Положительно зарекомендовав себя в качестве агента, Подберезкин в 1985 году с помощью офицеров 1-го отделения 1-го отдела 5-го управления КГБ смог поменять место работы на значительно более престижный Институт мировой экономики и международных отношений (ИМЭМО). Как и КМО, ИМЭМО курировался 1-м отделением 1-го отдела 5-го управления КГБ, старшим оперуполномоченным майором Игорем Кургановым. Позднее его сменил переведенный из 9-го управления КГБ оперативный уполномоченный капитан Михаил Щербаков.

В апреле 1990 года была создана организация, получившая название "Российско-американский университет" (РАУ). Официальным инициатором создания этой структуры и ее президентом был Подберезкин, в тот период старший научный сотрудник Института мировой экономики и международных отношений и одновременно преподаватель Дипломатической академии МИД СССР. В действительности в РАУ не было ничего "американского". РАУ был креатурой КГБ.

В очередной раз предоставим слово Рогозину:

"После КМО я ушел работать в более чем странную контору под названием "Российско-американский университет" (РАУ), которую создал и возглавил некто Алексей Подберезкин. С этим деятельным авантюристом, когда-то тоже работавшим в Комитете молодежных организаций, я познакомился во время одной из служебных командировок. Он неоднократно зазывал меня пойти работать в РАУ, а поскольку других предложений мне никто не делал, я согласился. Платили в РАУ по тем временам прилично. К Америке "Российско-американский университет" не имел ровным счетом никакого отношения, за исключением того, что в его руководстве было достаточно много ученых и ветеранов спецслужб, работавших на направлении "основного противника". Университет занимался всем: открытием частных лицеев и салонов красоты, перепродажей чего-то кому-то и даже наблюдением за НЛО" (Д. Рогозин. Ястребы мира. – Попов).

С 1991 года Подберезкин являлся советником и руководителем группы консультантов вице-президента РФ Александра Руцкого. Ельцин в 1991 году не мог не учитывать растущую популярность "русской идеи". По этой причине он был вынужден предложить на пост вице-президента РФ героя афганской войны летчика-генерала Руцкого. Ошибочность такого альянса довольно скоро стала очевидна. В конфликте президента РФ и Верховного Совета Руцкой стал на сторону оппозиционеров, которые в основе своей состояли из прокоммунистически настроенных депутатов и националистов. Позиция Руцкого была логическим следствием того, что его помощником был глашатай "русской идеи" Подберезкин. Этот проект КГБ завершился в 1993 году арестом Руцкого и разгромом Верховного Совета. Но агент госбезопасности Подберезкин вышел сухим из воды.

В 1992 году Подберезкин возглавил созданную на базе РАУ международную неправительственную научно-исследовательскую организацию "РАУ-Корпорация", издававшую ежемесячный научно-аналитический журнал "Обозреватель – Observer". Уже в первом его номере в числе авторов журнала отметился бывший начальник внешней разведки (ПГУ КГБ СССР) и последний (исполняющий обязанности) руководитель КГБ СССР Леонид Шебаршин. В редакционную коллегию журнала вошли также бывший подчиненный Бобкова генерал-майор КГБ Валерий Воротников (с 1992 года являвшийся заместителем директора СБ группы "Мост") и Алексей Большов, начинавший свою служебную карьеру в 7-м отделе 5-го управления КГБ.

РАУ и "РАУ-Корпорация" позиционировали себя как центр "оппозиции либерально-демократическому прозападному курсу правительства России". Об этом было буквально сообщено на сайте "МГИМО", институте, коллаборирующем с РАУ и "РАУ-Корпорация":

"В 1990–1991 годах с группой единомышленников – ученых, политиков, дипломатов, военных [Подберезкин] создал общественную международную неправительственную организацию "Российско-американский университет", в дальнейшем преобразованный в "РАУ-Корпорация", которая, по признанию отечественных и зарубежных экспертов, стала ведущим научно-аналитическим центром оппозиции либерально-демократическому прозападному курсу правительства России".

В 1994 году Подберезкин стал учредителем фонда "Духовное наследие", на основе которого в том же году было создано одноименное Всероссийское общественно-политическое движение (ВОПД), в правление которого вошел Большов. Воротников был введен в состав научно-исследовательского совета ВОПД. Тогда же началось тесное сотрудничество Подберезкина с лидером КПРФ Геннадием Зюгановым.

