Его взяли 6 июня 1937 года, в разгар «ежовского человекоповала». Им занималось 4-е управление ГУГБ — секретно-политическое, где начальником был Литвин Михаил Иосифович. Та энциклопедическая статья об Устрялове только подтолкнула «мастеров» сыска заняться им. Как тут не признать, что Большая энциклопедия, в которой главный редактор академик Шмидт, своей статьей сориентировала чекистов в отношении фигуры профессора в контексте времени.

Литвин тогда сказал Журбенко, своему заместителю: «Берите Устрялова, отсиживается он в железнодорожном институте. Он же из харбинской эмиграции, по колчаковской ветви».

Литвину знакомо колчаковское время не понаслышке. В красноярском подполье марку держал, в тюрьме колчаковской сидел. Неведомы ему устряловские рефлексии, ему профессор — враг, у Колчака служил, да не на последнем месте, «откровенный классовый враг» по формулировке энциклопедии под редакцией академика, да еще со ссылкой на Ленина. А уж устряловские мечтания о мировой «миссии» русского народа, о которых все та же энциклопедия упоминает в связке с его верностью реакционным идеалам российского великодержавия, — так это не патриотизм, а чистый троцкизм, который жечь каленым железом надо. Но судить Устрялова нужно не за болтовню о мировой миссии русского народа, а за приземленное — «агент японской разведки, контрреволюционная пропаганда, клевета на руководителей страны».

Устрялова Литвин поручил своим сотрудникам — лейтенантам Гейману и Илюшенко, в помощь определил Павловского, что рангом пониже.

Обвинительное заключение Гейман сочинил скоро. Оно гласило:

Устрялов «с 1928 г. являлся агентом японской разведки и проводил шпионскую работу. В 1935 г. установил контрреволюционную связь с Тухачевским, от которого знал о подготовке террористических актов против руководителей ВКП(б) и Советского правительства и о связи с антисоветской террористической организацией правых. Кроме того, Устрялов вел активную контрреволюционную пропаганду и распространял клевету на руководство ВКП(б)».

Но тут восстал Илюшенко. Не согласился лейтенант с сочинением Геймана:

— Где доказательства?

— Найдем, — сказал ему коллега.

Что следовало за этим «найдем», Илюшенко представлял — кулак и плеть для арестованного. И тогда он пошел к Литвину со списком вопросов, ответы на которые должны были стать или доказательством контрреволюционной деятельности Устрялова, или опровержением ее.

Отчасти вопросы, перечисленные тогда Илюшенко, прозвучали через 51 год в постановлении Главной военной прокуратуры при пересмотре дела Устрялова. Вот они, эти прокурорские констатации и вопросы 1988 года:

«Изучение материалов дела показало, что следствие проведено неполно, с грубыми нарушениями уголовно-процессуального законодательства. Так, обвинение в шпионаже и иной контрреволюционной деятельности основано только на признательных показаниях Устрялова, которые он дал на предварительном следствии и подтвердил в судебном заседании. Других доказательств в деле не имеется…

При расследовании по делу необходимо установить и выполнить следующее:

— установить, действительно ли существовал в 1924—1935 гг. в г. Харбине японский институт, в котором готовили разведчиков;

— проверить в соответствующих архивных органах и при наличии осмотреть агентурное дело, на основании которого был арестован Устрялов;

— дополнительно проверить в соответствующих архивных органах причастность Устрялова к агентуре иностранных разведок, в том числе японской; являлись ли агентами иностранных разведок Томинага, Арита, Накумура, Танака и Симизу. Если имеются уголовные дела в отношении указанных лиц, то осмотреть их в целях выяснения сведений об Устрялове. Дело Томинага К. осмотреть дополнительно для выяснения сведений о школе японских разведчиков в г. Харбине (л.д. 94);

— в архивных органах всесторонне проверить деятельность Устрялова в период службы у Колчака, а также после разгрома колчаковщины на Дальнем Востоке…

— принять меры к розыску личного дела Устрялова Н.В.;

— составить полный перечень всех научных работ, статей и иных публикаций Устрялова с кратким изложением их содержания, политической направленности с целью проверить, действительно ли Устрялов ко времени возвращения в СССР 1935—1937 гг. признал ошибочность своих взглядов, как об этом отмечено в БСЭ изд. 1936 г. т. 56 (при значительном объеме этой работы сделать анализ по основным и последним публикациям Устрялова);

— проверить, привлекались ли к уголовной ответственности за контрреволюционную деятельность Котляревский С.А., Ключников Ю.В., Кечекьян С.Ф., Кафенгауз Л.Б., Шереметьевский Н.П., Скиталец С.Г., Ладыжинский А.М., Подставина Г.Г., Варжанский, Розанов, Перцов, Шапошникова, Сетницкий Н.А., Рязановский, Рогов В.Н., Авдощенков-Авдошенков А.Я., Ракитин. Если да, то осмотреть уголовные дела в отношении этих лиц с целью выяснить, какие показания они давали в отношении Устрялова…»67