25 лет войска Шамиля с переменным успехом вели боевые действия с русскими войсками, однако переломить ход войны имам не смог. В 1859 г. он был захвачен в плен и привезен в Калугу. История его плена стала одной из самых ярких иллюстрация отношения российских государей к исламу — император Александр II оказал пленнику высокий почет и проследил, чтобы он ни в чем не нуждался и был минимально ограничен в передвижениях. Именно благодаря этому Шамиль перестал считать Российскую Империю своим врагом и 6 августа 1866 г. вместе со своими сыновьями Кази-Магомедом и Шафи-Магомедом в зале калужского Дворянского собрания Шамиль принял присягу императору.

Таким образом, отношение царствующих особ к мусульманам всегда было подчеркнуто уважительным и невероломным, что, как видно на примере Шамиля, получало высокую оценку их врагов и в значительной степени способствовало адаптации разных мусульманских народов к принятому в Российской Империи укладу. Впрочем, одними добрыми словами политика властей по отношению к исламскому сообществу не ограничивалась.

Из письма имама Шамиля Императору Александру II

Политика Российской Империи по отношению к исламу была сформулирована в точной фразе из постановления Государственного Совета в 1887 г. «Мусульмане свободны в отправлении своего культа при условии, что это не будет вредить Православной Церкви», — говорилось в нем⁹⁸. Согласно Закону от 4 декабря 1862 г. иноверцы-нехристиане до 14-летнего возраста крестились не иначе, как с письменного согласия их родителей или опекунов, с 14 лет — без согласия последних. Решением Сената от 12 марта 1891 г. наказывались лица, препятствовавшие убеждением, угрозами и насилием принимать другим людям крещение⁹⁴. Как справедливо отмечал С.Ю.Витте, «наша внутренняя политика по мусульманскому вопросу является важным фактором политики внешней¹⁰⁰.

25 июля 1810 г. в соответствии с Манифестом «О разделении Государственных дел на особые управления с означением предметов каждому управлению принадлежащих» курирование исламских вопросов было поручено новообразованному Главному управлению духовных дел Иностранных исповеданий. Впоследствии Главное управление духовных дел было переименовано в департамент, в 1817 г. вошло в состав Министерства Духовных дел и Народного просвещения, а в 1832 г. было передано Министерству внутренних дел¹⁰¹.

К концу первой трети XIX в. мусульманское духовенство было окончательно введено в систему государственного управления. Его представители имели весьма неплохое жалование, могли свободно выезжать на хадж (к середине XIX в. число паломников ежегодно составляло 8-10 тыс. человек), строить мечети, основывать медресе и издательства. Со своей стороны Духовные управления были обязаны жестко следить за моральным обликом духовенства, а также гарантировать его лояльность Государю. Конец XIX и начало XX вв. часто называют «золотым веком» российской уммы, которая в это время стала весьма уважаемым и влиятельным сообществом в масштабах всего исламского мира.

Ко второй половине XIX века мусульманские структуры приобрели большую самостоятельность, и доля государственно финансирования, например, в ОМДС сократилась до 40-50%. Бюджет муфтиятов стал преимущественно формироваться за счет брачных и метрических сумм¹⁰². Православное государство разрешало мусульманам вступать в законный брак с несколькими женщинами, принимая меры только в том случае, если их было больше четырех. Например, в начале XIX века доля полигинных семей у башкиров-скотоводов составляла 21%, а у башкир-земледельцев — 10%. Полигиния была весьма распространена у мусульман Северного Кавказа, в особенности ингушей, чеченцев и дагестанцев.

В 1782 г. в Москве появилась первая деревянная мечеть, а в 1823 году в Татарской слободе в награду за доблесть, проявленную татарскими и башкирскими полками в Отечественной войне 1812 г., была построена большая каменная мечеть, впоследствии названная Исторической¹⁰⁴. В 1829 г. МВД были разработаны проекты типовых мечетей, опубликованные в «Журнале министерства внутренних дел». «В то самое время, когда грозные силы российского монарха разили полчища могущественнейшего владыки магометанского (турецкого султана), державная рука его утверждала созидание молитвенных домов для мирных магометан, обитателей великой его империи», — говорилось в сопутствующей статье этого журнала¹⁰⁵. В этой фразе оказалась весьма точно сформулирована политика России по отношению к мусульманам, которая всегда разделяла враждебных себе мусульман и ислам как религию заметной части своих законопослушных подданных.

В 1882 г. муфтий ОМДС Салимгарей Тевкелеев обратился к министру внутренних дел с просьбой дать разрешение на постройку в столице империи Соборной кафедральной мечети. Такое разрешение было получено, и в 1913 г. в санкт-петербургской Соборной мечети, построенной по соседству с Петропавловской крепостью, прошла первая служба. Новая мечеть стала крупнейшей в Европе и долгое время сохраняла этот статус. В 1904 г. на средства богатого татарского купца Салиха Ерзина в столице открылась вторая каменная мечеть, получившая статус Соборной. В начале XX в. были также построены мечети в Твери, Ярославле и Костроме¹⁰⁶.

Особое значение российские власти придавали институту военного мусульманского духовенства — полковые муллы служили при многих частях, получая аналогичное полковым священникам жалование (а нередко и большее), рекруты-мусульмане приносили присягу в мечетях¹⁰⁷. Так, в Правилах от 1892 г. отмечалось, что «самый Коран, в знак благоговения, должен быть положен на пелену из чистой шелковой материи и поставлен на налой или столик, вышиною, по крайней мере, в аршин»¹⁰⁸.

