Окончил Пажеский корпус (1853) и Николаевскую академии Генерального штаба (1858).
В 1863 году принимал участие в усмирении польского мятежа, а затем в разных комиссиях и комитетах, учрежденных под председательством Н. А. Милютина и князя В. А. Черкасского, по преобразованию Привислинского края.
В 1871 году, во время франко-прусской войны, был послан в прусскую армию. Возвратясь из командировки, издал брошюру: «Заметки и впечатления русского офицера».
Особенное внимание уделил вопросу о применении железных дорог к военному делу, в 1867 году он напечатал в «Военном Сборнике» ряд статей по этому вопросу.
С 1869 года по 1875 год состоял заведующим делами комитета по передвижению войск железной дорогой и водой.
В 1875 году Анненковым была представлена записка относительно состояния и силы железных дорог России. Ввиду предстоявшей войны с Турцией записка эта вызвала учреждение комиссии для исследования железнодорожного дела в России, под председательством графа Баранова. Анненков был назначен членом и управляющим делопроизводством этой комиссии.
В 1886–1887 годах заведовал постройкой Самаркандского участка Закаспийской железной дороги, которая была открыта летом 1888 года. В том же году был назначен управляющим Закаспийской железной дорогой.
В 1913 году в Самарканде ему был установлен памятник.
Двести тринадцатая запись в дневнике ЕИВ Николая второго
Здесь собраны, пожалуй, самые сумбурные записи из всего дневника. Если прочтёте, сами обо всём догадаетесь.
Обычная встреча с Игнатьевым затягивалась, необычной процедурой в которой я принимал непосредственное участие, правда больше в качестве слушателя и стороннего «наблюдателя».
Для поиска злоумышленников было привлечено подразделение сыскной полиции, возглавляемое уже почти легендарным Путилиным. Сыскари по заданию СБ должны были прошерстить Вяземскую лавру, строения и лачуги вокруг неё. Как только отзвонили колокола Спаса Сенной к ранней обедне, это чуть позже вторых петухов, зловонная территория уже была оцеплена специальными войсками и начался «большой шмон».
Агенты — сыскари ещё с ночи были где-то внутри этих ночлежек, выслеживая гладилинских татей и им подобных. В помещения вламывались специально подготовленные солдаты и выволакивали наружу многочисленные человеческие отбросы. Их скрепляли наручниками и вывозили за город на дезинфекцию и определение принадлежности.
Три четверти после этой процедуры оказывались зрячими, с работающими ногами и руками. Их фотографировали, брали отпечатки и отправляли во временный следственный изолятор, специально сооружённый по соседству. Иногда среди задержанных попадались и агенты-сыскари, которые чтобы не лишаться прикрытия, мастерски исполняли свои роли до самого конца.
Из СИЗо мы с Игнатьевым и ждали звонка о задержании людей из окружения известных особ и наконец сам Иван Дмитриевич, освободившись от «хитроумного маскарадного костюма» доложил что интересующие СБ люди опознаны и схвачены.
Как дальше генерал-губернатор планировал разбираться с этой клоакой, я не знал. В городе в тоже утро начали разборку всех подозрительных строений в районе Вяземской лавры. Чтобы не распространять заразу деревянные части сжигались, а горы мусора и нечистот обильно сдабривались карболкой и вывозились за город на большую городскую свалку. Горожане были в восторге.
Игнатьев после звонка Путилина почти сразу уехал организовывать дознание с многочисленными задержанными в ходе операции, а мне предстояла встреча с другим Игнатьевым — Алексеем Павловичем, который вот-вот должен был прибыть в Гатчину. Эту встречу я подробно описывать не буду, младший брат Николая Павловича едет в Берлин к Фридриху III для координации наших действий с Его Величеством — королём Пруссии.
Чтобы вы имели представление об этой процедуре я опишу подобную, состоявшуюся двумя часами позднее.
— Военный министр Милютин, генерал — фельдмаршал князь Барятинский….
Лёгкая заминка моего адъютанта Михаила и в продолжение перечисленных фамилий прозвучало: