Когда Сталину стало ясно, что дальше нельзя допускать развитие событий по планам Г. И. Бокия, иначе он сможет стать бесконтрольным и слишком опасным, — был отдан приказ о его аресте.
Любопытно, что за двое суток до ареста товарищ Сталин дал указание о присвоении звания комиссар государственной безопасности 1-го ранга (соответствует командарму 1-го ранга; впоследствии — воинскому званию генерал армии) Бокию Глебу Ивановичу, который до этого имел специальное звание комиссара государственной безопасности 2-го ранга (что соответствовало командарму 2-го ранга; впоследствии — генерал-полковнику).
Почти одновременно с ним арестовали и А. В. Барченко, которого долгое время не беспокоили, но спустя почти год расстреляли.
А вот Глеба Ивановича вместе с рядом его уникальных работников перевели в ведомство, которое впоследствии станет неофициально называться
Тогда как Бокий неожиданно занял то место, которое до сего часа занимал у него самого Колчак, — стал заложником, невольником, узником товарища Сталина. Но о том, что он узник Сталина, Бокий не знал… до встречи с Пономаревым.
Все труды, открытия и достижения за время деятельности и жизни Г. И. Бокия стали достоянием структурного подразделения Б. И. Пономарева. ВСЕ! — в том числе:
— базы,
— заводы,
— аэродромы,
— испытательные полигоны,
— специалисты,
— ученые,
— институты и лаборатории,
— агенты и резиденты в разных странах мира…
Официальная версия была такова: Бокия вызвал к себе нарком внутренних дел Ежов и решительно потребовал компромат из черной папки на членов ЦК ВКП(б), а также наркомов СССР. Бокий в решительной форме заявил протест, тогда Ежов сказал, что это приказ товарища Сталина. «А что мне Сталин? — ответил Бокий. — Меня на это место поставил Ленин!» В свой кабинет Г. И. Бокий больше не вернулся.
Тогда как в рапорте начальника Особого сектора ЦК ВКП(б) было записано: «В связи с поставленной задачей нами принято решение о ликвидации Спецотдела и аресте его руководителя. Объявить в средствах печати от имени ГПУ и НКВД, что в СССР раскрыта деятельность членов тайного общества „Единое трудовое братство“, а также арестован руководитель этого общества Г. И. Бокий, официально занимавший должность начальника Спецотдела ГПУ».
В действительности Г. И. Бокия под благовидным предлогом пригласил к себе Александр Евгеньевич Голованов, в разговоре он раскрыл суть всей его деятельности, добавив, что отныне все-все-все, находившееся под контролем Бокия, переходит в ведение товарища Сталина и под непосредственное руководство Пономарева.