На своё несчастье Мазепа напоролся на засаду запорожского атамана Ивана Сирка. Запорожцы татар перерезали и освободили казаков, а Мазепу, после его слёзных просьб, атаман Сирко отправил к гетману левобережной Украины Ивану Самойловичу, который с Россией подписал договор о казачьих вольностях и совместной поддержке.
Мазепа очаровал своим красноречием Самойловича, и настолько добился его доверия, что стал учить его детей. Вскоре он дослужится до чина генерального есаула. По поручению Самойловича он часто ездит в Москву, где своими лестными разговорами очаровал князя Василия Голицына, фаворита царевны Софьи.
В 1687 году генеральные старшины и несколько полковников, не без участия Мазепы, подали донос князю Голицыну на Самойловича, обвиняя его в том, что он хотел из Малороссии сделать отдельное государство. К тому же на него свалили неудачу крымского похода на татар и турок.
Самойловича сослали в Сибирь, в Тобольск, вместе с сыновьями, которых учил Мазепа, где они вскоре и скончались, а самому младшему, Григорию, в том же году отрубили голову.
В июле 1687 году казачьей Радой сорока шестилетний Иван Мазепа выбирается, не без помощи князя Голицына, гетманом Украины. Он подписал в Коломаке договор с российскими малолетними царями, Иваном и Петром и их регентом Софьей, в котором подтверждались казацкие права и вольности, но, по сравнению со статьями, подписанными с предыдущими гетманами Демьяном Многогрешным или Иваном Самойловичем, права гетмана существенно урезали.
Данила Павлович Апостол, к тому времени уже миргородский полковник и сторонник Самойловича, для Мазепы являлся лицом неугодным и он лишил его звания полковника. Лишить-то лишил, но, в скорости, казачество вновь выбрало его полковником. С тех пор у Данилы Апостола и Мазепы началось большое отчуждение друг от друга.
При князе Голицыне Иван Мазепа оказался в фаворе, но тут в 1689 году Пётр взял управление государством в свои руки, а князя Василия Голицына отправил в ссылку. Мазепа, со свойственным ему обаянием, сумел понравиться молодому царю и, вскоре, заслужил его доверие. С тех пор Мазепа – верная рука Петра Первого во всех его военных начинаниях, а на Украине выше его власти никого нет. Мазепа и его старшина взяла всё казачество в свое безраздельное владычество.
Как-то случилась у Ивана Мазепы большая любовь – шестидесяти девятилетний гетман влюбился в свою крестницу, шестнадцатилетнюю Мотрю Кочубей, дочь своего стольника Василия Кочубея.
Родителям, в особенности матери, такая любовь не понравилась и Кочубей, вместе со своим свояком, бывшим полтавским полковником Искрой написал донос на измену гетмана. Пётр I доносу не поверил и поручил канцлера Головкину доносчиков допросить.
В апреле 1708 года их препроводили в Витебск, где находился Петр, и допросили с пытками. Доносчики признались в своём навете и их отдали Мазепе. 12 июля, при огромном стечении народа, им отрубили головы в Борщаговке, небольшом городке возле Белой Церкви. После всего этого Пётр верил Ивану Мазепе, как себе.
В 1708 году Карл XII хотел идти на Москву, но потом передумал и вторгся в Украину. Пётр, уверенный в Иване Мазепе, шлёт ему депеши с требованием идти в крепость Стародуб, куда направлялись войска царя.
В политике главное – лицемерие, а им Мазепа владел в совершенстве, ещё в юности начитавшись Макиавелли. Мазепа, под видом болезни, отказывается от каких либо действий, к тому же пишет, что в Украине неспокойно и доверять никому нельзя.
Меншиков мчится к Мазепе, но тот прячется и переезжает с одного города в другой, а 24 октября отправляется к Карлу XII, уверенный, что тот победит Петра и оставит Мазепе и его старшине Украину.
Меншикову донесли, что Мазепа ушёл под крыло Карла XII, и он отправляет об этом донесение Петру Первому, а сам мчится в Батурин. Там приверженцы Мазепы заняли оборону и не пускают туда Меншикова. После неудачных переговоров Меншиков штурмует Батурин и сравнивает его с землёй.
6 ноября 1708 в Глухове казаки выбирали нового гетмана. Предложили Ивана Скоропадского и Павла Полуботка, но выбрали Скоропадского, как более приемлемого Петру I.
В конце ноября с табора Карла XII возвращается Данила Апостол, которому пришлось идти с Мазепой, боясь его расправы. Пётр Первый простил его, как и полковника Игнатия Галагана, вынужденно исполнявшего приказы Мазепы. Из ссылки вернули семейство Кочубея и Искры.
В 1709 году в битве под Полтавой русские войска вместе с казаками Скоропадского разбили Карла XII, который, вместе с Мазепой, бежал к туркам в Бендеры. Скоропадский так и остался гетманом до самой своей смерти в июле 1722 года. После смерти Скоропадского наказным гетманом Войска Запорожского казаки выбирают черниговского полковника Павла Полуботка.
Пётр Первый тут же учреждает Малороссийскую коллегию во главе с бригадиром Степаном Вельяминовым, которая ведает финансовыми делами Войска Запорожского и лишает старшину льгот на подати. Полуботок пытается с этим бороться, но добивается только того, что его сажаю в Петропавловскую крепость, уличив в неверности царю.
Царь, своим указом, запрещает выборы нового гетмана. Казаки, собравшись в городке Коломак, пишут царю две челобитные, в которых просят разрешить выборы нового гетмана и отменить подати со старшин. В ответ царь наказал арестовать всех подписавшихся. К Даниле Апостолу в село Бурки приехал подполковник Исайя Сухарев и забрал с собой, в Санкт-Петербург. Там, вместе с другими полковниками и старшинами, подписавшими челобитную, его посадили в Петропавловскую крепость.
По смерти Петра Первого императрица Екатерина простила казаков, но оставила жить в Санкт-Петербурге, побаиваясь, что они вернутся домой и поднимут смуту. После долгой маеты в высшем суде и коллегии Иностранных Дел, с помощью Меншикова и Бассевича, Даниле Апостолу удалось добиться того, что его отпустили. Но с условием, что его сын, Пётр Апостол, останется в Санкт-Петербурге.