В Италии набирало силу королевство Адрия, возглавляемое династией Борджиа. Стремление к объединению Апеннинского полуострова под своей властью делало ее врагом Испании, игравшей важную роль в жизни небольших итальянских государств.
Наконец, это дополнялось конфликтом на Дальнем Востоке, где набирала силу Япония. Обращение ее правителя — Оды Хидэнобу — в католицизм, а так же наращивание торгового оборота с Португалией и Англией, позволяло этим державам надеяться, что в случае войны японцы нанесут удар по испанским колониям в Азии.
Помимо этого, существовало множество противоречий в колониях — в Новом Свете, Африке, Азии и Океании.
Все эти факторы предопределили раскол Европы на два враждующих лагеря, причем в отличие от предыдущих конфликтов они строились не по религиозному, а по политическому принципу.
Прошедшая в 1534–1535 годах в Германии церковная реформа породила массу противоречий и споров. Поначалу император и князья были едины в своем намерении освободиться от власти папы римского и получить церковную собственность в свои руки. Однако Карл V Габсбург, приняв евангелизм, превратил немецкую церковь в подчиненную себе структуру, где только от воли императора зависело назначение епископов и взимание церковного налога. Князья были недовольны тем, как возросла роль кайзера, называя его «новым папой». Они желали радикализации реформы — полного упразднения иерархии, перераспределение церковных доходов в свою пользу и децентрализации. Знаменем княжеской оппозиции стало основанное Жаном Кальвином реформатство. Таким образом, политическая борьба князей против централизации приобрела религиозный характер.
В 1559 году кальвинизм распространяется по Рейнскому Палатинату, в 1605 году его принимают в Гессене, в 1613 году — в Бранденбурге и Пруссии. К началу XVII века большинство княжеств Северной и Центральной Германии переходят в реформатство, а их князья в 1608 году образуют «Реформатскую Лигу» — военный союз, направленный против императора и его централизаторской политики. Курфюрст Бранденбурга, не смотря на то, что на момент создания Лиги сохранял верность учению Лютера, считался ее безусловным лидером в силу того, что по площади его владения уступали лишь имперскому домену.
Неожиданным союзником князей стал католический король Франции — к XVII веку французские католики и реформаты-гугеноты пришли к компромиссу на волне неприятия евангелической Германии. В результате именно французского короля в Священной Римской империи называли «защитником немецких свобод», а отнюдь не кайзера.
25 марта 1609 года умер Иоганн Вильгельм, герцог Юлиха-Клеве-Берга. У него не было детей, поэтому герцогский титул должен был достаться одному из его родственников по женской линии. Старшая сестра покойного герцога — Мария Элеонора Клевская — уже скончалась, однако в браке Альбрехтом II Фридрихом, герцогом Пруссии из династии Гогенцоллернов, у нее была дочь Анна, вышедшая замуж за своего родственника — курфюрста Иоганна III Альбрехта.
Однако свои претензии на клевское наследство, помимо Гогенцоллернов, выдвинула другая влиятельная династия — Виттельсбахи. Кроме Марии-Элеоноры, у последнего герцога Клевского была вторая сестра — Анна, которая еще была жива и потому являлась ближайшим родственником своего покойного брата. Ее мужем был Филипп Людвиг, пфальцграф Нейбургский, однако сам он отказался от претензий на Клеве в пользу сына — Вольфганга Вильгельма.
Спор между Гогенцоллернами и Виттельсбахами стал затягиваться — в него постепенно включились оставшиеся сестры Иоганна Вильгельма Клевского, требовавшие раздела герцогства между всеми претендентами. Стороны регулярно обращались к суду императора, чтобы разрешить споры, и в конечном итоге Максимилиан II Габсбург 31 мая 1609 года вынес вердикт, неприятно поразивший всех претендентов — т. к. род герцогов Клевских прервался, все его владения должны быть объявлены выморочными и перейти под надзор кайзера.
Стороны поняли, что они должны договориться, если не хотят лишиться Клеве-Юлиха-Берга. В результате Иоганн III Альбрехт и Вольфганг Вильгельм попытались отозвать свои претензии, но Максимилиан II уже вынес решение и не собирался его отменять. Тогда князья созвали совещание Лиги, которое потребовало от императора отменить конфискацию Клевского герцогства, грозя Габсбургам войной. Но Максимилиан был непреклонен и вскоре князья обратились к Франции с просьбой о военной помощи, и молодой король Генрих II поспешил откликнуться на зов.
3 февраля 1610 года Франция объявила войну Священной Римской империи, развязав самый разорительный конфликт в истории Нового времени.
Фактически Тридцатилетняя война была серией локальных войн — франко-германской, польско-германской, русско-польской, датско-шведской, войны за неаполитанское наследство и т.д. Различные ее участники вступали в вооруженные конфликты, выходили из них и снова вступали. Единственной державой, остававшейся участником боевых действий на протяжении всех 30 лет, была Священная Римская империя под руководством Габсбургов.
В зависимости от основного соперника, с которым воевали Габсбурги, войну делят на 4 этапа:
1610 — 1618 годы. Французский этап — противостояние Габсбургов и Валуа в союзе с рядом немецких князей за клевское наследство;
1618 — 1625 годы. Славянский этап — борьба Габсбургов с восставшими чехами и венграми, поддержанными Польско-Литовской унией;
1625 — 1632 годы. Англо-датский этап — война с Англией и Данией на севере Германии;
1632 — 1640 годы. Турецкий этап — в этот период Священной Римской империи пришлось, помимо Османской империи, воевать со множеством противников, включая Францию, Адрию, Румынию и др.
Помимо подразделения на различные этапы, Тридцатилетнюю войну в Европе принято делить так же на театры военных действий, каковых обычно называют семь:
Рейнский