Получив письмо Юрия Мнишека, самозванец не стал перечить своему будущему тестю. В начале 1606 года Ксения Годунова была насильно отвезена в глухой Горицкий монастырь на Белоозере. Здесь она была пострижена в монахини под именем Ольги и отныне должна была оставаться до самой своей смерти. Не надеясь когда-либо вернуться в Москву, чтобы оплакать могилы своих родителей и брата, Ксения Годунова мысленно возвращалась к своему прошлому, к тем бедам, которые постигли ее семью и всю Русскую землю. На далеком Белоозере сочинила Ксения Годунова несколько песен, которые позже обнаружили в записной книжке англичанина Ричарда Джеймса. Вот одна из них:

17 мая 1606 года в результате дворцового переворота, организованного дворянами-заговорщиками и поддержанного народом, который после свадьбы царя и Марины Мнишек стал открыто говорить, что царь «поганый», Лжедмитрий I, бывший монах-расстрига Григорий Отрепьев, был убит. Избранный царем Василий Шуйский перевел Ксению Годунову во Владимировский Княгинин монастырь. В целях дискредитации идеи «доброго царя Дмитрия» и укрепления авторитета власти царь Василий Шуйский устроил торжественное перенесение останков Бориса Годунова и членов его семьи, убитых по приказу самозванца, из убогого Варсонофьевского монастыря в Троице-Сергиевский. Бояре и монахи на руках пронесли гробы с прахом царя Бориса Годунова, его жены и сына. Царевна Ксения, одна только и оставшаяся в живых из всей семьи Годуновых, ехала следом за этим погребальным шествием в закрытых санях, громко плакала и причитала. Присутствовавший на этой церемонии Конрад Боссов записал в своей «Московской хронике» ее причитания: «О горе мне, бедной покинутой сироте! Самозванец, который называл себя Димитрием, а на самом деле был только обманщиком, погубил любезного моего батюшку, мою любезную матушку и любезного единственного братца и весь наш род, теперь его самого тоже погубили, и как при жизни, так и в смерти своей он принес много горя нашей земле. Осуди его, господи, прокляни его, господи!»

Тогда многие уже стали сильно жалеть Бориса Годунова, говоря, что лучше было бы, если бы он жил еще и царствовал. А умная и проницательная Ксения Годунова предвидела, что за убитым самозванцем-расстригой явятся новые обманщики, которые принесут много бед Русской земле. В одной своей песне Ксения также сетует: «За что наше царьство загибло?»

Дочь Бориса Годунова не ошиблась. В стране продолжались Смута и гражданская война. За Лжедмитрием I появился Лжедмитрий II, а затем и Лжедмитрий III. В 1609 году началась открытая польская и шведская интервенция.

Приехав в начале 1609 года в Троице-Сергиев монастырь для поминовения родителей и брата, Ксения, теперь монахиня Ольга, была застигнута полчищами поляков, осаждавшими монастырь под командованием Сапеги и Лисовского. В монастыре укрылись жители многих окрестных деревень. Осада длилась полтора года и закончилась поражением поляков, которые не смогли сломить мужество и смелость защитников монастыря-крепости. Вместе с осажденными все трудности и бедствия стойко переносила и Ксения Годунова.

Сохранилось письмо, написанное Ксенией в осажденном монастыре и предназначенное жившей в Москве тетке, княгине Домне Богдановне Ноготковой, родной сестре Евдокии Богдановны Сабуровой, одной из жен царевича Ивана, убитого отцом Иваном Грозным. В письме от 29 марта 1609 года Ксения сообщает: «Я у Троицы в осаде в своих бедах чуть жива, конечно, больна со всеми старицами, и впредь, государыня, никако не чаем себе живота, с часу на час ожидаем смерти. Да у нас же за грех за наш моровоя поветрея, всяких людей измяли скорби великия смертныя, на всякий день хоронят мертвых человек, по двадцати и по тридцати и больши...» Когда свирепствовавший в монастыре мор унялся, то «не осталося людей ни трети».

После освобождения Троице-Сергиевого монастыря от осады Ксения Борисовна Годунова вместе с племянницей Ивана Грозного, Марией Владимировной, переехала в Москву, в Новодевичий монастырь. Но и здесь, уже под иноческой одеждой, их ждало новое злоключение. В начале августа 1611 года казаки Ивана Заруцкого взяли приступом Новодевичий монастырь и разграбили его. В одной из грамот того времени говорится: «Когда Ивашко Заруцкий с товарищами Девичий монастырь взяли, они церковь Божию разорили, и черниц, королеву, дочь князя Владимира Андреевича, и Ольгу, дочь царя Бориса, на которых прежде и зрети не смели, ограбили донага, и иных бедных черниц и девиц грабили и на блуд имали, а как пошли из монастыря, и церковь и монастырь выжгли».

После этого нового, но уже последнего поругания, несчастную дочь Бориса Годунова вместе с другими монахинями отправили обратно во Владимирский Княгинин монастырь. С тех пор о ней не было никаких сведений до 1622 года. В этом году, 30 августа, на 41-м году жизни прекратились все ее страдания. Перед своей смертью Ксения Годунова завещала похоронить ее рядом с родителями и братом. Последнее желание несчастной царевны исполнилось. Тело Ксении Борисовны Годуновой было перевезено в Троице-Сергеев монастырь и погребено рядом с могилами родных у входа в Успенскую церковь.

Несправедливость и непомерность страданий прекрасной царевны Ксении, безвинной жертвы чудовищных преступлений, вызывали неподдельное сочувствие у современников. Русский народ вспоминает о ней в своих песнях. Трагическая судьба Ксении Годуновой нашла отражение в летописях, исторических повестях и записках соотечественников, а также в дневниках и воспоминаниях иностранцев. Трогательный образ Ксении Годуновой не оставил равнодушными русских художников последующих эпох. Ей посвятили свои художественные полотна В. Суриков, И. Неврев и К. Маковский. Поэтически утонченную натуру Ксении чудесно изобразил А. Пушкин.

Сама Ксения Годунова оставила незабываемую память о себе потомкам песенно-поэтическими сочинениями и живописно вышитыми картинами.