В условиях реакции В. И. Ленин развернул борьбу за сохранение партии и чистоту ее теории. Возникла острейшая нужда в марксистской литературе, в собственном партийном издательстве. Осенью 1907 года М. С. Кедров на деньги, полученные по наследству, основал в Петербурге легальное большевистское издательство «Зерно». ЦК поручил ему, Н. С. Ангарскому и Н. И. Подвойскому организовать выпуск партийной литературы.
Кедровы и Подвойские поселились вместе на Невском, при издательстве. Они были не только единомышленниками, но и родственниками. Нина Августовна была сестрой жены Кедрова — Ольги Августовны.
— Знаете, чем закончится ваша работа в издательстве? — спросила как-то Ольга Августовна за чаепитием.
— Представляем, — усмехнулся Михаил Сергеевич, — арестом.
— Поэтому надо спешить, — серьезно добавил Николай Ильич.
Сначала выпустили «Календарь для всех на 1908 год». В нем были помещены статьи В. И. Ленина, М. С. Ольминского, Н. Н. Батурина. Успели распространить 60 тысяч экземпляров — остальные конфисковала полиция. По заданию ЦК начали работу над первым собранием сочинений В. И. Ленина — сборником «За 12 лет». Работы В. И. Ленина под контролем автора готовила к печати Нина Августовна. В ноябре 1907 года выпустили первый том, успели распространить значительную часть тиража — на остальную был наложен арест. Та же участь постигла первую часть второго тома. Выпустили в свет «Историю Российской социал-демократической рабочей партии» М. Н. Лядова, ряд популярных марксистских брошюр. Но 27 апреля полиция произвела налет на издательство, конфисковала 17 тысяч экземпляров книг и брошюр 92 названий. М. С. Кедров и Н. И. Подвойский получили по 3 года тюрьмы.
Снова одиночная камера, но теперь уже в Петербурге, на Шпалерной. В одиночке неокрепшее здоровье Николая Ильича резко ухудшилось, и его перевели в общую камеру. Здесь
В июле 1910 года с помощью товарищей Н. И. Подвойскому удалось по состоянию здоровья досрочно вырваться на свободу, правда, без права проживания в Петербурге и Москве. Он уехал в Лунево Костромской губернии к родственникам, где Нина Августовна выходила его, поставила на ноги. Едва окрепнув, Николай Ильич по заданию ЦК выехал на подпольную работу в Баку. Снова — чужой паспорт, явки, борьба с филерами. В «мазутной армии» рабочих-нефтяников он прошел еще одну великолепную школу пролетарски борьбы.
В 1911 году под предлогом необходимости лечения в столичных клиниках удалось добиться разрешения на детальное проживание Н. И. Подвойскому в Петербурге. Николай Ильич стал работать в большевистской газете «Звезда».
С началом нового революционного подъема ЦК РСДРП принял решение о выпуске ежедневной массовой газеты. Николаю Ильичу, как человеку энергичному и напористому, было поручено создание ее материально-технической базы. Он справился с этим труднейшим заданием. 22 апреля (5 мая) 1912 года вышел первый номер «Правды». Николай Ильич был введен в состав редакции. Вместе с К. С. Еремеевым он вел отдел рабочих корреспондентов, создавая рабкоровскую сеть, писал передовицы, готовил к печати материалы. По воспоминаниям Н. И. Подвойского, он с 1912 года учился быть администратором, редактором и литератором.
…Петербург, Галерная, 5. Квартира с маленькими окнами под потолком была неудобной для жилья, зато располагалась в доме с проходным двором, рядом с почтой. В ней и поселились Подвойские. Квартира была превращена в перевалочный пункт связи с заграницей, переправки людей, переписки, транспортировки литературы. Николай Ильич стал адресатом связи находившихся за границей В. И. Ленина и ЦК с петербургскими большевиками, редакцией «Правды», большевистской фракцией в IV Государственной думе. Одновременно он готовил и посылал В. И. Ленину ценные статистические материалы.
Дом на Галерной стал привлекать внимание охранки. Это сразу заметили Подвойские. Пришлось перебраться в Парголово. Но наиболее подходящим местом оказалась Куоккала — близко и Петербург, и граница с Финляндией. Здесь же поселилась сестра В. И. Ленина Анна Ильинична. Вновь бесперебойно заработал пункт связи.
С началом первой мировой войны самодержавие, пользуясь законами военного времени, обрушило репрессии на большевиков. Были закрыты все газеты. Не было ни одного партийного комитета, который не подвергся бы разгрому. Петербургский Комитет стал первой жертвой. За решетку попали многие его руководители. Оборвалась связь с В. И. Лениным и ЦК. Больничная касса Путиловского завода, секретарем которой Н. И. Подвойский был избран в 1913 году, стала прикрытием нелегального центра комитета, местом явок, собраний.
Вскоре в Петроград приехал бежавший из ссылки М. В. Фрунзе. Старый товарищ посоветовал ему обратиться в больничную кассу Путиловского завода. Подвойский был чрезвычайно рад встрече с удивленным и тоже обрадованным Трифонычем. Вспомнили Иваново-Вознесенск, первый Совет. Николай Ильич рассказал, что там прошли массовые аресты, комитет разгромлен. Фрунзе заявил, что немедленно выедет в Иваново-Вознесенск. Подвойский покачал головой:
— Там все вас знают. Больше двух недель не продержитесь. Сейчас под ружье поставлены миллионы крестьян и рабочих. Надо армию поворачивать на сторону революции. Сейчас вы нужнее всего в армии.
Михаил Васильевич, снабженный паспортом на имя Михайлова, уехал на военную работу в Минск.
Как и в Ярославле в 1905 году, Николай Ильич и Нина Августовна перебиваются на скудные заработки за поденную работу статистиков. Да и на нее остаются только ночи. Семья Подвойских живет впроголодь. А в ней уже трое детей — Олеся, Лев, Лида. Если бы не помощь сестер Николая Ильича — Феофании и Марии — да брата Ивана, то было бы совсем туго.
В феврале 1915 года партии удалось восстановить журнал «Вопросы страхования». Он стал единственным легальным большевистским журналом вплоть до 1917 года. Его редактирование было поручено хорошо знавшему страховое дело и статистику Н. И. Подвойскому. Туда же пришла работать Нина Августовна.
К тому времени наладилась связь с В. И. Лениным, удалось восстановить партийные комитеты. В конце 1915 года вновь стало функционировать Русское Бюро ЦК, в финансовую комиссию которого вошел Николай Ильич.
Несколько раз на квартире Подвойских производились обыски. Но для полиции они оказывались безрезультатными. Однако 16 ноября 1916 года охранка предприняла крупную акцию — за одну ночь арестовала более 90 большевиков-руководителей. В их числе в пятый раз, теперь уже по обвинению «в организации Бюро ЦК и сотрудничестве в заграничном «Социал-демократе», арестован был и Н. И. Подвойский. В ордере было предписано: «арестовать независимо от результатов обыска».