На протяжении нескольких лет (до августа 1938 года) Мороз практически руководил всей промышленностью Коми, а это:

— разведка и эксплуатация нефтяных месторождений;

— строительство механического и нефтеперегонного заводов; добыча радия из минеральных вод;

— разведка и эксплуатация Еджид-Кыртинского и Воркутинского угольных месторождений; разработка Ижемского асфальтированного рудника; строительство трактов Вогваздино — Чибью и Ухта — Крутая, а также Судостоя на Ухте и Ижме;

— строительство и пуск в эксплуатацию Дежневского кирпичного завода; проектирование и начало строительства Ярегской нефтешахты и железной дороги Котлас — Ухта;

— строительство и благоустройство будущих городов и поселков.

3 апреля 1936 года награжден орденом Трудового Красного Знамени за освоение богатств Севера.

10 декабря 1937 года заместитель наркома внутренних дел СССР Рыжов подписал приказ № 00765 «О реорганизации Ухто-Печорского лагеря НКВД», согласно которому устанавливалась временная переходная структура лагерей в Коми крае. Управление Ухтпечлага стало Управлением Ухто-Печорскими лагерями.

Главными «вредителями», действовавшими по прямому указанию «врагов народа» Ежова, Бермана и других, были «назначены» начальник Ухтпечлага Я. М. Мороз и главный инженер Ю. К. Максимович. Как раз в это время шла «чистка» верхушки НКВД, в том числе и ГУЛАГа, и Мороз с Максимовичем были «привязаны» к этим процессам.

Вопрос «О положении в Ухтпечлаге» обсуждался на бюро Коми Обкома ВКП (б). Члены бюро подчеркнули, что еще в мае 1937 года XIV Коми областная партконференция лишила Мороза мандата делегата и вывела его из состава членов обкома ВКП (б) за великодержавное шовинистическое отношение к местным партийным и советским органам.

Точная дата ареста Я. М. Мороза не установлена. Последний приказ подписан им 15 августа 1938 года, а 26 августа 1938 года собрание партактива политотдела Ухтижемлага одобрило проект приказа НКВД о снятии Я. М. Мороза с работы и предании суду.

Я. М. Мороз был снят с работы и предан суду приказом НКВД СССР от 4 сентября 1938 года.

6 сентября на партийном собрании Управления и политотдела Ухтижемлага Я. М. Мороз, как враг народа, проводивший организованную вредительскую деятельность в лагере, был исключен из рядов ВКП (б).

Выступившие на партактиве и собрании коммунисты, стараясь показать свою преданность партии и правительству и непричастность к деяниям Мороза, отмечали, что зажим критики Мороза не давал им возможности своевременно разоблачить антипартийную и антигосударственную деятельность Мороза и его окружения.

Судебный процесс проходил в Москве в течение полутора лет.

Приговорен: ВКВС СССР 19 января 1940 г., обв.: участии в к-р. террористической заговорщической организации.

19 января 1940 года Военная коллегия Верховного Суда СССР приговорила Я. М. Мороза к высшей мере наказания.

21 января Я. М. Мороз был расстрелян. Место захоронения — Москва, Донское кладбище.

Определением Военной коллегии Верховного Суда СССР от 18 ноября 1958 года Мороз-Иосема Яков Моисеевич реабилитирован.