На учредительном съезде движения "Духовное наследие", состоявшемся в мае 1995 года, Подберезкин был избран председателем центрального совета движения. Первым заместителем председателя стал Александр Коровников, полковник запаса внутренних войск МВД, президент Научно-исследовательского центра социальной защиты военнослужащих. Заместителями Подберезкина были президент консорциума "Славянский посад" Валерий Тарасов; генеральный директор издательского агентства "Обозреватель" и главный редактор издаваемого "РАУ-Корпорация" журнала "Обозреватель – Observer" Владимир Штоль; Воротников, занимавший теперь должность генерального директора Агентства экономической безопасности "Взор"; бывший заместитель командующего пограничными войсками, капитан I ранга, народный депутат России (до 1993 года) Евгений Алаев. Председателем исполкома движения стал исполнительный президент "РАУ-Корпорация" Александр Луньков, в 1980-е годы бывший заместителем председателя КМО СССР и секретарем Советского комитета солидарности стран Азии и Африки.

В центральный совет движения (44 человека) были избраны также председатель ЦК КПРФ Зюганов; заместитель председателя Государственной думы Селезнев, директор Института региональных проблем Максим Дианов и другие. В думских выборах 1995 года представители "Духовного наследия" участвовали в составе избирательного объединения КПРФ. В Думу прошли Зюганов, Селезнев, Подберезкин, Коровников, Тарасов и Воротников.

Актив "Духовного наследия" составил основу инициативной группы, выдвинувшей 9 января 1996 года председателя ЦК КПРФ Зюганова кандидатом в президенты России. Выдвижение от непартийной группы необходимо было Зюганову для того, чтобы заявить о себе как о представителе не одной только КПРФ, а широкой коалиции "народно-патриотических сил". С этой целью был образован "Народно-патриотический союз России" (НПСР). Подберезкин входил в число инициаторов создания НПСР и являлся сопредседателем этого союза. Освещением избирательной кампании Зюганова занимался пресс-центр движения, созданный в феврале 1996 года под руководством Дианова.

В Государственной думе второго созыва Подберезкин входил в состав фракции КПРФ, являлся заместителем председателя комитета Государственной думы по международным делам (курировал работу подкомитета по внешней разведке). Позиционировал себя Подберезкин в качестве политолога, что было справедливо лишь отчасти. Политологом он начинал, когда в 1982 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата наук, как указано в открытых источниках, по "военно-политической проблематике". Автору этих строк обнаружить точное название указанной диссертации не удалось. Следующей диссертацией, принесшей соискателю в 1990 году звание доктора исторических наук, был научный труд "Значение системы боевого управления в военной доктрине США", после чего Подберезкин стал считаться специалистом по проблемам национальной безопасности и военной политики.

Характерным представляется факт отсутствия указания места защиты кандидатской диссертации Подбрезкина. Зато местом защиты им докторской диссертации с весьма специфической тематикой для гражданского ученого и с пометкой "Для служебного пользования" была Ордена Красного Знамени Дипломатическая академия министерства иностранных дел СССР.

Как известно, министерство иностранных дел СССР являлось гражданским учреждением. С учетом этого может показаться странным факт награждения Академии МИД боевым Орденом Красного Знамени. Но дело в том, что в системе академии в течение многих десятилетий существовал факультет, на котором обучались военные разведчики.

Выбор Подберезкиным тем для диссертаций и публикаций, равно как и направление его деятельности, убедительно свидетельствуют о многолетнем и плотном контакте с советскими и российскими спецслужбами, для которых "родная коммунистическая партия" давно стала обременительной и ненужной, как и для их надежного агента Подберезкина, заблаговременно покинувшего ряды КПСС еще в 1990 году, сразу же после защиты им докторской диссертации, где первая глава называлась "Марксистско-ленинские основы анализа военных доктрин и их развитие во второй половине [19]80-годов".

"С начала [19]90-х годов, – писал о Подберезкине сайт МГИМО, – Подберезкин возглавляет деятельность коллектива ""РАУ-Корпорации"", направленную на разработку национальной идеи и идеологии государственного патриотизма как платформы для консолидации прогрессивных сил всего общества и основы для поиска разумных компромиссов между различными политическими силами в интересах возрождения России как великой мировой державы. Результатом этой деятельности стали такие фундаментальные работы, как: "Национальная доктрина России" (1993), "Россия сегодня – реальный шанс" (1994), "Концепция закона о поддержке отечественной науки, культуры, образования и предпринимательства" (1994), "Современная русская идея и государство" (1995), ежегодные доклады "Концепция национальной безопасности России", "Россия на пороге ХХI века" (1996), "Россия: партии, выборы, власть" (1996) и большой ряд других книг, изданных общим тиражом более 5 млн экземпляров".