С 1845 г. должности военных имамов были введены во всех портах Российской Империи, причем, как отмечает Д.Ю.Арапов, для сохранения должности имама при Севастопольской базе Черноморского флота оказалось вполне достаточным присутствия среди его чинов всего 9 мусульман¹⁰⁹. В тот же период времени в Санкт-Петербурге начало свою деятельность «Общество лейб- гвардии офицеров, исповедующих мусульманство», которое имело право самостоятельного избрания имама¹¹⁰. При этом мусульманские офицеры спокойно воевали и против турецких единоверцев, о чем свидетельствует, в частности, пример генерала Султана-Чингис-хана, возглавлявшего службу телеграфной связи на Балканах во время Русско-турецкой войны 1877-1878 гг.¹¹¹

С началом Русско-японской войны в войсках появились полковые муллы, чей статус в 1908 г. был закреплен специальным распоряжением по военному ведомству. 5 июля 1916 г., во время месяца Рамадан, появился приказ Николая II о должности дивизионного муллы, что значительно подняло боевой дух солдат-мусульман. В этот период в российской армии насчитывалось 10 генералов-мусульман самых разных национальностей: азербайджанцев, чеченцев, татар. Среди них наибольшую известность получили начальник личного конвоя императора Гуссейн Хан Нахичеванский и Эрисхан Алиев, командовавший 2-м Западно-Сибирским корпусом¹¹².

Ко времени Первой мировой войны мусульманам-военнослужащим была предоставлена возможность питаться халяльной пищей и получать приемлемые для них награды¹¹³. Мусульмане служили в гвардейских частях, их дети свободно учились в кадетских корпусах, а из лучших кавказских наездников была сформирована Дикая, или Туземная, дивизия, в составе которой было 6 полков, — Дагестанский, Кабардинский, Чеченский, Ингушский, Черкесский и Татарской общей численность до полутора тысяч человек. Следует отметить, что первая мечеть в Москве, ныне именуемая Исторической, была построена в ознаменование подвигов татарских и башкирских полков, доблестно сражавшихся в Отечественной войне 1812 г.

Помимо сухопутных и морских воинских частей должности штатных мулл были введены также при ведущих предприятиях оборонной промышленности, среди работников которых было немало мусульман, в частности на Ижевском заводе и Пороховом заводе в Казани. И муллы, и мечети такого типа содержались за счет военного ведомства¹¹⁵.

С укреплением ОМДС власти стали привлекать его к профилактике эпидемий и пропаганде среди мусульман здорового образа жизни. Среди циркуляров Духовного собрания можно найти немало предписаний, содержащих рекомендации по предотвращению заболеваний оспой и моровой язвой (чумой). Была налажена даже служба оповещения паломников в Мекку об эпидемиологической ситуации по пути их следования¹¹⁶.

С XIX в. в среде мусульманского духовенства России развернулась дискуссия по вопросу вознесения специальных молитв за здравие царской семьи. В 1826 г. муфтий Габдессалям Габдрахимов подготовил специальное воззвание по случаю вступления на престол императора Николая I, а во время восстания декабристов молился о защите императора от мятежей и бедствий. В середине XIX в. по поручению оренбургского генерал- губернатора В.А.Обручева несколько авторитетных имамов сочинили специальный богословский трактат, в котором признавали легитимность назначения кадиев и муфтиев российским правительством, а также законность их судебных постановлений. Несмотря на возражения ряда имамов, ОМДС ввело особые дни для специальных молитв за царя и его семью¹¹⁷.

За хорошую службу муфтии и муллы получали те же привилегии, что и представители православного духовенства. Им жаловались титулы, земельные наделы, доходные дома, они и их потомки освобождались от налогов и получали ордена. Так, Салимгарей Тевкелев был награжден орденами Св. Станислава и Св. Владимира I степени, орденом Св. Анны IV, III, II и I степеней, а Мухамедьяр Султанов стал кавалером орденов Св. Станислава и Св. Анны I степени. Интересно отметить, что с 1844 г. на знаках ордена Св. Станислава, Св. Анны и Св. Георгия, жалуемых лицам нехристианского вероисповедания, изображение святых и их вензелей по распоряжению императора Николая I стало заменяться черным императорским орлом. Этот шаг, не имеющий аналогов в мировой истории, был призван продемонстрировать уважением властей к полирелигиозному населению Российской Империи.

Одним из наиболее ярких мусульманских духовных лидеров в конце XIX — начале XX вв. стал ахун Атаулла Баязитов. Выходец из мишар, он родился в 1846 г. в деревне Тюменсу Касимовского уезда Рязанской губернии. Пройдя курс обучения в Кышкарском медресе Казанской губернии — известном центре кадимизма, Баязитов приобрел склонность к консерватизму и не принял обновленческое течение джадидизма.

В 1871 г. Атаулла Баязитов получает предложение стать имамом второго мусульманского прихода Санкт-Петербурга (на то время в столице действовали три мусульманские общины). На этой должности он снискал уважением верующих и властей и вскоре получил предложение стать военным ахуном Санкт-Петербургского округа. В совершенстве освоив русский язык, Баязитов работал переводчиком и преподавал тюркские языки и основы ислама в учебном отделе восточных языков Азиатского департамента МИД России и в Пажеском корпусе. 2 сентября 1905 г. трудами Баязитова вышел первый номер первой татарской газеты «Нур», а в 1910 г. была заложена санкт-петербургская Соборная мечеть, разрешение на строительство которой было получено именно благодаря его авторитету¹¹⁸.