Несомненно, хрестоматийный визуальный ряд собрания Третьяковки вряд ли бы вызвал сомнения в его очередности, а вот советское искусство, искусство конца XIX – начала XX века и искусство древнерусское, а также значительное количество живописи XVIII–XIX веков, скульптура, графика, прикладное должно было быть спешно «отсортировано». Возможно, Комитет в своих рекомендациях опирался на опыт ленинградских властей, постоянно побуждаемых сотрудниками дворцов-музеев Павловска, Гатчины, Царского Села и Петергофа к составлению и утверждению списков произведений особой ценности. Эти музеи пережили попытки эвакуации в 1917–1918 гг. от наступавших на Петроград кайзеровских войск, затем в 1919 г. от похода войск генерала Юденича, а в 1930-е гг. изъятия художественных ценностей для реализации на Западе. Они были вынуждены постоянно составлять списки уникального и «второстепенного», того, что могло быть выдано и того, что нельзя отдавать никому ни при каких обстоятельствах.

Благодаря высокой квалификации, знанию материала, организованности реставраторов, научных сотрудников и технических работников Третьяковки в невероятно короткий срок экспозиционные произведения были сняты со стен, вынуты из рам, систематизированы по размеру, заклеены бумагой для профилактики.

Первоочередность в эвакуации предполагала более тщательную и прочную упаковку произведений, чему способствовало и количество выделяемых вначале властями материалов – доски, стружка, ткань, ящики, валы (позволяли еще и время, и ресурсы).

Большие полотна накатывали на валы, заключали в металлическую оболочку, запаивали и упаковывали в ящики с хорошей изоляцией.

В середине лета с Казанского вокзала основная часть картин Третьяковской галереи была отправлена специальным эшелоном в глубокий тыл в Новосибирск, одновременно были отправлены экспонаты Государственного музея нового западного искусства, Государственного музея изобразительных искусств имени А. С. Пушкина и музея восточных культур. Сопровождали груз сотрудники разных музеев. Отвечал за весь груз директор Третьяковской галереи А. И. Замошкин.

В Новосибирске музейные фонды разместили в недостроенном здании Оперного театра Началась ответственная хранительная работа: круглосуточные дежурства в хранилищах, обходы, контрольные вскрытия ящиков, обследования произведений.

В начале осени немецко-фашистские захватчики вступили в пределы Московской области.

Москва готовилась к отражению агрессора.

Через месяц после начала агрессии немецкие самолёты начали усиленно бомбардировать Москву и ее пригороды.

В ночь с 11 на 12 августа две фугасные бомбы обрушились на здание Третьяковской галереи. Рухнуло междуэтажное перекрытие верхнего и нижнего зала, в нескольких местах был разрушен стеклянный потолок. Вышли из строя отопительная и вентиляционная системы.

В середине августа была отгружена вторая очередь художественных произведений Третьяковской галереи. Огромная баржа с экспонатами отплыла от Речного вокзала Москвы и почти сразу же попала в зону воздушного боя. Поврежденную крышу баржи починили только в Горьком (ныне Нижний Новгород), где на борт была взята художественная коллекция Русского музея. Далее маршрут лежал вверх по Каме к месту назначения – городу Молотову (ныне Пермь), где в картинной галерее предполагалось поместить эвакуированные произведения. Груз сопровождали старший научный сотрудник Третьяковской галереи М. М. Колпакчи и реставратор И. В. Овчинников. До конца эвакуации они самостоятельно несли ответственность за фонды музея, считаясь хранителями филиала ГТГ.

Здание в Лаврушинском переулке опустело. В первые дни войны многие сотрудники Галереи ушли служить в армию или в народное ополчение. В ноябре 1941 года состоялась третья очередь вывоза художественных произведений в Новосибирск. Сопровождала груз С. И. Битюцкая, вскоре назначенная главным хранителем филиала ГТГ. В связи с эвакуацией музейных фондов, штат сотрудников значительно сократили; к зиме 1942 года числилось составила не более тридцати человек. В залах было холодно, гулял ветер, в щели залетал снег. В таких условиях становилось крайне тяжело хранить экспонаты.

К началу 1942 года в Оперном театре Новосибирска было сосредоточено огромное количество художественных и культурных ценностей. Прибыли экспонаты из музеев Ленинграда, Горького, Смоленска и других городов. Туда же поступили произведения из музеев Украины и страшно изуродованная, вывезенная в последнюю минуту из Севастополя, знаменитая панорама Ф. А. Рубо, посвященная героической защите города от англо-французской интервенции во время Крымской войны (1853–1856 гг).

В сентябре 1942 года состоялась четвертая, завершающая очередь эвакуации художественных произведений Третьяковской галереи из Москвы.

В Москве небольшой коллектив сотрудников Третьяковской галереи во главе с заместителем директора С. И. Прониным и главным хранителем Еленой Владимировной Сильверсван (урождённой Бахрушиной) продолжал хранить несколько тысяч экспонатов на протяжении 1941–1943 годов, а также художественные рамы и подрамники от вывезенных картин. В связи с эвакуацией музейных фондов, штат сотрудников значительно сократили; к зиме 1942 года числилось составила не более тридцати человек. В залах было холодно, гулял ветер, в щели залетал снег. В таких условиях становилось крайне тяжело хранить экспонаты.

В течение 1942–1944 годов продолжали ремонт Галереи. За это время в ее залах было устроено девять выставок.

Несмотря на сложные условия хранения, сотрудниками Третьяковской галереи в Новосибирске были приложены все усилия для сохранения произведений.

В октябре 1944 года вышло постановление СНК СССР «О реэвакуации художественных коллекций музеев Москвы и Московской области». В ноябре 1944 г. экспонаты галереи были возвращены из мест эвакуации. Вскрытие ящиков показало хорошую сохранность произведений.

Благодаря навыкам в деле сохранения и реставрации, умению организовать упаковку и транспортировку художественных ценностей, сотрудники Галереи в сложных и тяжелых условиях войны сумели сберечь художественный фонд музея и вернуть его в идеальной сохранности.

Усилиями сотрудников Галереи сокровища русского искусства были сохранены. Комиссия в составе представителей Комитета по искусству, ведущих реставраторов и искусствоведов пришла к выводу, что все экспонаты находятся в отличном состоянии.