легенд, Ёсицунэ с острова Хонсю перебрался на Эдзо (Хоккайдо), где был принят аборигенным айнским населением и стал править им. Некоторые айны верили даже в свое происхождение от Ёсицунэ. В устной айнской фольклорной традиции Ёсицунэ часто отождествляется с небесным божеством Окикуруми (Аиойна камуй), боровшимся против зла, духов и плохих людей. Культурный герой Окикуруми являлся просветителем и учителем коренного населения Японских островов, с ним связывается также появление у айнов материальной и духовной культуры, навыков хозяйственной деятельности. Окикуруми якобы научил айнов не есть сырой пищи и отучил от людоедства. По другой легенде, Ёсицунэ достиг острова Сахалин и был убит там сахалинскими айнами. Однако самая оригинальная легенда говорит о том, как Ёсицунэ очутился в Монголии, получил там власть, уважение и что он и Чингисхан являлись одним и тем же лицом. Действительно, в судьбах этих двух знаменитостей много схожих черт. Даты их рождения приходятся на одно и то же время: Чингисхан родился около 1155 года, Ёсицунэ – в 1159 году. Оба были удачливыми людьми, способными и талантливыми полководцами, известными в народе и популярными в войсках. Но на этом совпадения заканчиваются. Людям всегда хотелось и хочется верить в чудеса.
Впоследствии Ёритомо «убрал», на всякий случай, и второго своего брата Нориёри, хотя его верховной власти никто не мешал и не угрожал и она уже и так была в его руках.
В 1192 году Минамото Ёритомо принял от малолетнего императора Го-Тобы титул Сэйи тай сёгун, то есть «Великий полководец, покоритель варваров» (под варварами подразумевались коренные жители Японского архипелага айны, с которыми японцы воевали уже несколько столетий; титул сёгун давался военачальникам, воевавшим с аборигенами только на время боев). Все было обставлено так, что Ёритомо получил титул сёгуна от императора на совершенно законных основаниях, признававшего де-факто военное правление Минамото. Титул сёгуна с этого времени стал наследственным. Главой сёгуната – военного правительства бакуфу (от «баку» – открытая, без верха, палатка, занавес и «фу» – главная ставка, управление) – был сам сёгун, считавшийся наместником императора, правившим Японией де-юре. Бакуфу представляло собой первое самурайское военное правительство, отражавшее интересы правящего сословия и служившее самурайству. Сёгуны, правившие после Ёритомо, преследовали якобы интересы императоров и исполняли их волю.
Ёритомо не стал переносить свою столицу в Киото, а оставил ее в своей бывшей военной ставке на востоке Хонсю в городе Камакура, превратившемся в центр политической деятельности Японии.
Скончался Ёритомо в 1199 году после падения с лошади. Народная молва объясняла падение испугом животного, которое неожиданно шарахнулось в сторону, «увидев призрак брата сёгуна, Ёсицунэ».